立即注册找回密码

QQ登录

只需一步,快速开始

小桔灯网

搜索
小桔灯网 门户 资讯中心 肿瘤诊疗 查看内容

60余家实验室满分!2018 年国际肿瘤游离 DNA(ctDNA)基因突变检测室间质量评价结果公 ...

2018-6-14| 编辑: 小桔灯网| 查看: 2326| 评论: 0|来源: 测序中国丨作者:戴胜

摘要: 近日,卫生部临床检验中心(以下简称“临检中心”)公布《2018年国际肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测室间质量评价调查活动结果报告》。肿瘤游离 DNA(ctDNA)基因突变检测对肿瘤靶向治疗、早期治疗应答评估和耐药 ...

近日,卫生部临床检验中心(以下简称“临检中心”)公布《 2018 年国际肿瘤游离DNActDNA)基因突变检测室间质量评价调查活动结果报告 》。

肿瘤游离 DNA(ctDNA)基因突变检测对肿瘤靶向治疗、早期治疗应答评估和耐药监测的实时评估等都具有一定的临床应用价值。由于组织样本的局限性,临床上逐渐开始使用患者血浆中的游离 DNA 进行肿瘤基因突变的检测。为了解临床实验室 ctDNA 基因突变检测的开展现状及质量状况,临检中心开展了该项目室间质量评价的预研, 要求各临床实验室使用日常所用试剂和程序进行检测。

本次质评由卫生部临床检验中心和澳大利亚皇家病理质控中心(the Royal College of Pathologists of Australasia Quality Assurance Programs, RCPAQAP)联合开展,所有质评样本均为卫生部临床检验中心制备。 本次参评单位包括中国和澳大利亚开展肿瘤游离 DNA 基因突变检测的实验室。

一、 实验室回报结果情况

1. 中国

我国共计 116 家实验室参加了本次室间质评, 部分实验室回报的结果为无效结果, 包括以下情况:未回报或者未按时回报结果, 结果回报不完整(缺少 run report 或者 runParameters 文件、缺少结果报告单、 缺少回报表等), 回报项目与报名时方法学不符, 使用同一台测序仪或者同一个 flowcell 等。对于无效结果,不进行评价。

本次共计收到 101个有效结果,满分实验室60余个,满分率66.3%(部分实验室回报 2种或 2种以上方法的结果),其中 NGS 方法 66 个、满分率60.6%; 数字 PCR 法 18 个,满分率83.3%; ARMS 法 16 个、 满分率75%。其它方法 个。 详细名单见下表,(排名不分先后)

2. 澳大利亚

澳大利亚共计 12 家实验室参加了本次室间质评, 有效结果为 8个。澳大利亚评价结果由澳大利亚皇家病理质控中心公布。

二、样本情况

1. 基本情况

共发放 个质评样本,编号分别为 1801、 1802、 1803、 1804、 1805、 18061807、 1808。 为已提取的血浆游离 DNA,游离 DNA 浓度为 3~5ng/μl,样本量为25μl。 1801~1808 号样本均提供临床信息。
18NC 号样本,为已提取的人基因 DNA,浓度 30~50ng/μl,样本量 25μl

2. 质评样本突变等位基因百分比的定值

由于目前没有基因突变等位基因百分比定量的金标准方法,预期结果中采用如下方法来确定等位基因百分比:

1)质评样本制备时,有预期浓度范围;

2) 根据临床实验室回报的 NGS 及 dPCR 结果, 计算每个待评价样本中各突变位点所有实验室检测突变频率(mutant allele frequencies, MAF) 结果的修正均值(X)和标准差(SD)(取 75%CI 的结果)。

3) 修正均值在预期浓度范围内,即为预期的基因突变等位基因百分比。

3.预期结果

本次评价的基因突变预期结果, 具体信息见下表 :

三、 检测项目和要求

1. 本次质评的检测项目是肿瘤游离 DNActDNA)基因突变检测。

2. 本次室间质量评价调查活动在向每个参加实验室发送检测样本的同时,附有给实验室的活动说明“2018 年国际肿瘤游离 DNActDNA)基因突变检测室间质量评价调查活动安排及注意事项、 “2018 年国际肿瘤游离 DNActDNA)基因突变 ARMS 和数字 PCR 检测室间质量评价调查活动回报表以及“2018 年国
际肿瘤游离 
DNActDNA)基因突变高通量测序检测室间质量评价调查活动回报表。

四、评价原则

肿瘤游离 DNActDNA)基因突变检测室间质量评价的评价原则如下:
由于本次质评的评价包括两个部分
1. 基因突变的定性结果评价
1) 假阴性结果: 在检测范围内、检测下限以上的基因突变均要求正确报
告,未报告即为假阴性结果,每个假阴性结果扣 
10 分。
2) 假阳性结果: 预期结果以外的基因突变结果,均为假阳性结果,每个
假阳性结果扣 
10 分。
3) Cutoff 值以下结果直接报告为阳性, 扣 10 分。
4) PT 成绩计算:累计扣分, 90 分或 90 分以上为合格。

2. 基因突变的定量结果评价 仅在实验室基因突变定性结果合格的情况下,评价所报告的等位基因百分比结果;如果定性结果不合格,则不进行定量结果评价。

1) 计算实验室报告的每个突变等位基因百分比的 值;

z=x─X) /SD
注: 为某实验室报告的某个突变等位基因百分比的 MAF 结果; 为所有实验室对该突变位点检测 MAF 结果的修正均值, 即表 中“突变频率”; SD 为所有实验室对该突变位点检测 MAF 结果的修正标准差, 即表 中 SD 值;

2) z值介于 2.0-2.0之间为在允许范围内,判定为可接受结果;z>2.0或 <-2.0 不在允许范围内,判定为不可接受结果。 一个不可接受结果扣10 分。

3) PT 成绩计算: 不计算 PT 成绩,实验室自我教育。

五、 PT 成绩情况

定性 PT 成绩合格的实验室,发放定性质评合格证书。 PT 成绩不合格的实验室,发放质评参加证书; 无效结果,不评价,不发放证书。

本次质评实验室 PT 成绩情况见下表 :

 

六、各样本的结果统计

各质评样本的总体检测情况见下表 ,本次共计报告了 21 个假阳性突变结果 。

七、对本次质评调查活动的说明

本次质评面向中国和澳大利亚开展肿瘤游离 DNA 基因突变的实验室,从2019 年开始,将接受全世界各国实验室的报名,并将继续与 RCPAQAP 在该领域进行促进实验室检测标准化的合作。

本次质评评价的是实验室进行 ctDNA 基因突变检测能力。 室间质评样本突变等位基因百分比约在 0.01%~15%, 由于绝大多数的实验室

声明:
1、凡本网注明“来源:小桔灯网”的所有作品,均为本网合法拥有版权或有权使用的作品,转载需联系授权。
2、凡本网注明“来源:XXX(非小桔灯网)”的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。其版权归原作者所有,如有侵权请联系删除。
3、所有再转载者需自行获得原作者授权并注明来源。

鲜花

握手

雷人

路过

鸡蛋

最新评论

关闭

官方推荐 上一条 /3 下一条

客服中心 搜索 官方QQ群 洽谈合作
返回顶部