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癌症基因检测“水很深”,请收藏这份史上最全的指导手册(患者版)!

2019-7-25| 编辑: 面气灵| 查看: 898| 评论: 0|来源: 环宇达康

摘要: 随着生物技术在医学领域的快速发展和人们在细胞分子水平对肿瘤发病机制认识的深入,肿瘤治疗逐渐从前基因组的细胞毒性药物治疗时代过渡到后基因组的靶向治疗新时代。提到基因检测,前几年,临床医生在向患者推荐时还 ...


随着生物技术在医学领域的快速发展和人们在细胞分子水平对肿瘤发病机制认识的深入,肿瘤治疗逐渐从前基因组的细胞毒性药物治疗时代过渡到后基因组的靶向治疗新时代。


提到基因检测,前几年,临床医生在向患者推荐时还心存疑虑,而近两年,基因检测已成为癌症诊疗的标准动作,基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。不得不说,一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。比如,一位患者患了癌症,不仅要做病理诊断还要做全基因检测,发现突变位点,进而为患者制定包括化疗,靶向,免疫治疗方案,以及家族癌症风险评估。



癌症基因检测到底是怎么一回事,很多癌症患者对此知之甚少,今天,全球肿瘤医生网就为癌症患者做全面科普,癌症患者在做基因检测前,一定认真读完这篇文章!

内容摘要:

一、什么是癌症基因?

二、什么是癌症基因检测?

三、什么是基于基因检测的靶向治疗?

四、各类癌症需要检测哪些基因?

五、各类癌症基因检测技术优劣势大对比!

六、如何选择一家靠谱的基因检测机构?

七、选择哪种基因检测方案?全基因还是热点基因?

八、所有的癌症患者都需要做基因检测吗?

九、基因检测究竟用什么样本做比较好?组织,胸腹水还是血液?

十、癌症基因检测的价格是多少?


一,什么是癌症基因?

人的DNA是遗传物质的载体,而基因就是DNA中真正有含义的片段。癌友之所以会得肿瘤,归根结底是由于身体内累积了许多有害的基因突变,千奇百怪的变异,最终导至了癌症。

癌细胞中可能发生许多类型的基因改变。主要类型包括:

基于DNA的改变

1) 碱基替换


2) 插入或缺失


3) 拷贝数变异


4) 重排

基于mRNA的改变

mRNA可以在癌症中存在或不存在。当存在时,它们有时会“过度表达”(表达水平高于正常水平)。通常在DNA水平检测突变更容易,而如果要检测ALK,ROS,NTRK等近两年靶向研究突破重大的融合突变,则需要在mRNA水平上检测才更为准确。

基于蛋白质的改变

蛋白质可以在癌症中存在或不存在。 使用免疫组织化学(IHC)可以检测蛋白质的突变或缺失。在临床用药过程中,检测蛋白质水平对用药指导也具有重要的意义。例如,在肺癌中,针对EGFR靶向药的选择是基于DNA水平的敏感性检测,而非蛋白层面的免疫组化(IHC)检测。但是,最近的一项研究表明,与单独化疗相比,使用免疫组化(IHC)测量的高水平EGFR表达可预测对西妥昔单抗(抗EGFR抗体)联合化疗的反应。


二,什么是癌症基因检测?

我们都知道,癌症是一种具有遗传倾向的疾病,跟基因突变有着千丝万缕的联系,而这些基因在某些程度上,也决定了癌细胞的生长与分裂,并且这种突变也可能会遗传。这时候就可以针对肿瘤的基因图谱进行测试,从而确定到底是发生了哪些突变,而这个过程就叫做基因检测。


肿瘤基因测试范围从简单到复杂。最简单的测试只检测一种基因中的一种类型的突变。比如仅在BRAF位置c.1799处寻找特定T到A置换突变的试验。


相反,最复杂的测试可以同时检测所有主要类型的基因改变,包括替换,重复,插入,缺失,插入,基因拷贝数 变异和结构变体,包括倒位和易位。



三,什么是基于基因检测的靶向治疗?

在恶性肿瘤的治疗中,一个令人困惑的问题就是:同一分期、同一病理类型的恶性肿瘤患者,采用相同的治疗方案,其疗效(如生存期)为什么会存在明显差异?


随着人类基因组计划的完成,研究人员发现同一类型肿瘤的细胞分子生物学差异可能是导至疾病个体化差异的原因所在,继而发现了一些与肿瘤发生密切相关的基因,即肿瘤的“驱动基因”。肺癌已知的驱动基因包括EGFR、ALK、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、AKTI、MEKI、NRAS和MET。驱动基因不同,患者对肿瘤的治疗反应也就不同,这就是相同分型、分期的肿瘤患者存在疗效差异的原因。


目前一些药物如靶向药物具有特异性针对某种肿瘤基因突变达到精准杀伤的效果,而不同肿瘤患者肿瘤驱动基因突变存在差异,因此通过基因检测,了解患者哪种基因发生突变,适合应用哪种药物,也就达到了“量体裁衣”的效果,做到了“精准医疗”。


在实际的治疗过程中,基因检测可以帮助医生制定最佳的治疗方案。比如:一些人患肺癌后,可以利用基因检测的手段对癌细胞中的EGFR进行检测,一旦发现了该突变,就可以利用对应的靶向药进行治疗。再比如,有一些非常难以确诊的肿瘤,需要依靠特定的基因改变协助确诊。比如,不少肉瘤都长的像梭子一样,长长扁扁的,这时候如果基因检测发现有ASPL-TFE3融合基因,那诊断腺泡软组织肉瘤,就八九不离十了。


利用各种方法,把这些变异的基因找出来,仔细分析,可以协助临床诊断、指导治疗选择、辅助监测疾病复发和耐药、预估生存期等。


四,各类癌症真正需要检测的基因有哪些?


广义上讲,所有肿瘤患者均可以接受基因检测;狭义上讲,根据指南推荐,不同的病种、不同的分期、出于不同的目的,不同的患者,适合做不同的基因检测。


国家卫健委之前颁布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则(2018 年版)》,明确指出:抗肿瘤药物临床应用需在病理组织学确诊后或基因检测后方可使用。其中也罗列了需要和不需要癌症基因检测的常用的小分子靶向药物和大分子单克隆抗体类药物。但是这份指导原则仅覆盖了国内上市的靶向药,全球肿瘤医生网结合国外新药上市的情况给大家做了系统的盘点。

肺癌突变靶点及相关靶向药物

 

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

EGFR

L858R exon 19del T790M

阿法替尼,厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼,达克替尼,奥希替尼等

贝伐珠单抗

重组人血管内皮抑制素

盐酸安罗替尼

KRAS

Exon2/3/4突变

EGFR TKI,MEK抑制剂等

HER2

扩增Exon20ins

曲妥珠单抗,波奇替尼

ALK

融合

克唑替尼,色瑞替尼,阿来替尼,布加替尼,劳拉替尼等

ROS1

融合

克唑替尼,色瑞替尼,卡博替尼,劳拉替尼,恩曲替尼等

MET

扩增

克唑替尼,Capmatinib,Tepotinib等

BRAF

V600E

达拉菲尼,威罗非尼

RET

融合

凡德他尼,卡博替尼,BLU-667,LOXO-292等

NTRK

融合

LOXO-101等


乳腺癌突变靶点及相关靶向药物



基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

CDK4/6

突变

帕博西林,

瑞博西林,

玻玛西林

依维莫斯

Her2

突变

T-DM1,

来那替尼,

曲妥珠单抗,

帕妥珠单抗,

拉帕替尼,

吡咯替尼

BRAC

突变

奥拉帕尼,

他拉唑帕尼

NTRK

融合

LOXO-101等

 

结直肠癌突变靶点及相关靶向药物

 

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

EGFR

突变

西妥昔单抗,帕尼单抗

瑞格菲尼

贝伐单抗

雷莫芦单抗

NTRK

融合

LOXO-101等

 

胃癌突变靶点及相关靶向药物

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

HER2

扩增

曲妥珠单抗

阿帕替尼


胃肠间质瘤突变靶点及相关靶向药物

 

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

KIT,PDGFR,ABL

突变

甲磺酸伊马替尼

瑞格菲尼

舒尼替尼

NTRK

融合

LOXO-101等

 

胰腺癌突变靶点及相关靶向药物

 

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

EGFR

突变

厄洛替尼

依维莫斯

舒尼替尼

 

肝癌突变靶点及相关靶向药物


基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

---

索拉菲尼

瑞格菲尼

乐伐替尼

卵巢癌突变靶点及相关靶向药物

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

BRAC

突变

奥拉帕尼

rucaparib

贝伐单抗

 

肾癌突变靶点及相关靶向药物


基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

KIT, MET, RET

突变

卡博替尼

乐伐替尼

依维莫斯

替西罗莫斯

舒尼替尼

帕唑帕尼

阿昔替尼

 

原发性腹膜癌突变靶点及相关靶向药物


基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

BRAC

突变

尼拉帕尼

贝伐单抗

黑色素瘤突变靶点及相关靶向药物

基因

常见突变

需要检测靶点的药物

不需要检测靶点的药物

BRAF

V600E

维莫非尼

达拉菲尼

--

MEK

突变

曲美替尼

考比替尼


五,各类癌症基因检测技术优劣势大对比!

基因检测的技术其实很多,外行人根本就无法准确辨别。全球肿瘤医生网为大家罗列的13类基因检测技术的优劣势对比,让大家一目了然。


1、等位基因特异性PCR

优点:敏感性 - 需要突变存在1-5%。无需特殊设备。

缺点:目标特异性,无法检测到可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。

2、Sanger双脱氧测序

优点:可以检测到各种未知的突变。如果首次从样本中提取融合转录物的RNA,可用于检测基因融合。无需特殊设备。

缺点:劳动强度大,需要突变DNA存在20-25%。无法检测到外显子或基因 拷贝数的变化。


3、焦磷酸测序

优点:快速和灵敏地检测5%水平的突变DNA。

缺点:需要焦磷酸测序仪器; 在可以在肿瘤DNA中检测到的突变类型方面受到限制。


4、质谱法

优点:灵敏,存在5-10%可靠地检测突变DNA; 测试多个基因。

缺点:需要质谱仪器; SNV特异性并且不能检测可能存在的肿瘤DNA中的其他突变。


5、单碱基扩展测定

优点:灵敏,可靠地检测突变DNA,如果以5-10%存在; 测试多个基因。无需特殊设备。

缺点:SNV特异性并且不能检测可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。

6、多重连接依赖性探针扩增 - MLPA

优点:快速且能够同时检测多个突变。无需特殊设备。可以检测到10%的目标SNV。

缺点:对于外显子或基因 拷贝数变异检测,需要突变DNA以20-40%的水平存在。靶向的SNV和外显子和基因 拷贝数变体都是特异性的,并且不能检测到肿瘤DNA中的其他突变。试剂盒可能不适用于感兴趣的基因或突变。新鲜冰冻组织检测效果优于石蜡包埋组织提取DNA。


7、荧光原位杂交 - FISH

优点:轻松检测基因 拷贝数变化和有针对性的SV,这些SV不易被其他方法检测到; 基于细胞的成像可以检测一小部分细胞中的事件。

缺点:需要石蜡包埋组织未染色的切片; 无法检测到实体瘤肿瘤中发生的大多数突变类型。

8、新一代测序-扩增捕获

优点:能够同时检测单个碱基替换以及更复杂的突变,包括单次测定中许多基因中的重复,插入,缺失和插入缺失; 需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”(1000x覆盖率)时,测定对于检测低丰度突变是敏感的。

缺点:昂贵; 需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。无法检测基因 拷贝数变化和SV。


9、新一代测序 - 杂交捕获

优点:能够同时检测单个测定中许多基因中的替换,重复,插入,缺失,插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点,如FoundationOne TM。

缺点:昂贵; 需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。


10、新一代测序 - 全外显子组测序

优点:综合性中等。在同一检测中,可同时检测许多基因中的替换,重复,插入,缺失,插入和外显子和基因 拷贝数变化。

缺点:昂贵; 需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。

11、新一代测序 - 全基因组测序

优点:最全面。可同时检测整个基因组中的替换,重复,插入,缺失,插入,基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。

缺点:昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。

12、数字PCR - ddPCR

优点:高水平的敏感性和特异性; 相对便宜。

缺点:只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。

13、BEAMing技术

优点:高度的敏感性和特异性

缺点:只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。


六,如何选择一家靠谱的基因检测机构?

介绍了这么多检测靶点和检测技术,那么癌症患者究竟该如何选择一家靠谱的检测机构呢?

目前国内基因检测机构多达三千余家,拥有一批优秀的大公司,但也存在大量小机构,甚至一个小实验室就可以为患者做癌症全基因检测,很有可能花了钱,耽误了时间,结果却什么也没检测出来,因此,进行基因检测的第一步,找一家权威的检测机构是重中之重!对于都是外行的癌症患者来说,很难分辨出究竟哪一家基因检测机构才是靠谱的。全球肿瘤医生网为大家总结关键的五点,给大家检测前参考:


一,硬件——检测设备大同小异

基因检测设备上看,目前大型基因检测公司采用的都是国外的基因检测设备,比如Illumia和Life Technologies等,当然国内的也在研发和使用自己的平台,效果在稳步的追赶国外。设备对于基因检测公司的选择