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遗传病基因检测讨论:王剑、高儒真/陈晓巍、韩连书、王若光

2018-2-27| 编辑: 小桔灯网| 查看: 670| 评论: 0|来源: 顾大夫工作室 作者:顾卫红

摘要: 顾大夫沙龙第一期“如何解决遗传病基因检测结果未明的问题”举办之后,我们发起征集相关专业人士的意见和建议,将陆续分享。之后我们将整理汇总沙龙讲者、嘉宾和各位专业人士的意见,以纪念册方式发布。希望更多的人 ...

顾大夫沙龙第一期“如何解决遗传病基因检测结果未明的问题”举办之后,我们发起征集相关专业人士的意见和建议,将陆续分享。之后我们将整理汇总沙龙讲者、嘉宾和各位专业人士的意见,以纪念册方式发布。希望更多的人一起努力,共同推动行业发展。

顾大夫沙龙第一期感想(附内容梳理文章链接)


本期分享意见的专业人士(排名不分先后):

王 剑   上海儿童医学中心分子诊断实验室主任

高儒真  陈晓巍   北京协和医院 耳鼻咽喉科/耳聋基因实验室

韩连书  上海交通大学医学院附属新华医院,上海市儿科医学研究所

王若光  若光医学中心,长沙高新开发区若光医药科技有限公司


王 剑

首先感谢顾大夫搭建这个交流的平台,关于“如何解决遗传病基因检测结果未明的问题”的确是目前临床最为棘手的问题。测的越多,随之结果未明的病例也会越多。我个人觉得这个需要“临床医生、实验室(检测机构)人员与行业协会组织”等多方共同努力,才能有所改善。


(1)“临床医生”:需要能够初步鉴别遗传病,详细准确的记录描述患者的表型,并选择合适的基因检测方法。因此需要临床医生掌握基本的临床遗传学知识和积累一些遗传病诊治经验,或尽量把患者转诊到医学遗传科、有经验的专科医生手中。当拿到检测报告后,应结合临床表型与基因型,通过查询病例文献、会诊讨论等,最终诊断是否为遗传病,并采取最有利于患者的处理方法。


(2)“实验室(检测机构)人员”:首先应该对建立的检测方法进行严格的质量控制及有效性评估,保证产生的数据是真实可靠的,尽力避免漏检的可能性。并逐步往自动化实验、信息化管理方向发展。基因(组)变异分析、解读人员应该严格遵守ACMG等专业学会指南,报告的变异应该和患者的临床表型有关联,需要分析界定可报、不可报的基因/变异种类,并随时与临床主诊医生沟通交流。这个工作对从业人员的知识结构和职业责任心要求非常高,除了掌握一定的临床医学、遗传学、实验技术知识外,还需要积累一定的工作经验。由于我国还没有专业的遗传咨询师,所以实验室人员还需要承担一些后续的遗传咨询工作。


(3)“行业协会组织”:应努力搭建平台促使从业人员相互交流,号召实验室间共享经验,共享变异数据库、临床资源、变异分析的结果等,从而达到共赢的目的。不同实验室有时会对同一个变异做出不同的结论,这里面有原则性问题,也有对原则理解的问题。因此行业协会在号召大家学习掌握已有国外成熟的变异分析指南的基础上,需要组织制定适合本国国情的统一原则共识,并不断修订完善成行业指南。


高儒真 陈晓巍

1、基因检测报告的结果如何建立再分析的流程?
    基因检测技术、新发现突变及其疾病释义呈一个飞速的态势几乎每天都在更新。基因检测报告也往往提示一些释义未明的突变,检测机构也无法提出准确的解释。这些突变的意义究竟如何?这可能会是一个艰难的再分析过程。以协和医院为例,门诊接诊量中很多是罕见病患者或已行常规筛查的病人,如何明确诊断需要医师敏锐的视角和紧跟前沿的洞察力。现实情况是临床医师很难实时关注到此更新,然而与重点研究领域相关的新进展又决定了遗传门诊的诊断实力,这种情况下急需要一个后援平台的支持,可以是公众号,医学科研机构或是检测机构为主导,主要是过滤出与疾病、基因、突变最紧密相关的新发现进行推送,保证国内行业内检测、咨询从业人员位于此领域的前沿,从而为患者服务。


2、临床医生和检测机构如何更好连接以提高检测效率?
    这需要两个群体都保持开放、学习、合作的态度。同时要真诚沟通充分了解,医师的兴趣、特长所在是什么,就诊于医师门诊的病人往往需求就是什么,那么检测机构提供的检测线在准确率、时效、报告有效性、与医师协作方面都有何特长,充分了解后才得以提高检测效率,让病人尽快拿到最为准确合理的诊断和解释。


3、如何基于更完善的数据库进行分析?
    数据库的汉化为国内检测、咨询从业人员提供了更多阅读上的便利,希望今后遗传领域的汉化更为深入,实时更新,这需要更多中国医师、学者、基因从业人员的共同努力。


4、数据如何共享和质控?
    在保证患者隐私安全的情况下最大限度的在领域内交流、共享,应以严谨的态度表明检测参数、流程、解释背景数据库、检测质量。


5、如何探索建立疾病诊断解决方案?
    除将检测与临床表型紧密联系后分析外,还要关注一些更为深入、基础的机制性研究,以此增加致病性证据,这需要医师思路活跃、充满热情,也需要很好的合作伙伴来执行并结果共享。临床、检测、科研人员应当按研究兴趣多沟通、交流,互相借鉴、帮助。


6、各种检测技术如何更好地联合应用?
    以疾病为出发点,建议临床医师多关注基因领域的检测手段,基因从业人员也多关注疾病及相关临床检测手段,这样才能做到以病为本,延伸出一系列对疾病有协助确诊意义的手段的结合。


韩连书

非常感谢顾博士的信任及邀请。作为一名长期从事临床遗传病诊治工作的医生很乐意参与有关遗传病的讨论。希望顾博士组织更多的临床大夫参与讨论,听听他们的见解及需求,包括各个专业的专家及非专家(年资高、中、低的一线医生),这样会有助于遗传病诊治工作及科研工作的深入开展。下面就所设题目,分享一些我的观点,仅供参考,不足之处请谅。


1. 基因检测报告的结果如何建立再分析流程?

基因检测报告的结果如何建立再分析流程,需要从再分析目的进行设置,包括3个方面:患者要求明确病因需求、送检医生科研需求、检测机构科研或数据库建立需求。

(1)患者要求明确病因需求:对于这个需求,是尽可能明确患者所患疾病的病因,需要建立患者病史进一步采集、与送检医生沟通、某种专业疾病的针对性数据分析,是针对某种疾病的再分析流程。

(2)送检医生科研需求:对于这个需求,是对专业医生送检患者的结果数据再分析,需要建立送检医生送检患者信息收集、与送检医生沟通、医生所关心的某类专业疾病的针对性数据分析,是针对某大类疾病的再分析流程。

(3)检测机构科研或数据库建立需求:对于这个需求,是检测机构自身需求,需要建立所有或某专业方向的送检样品信息收集、某专业疾病的针对性数据分析,是对某专业疾病的再分析流程。

对于这些再分析流程,对于检测机构需要设置不同的专职人员对口负责及再分析经费来源,做到专一性,这样才能利用好各方知识,获得较好的再分析结果,达到再分析目的。


2、临床医生与检测机构如何更好地连接以提高检测效率?

临床医生与检测机构的连接是个难题,这个难题主要是专业知识方面,一方面是送检医生的遗传学知识,一方面是检测机构专业人员的临床知识,给双方的连接及沟通带来困难。对于如何更好地连接以提高检测效率?我的从长远到近期建议如下:

(1)临床医生需要尽快复习、学习基本的遗传学知识及目前基本的遗传学检测技术,若做不到这点谈不上沟通了。

(2)检测机构需要制定每年的临床遗传学知识培训计划,请不同专业临床遗传学专家来公司讲课,经过几轮的培训,使本机构的数据分析人员掌握基本的临床遗传学知识(注:只是看专业书籍书、看文献是不够的)。这是很多检测机构没有做到的。

(3)检测机构聘请临床遗传专业医生,参与部分结果数据分析,在必要时与送检医生进行对接,弥补送检医生在遗传知识方面的不足。

(4)临床医生填写送检单,患者病情信息尽可能填写详细,这方面牵涉到患者信息再利用问题,检测机构有责任没有征得送检医生及患者的同意,不能利用这些患者信息,若利用,最好签订协议。

(5)若送检医生愿意,检测机构,可在出具报告前,将与患者可能相关的检测结果的文献或OMIM资料发给送检医生(因为送检医生可能由于各种原因查找这些资料较麻烦),再由送检医生结合患者病情分析,得出可能的结果反馈给检测机构,再出具检测报告,这对于临床医生也是个学习机会,当然需要医生愿意去这样做。


3、如何基于更完善的数据库进行分析?

现在数据库很多,公共的大数据库很多,还有各自建立的数据库,我的建议是:

(1)建立数据库登记标准,也就是数据库信息规范,便于数据库之间的信息交流。

(2)研发一个数据库利用软件,一个软件可以把不同公共数据库串起来,查找方便,节省时间。

(3)数据每天都在更新,国内检测机构大部分都是用的国外数据库,而国内患者数据与国外的有很大不同,可惜国内还没有一个较权威的患者数据库。目前正在进行的、由协和医院张舒扬副院长牵头的中国罕见病登记系统,也许会有助于国内数据库的建立,但是由于参与单位有限,仍不是叫完善的数据库。故建立国内较完善的患者数据库是当务之急。

(4)注意,数据库信息不一定正确,需要有甄别的思维。


4、数据如何共享和质控?

数据如何共享是个难题,这一方面是技术问题,如前所述,需要研发软件,对愿意共享的数据进行检索,方便、节省时间。但另一方面,数据是否愿意共享,这就不是技术问题了,这里不作讨论。

数据质控方面,建议由卫计委临检中心成立基因检测质控部门,制备质控品,每年不定期对检测机构进行质控。


5、如何探索建立疾病诊断解决方案?

对于疾病诊断,我这里首先建议抛弃既往“金标准”的概念,现在检测技术的突飞猛进,各项技术各有优劣,哪个是“金标准”,哪个是“银标准”。非要有个“金标准”,我的理解,一种疾病可能有几个“金标准”,这样等于没有“金标准”。

对于疾病诊断,既要树立临床表现、影像学检查、实验室检测,三者结合综合分析,进行诊断的原则,又要有对某种病临床表现+某一项检测即可诊断的意识,这就需要专业知识了。另外,对于新生儿筛查发现的疾病,大部分还没有临床表现,只能依据实验室检测结果进行诊断。实验室检测包括代谢物生化检测、酶活性检测及相关基因检测。

对于NGS检测结果,若疑似遗传代谢病,且目前有相关代谢物检测方法的,不妨在结果报告解释中建议相关的代谢物或酶活性检测,以便达到确诊的目的。尤其是血串联质谱检测及尿气相质谱检测,这2项技术可以检测国内目前较常见的氨基酸、有机酸及脂肪酸氧化代谢病,及其他一些代谢病。不妨与有这些检测技术的单位联合检测,以便提高遗传病检出率。


6、各种检测技术如何更好地联合应用?

目前遗传病检测技术种类繁多,只有真正的遗传学人员能够了解清楚,大部分临床医生可能还了解不全面,所以说,如何更好地联合应用这些技术还只能在相对专业人员层面探讨。我的建议如下:

(1)对于无明显外表畸形的各种疑似遗传病,因单基因遗传病的可能性较大,建议血串联质谱技术、尿气相质谱、NGS联合检测。

(2)对于外表明显畸形的建议先染色体芯片检测,再NGS+血串联质谱技术、尿气相质谱,或直接上述联合检测(需要与患者或家长解释清楚意义及费用,让患者或家长决定先后做检测,或同时做检测)。

(3)对于生化检测已经表明确的单基因病,基因突变未检测到者,尚需要MLPA或定量PCR检测,以便发现外显子缺失。

最后,鉴于氨基酸、有机酸及脂肪酸氧化代谢病在我国属于高发遗传代谢病,建议各位参与遗传病检测、诊治工作的各行业人员,积极推广、重视血串联质谱检测技术及尿气相质谱检测技术的应用。

谢谢大家!不足之处,请批评指正。


王若光

    学习了顾大夫沙龙许多专家的发言,受益良多,感谢顾大夫为行业发展搭建这样的讨论平台。我作为临床医生,有幸接触到很多先天或遗传疾病,有些感悟,拙见如下:

表型树-疾病谱-基因网络关联性及多学科协作

一、表型树-遗传病临床表型准确、完整描述及归纳具有重要意义,表型可构成重要证据链,提供基因检测的指向性。

在临床工作中深切体会到,准确全面归纳遗传病的临床表型,并不是一件容易的事。常常看到临床医生在提供遗传病例的咨询时,对于表型的描述不清晰、甚至错误,常有遗漏。而有时一张照片却能提供更丰富信息,一个重要或核心表型可为确认某种遗传病提供重要证据。有些疾病则由一连串相关联的表型共同组成证据链,而呈现系列典型特征。

记得一位老师向我咨询过这样一个病例:第一胎患儿孕16周开始宫内发育迟缓,室间隔缺损,剖腹产分娩,心脏手术后20个月夭折。目前是第二胎,因心脏畸形引产,做了心脏发育相关的基因没有查到突变。这个病例表型描述欠清晰,资料不全。我进一步询问时得知:鸡胸,多指,解剖提示房间隔缺损、单心房。通过补充的信息可知,鸡胸,临床用语但作为表型述语欠规范,而是实际提示是:短助,加上房间隔缺损,单心房,发育迟缓,多指等表型,我马上联想到了:软骨外胚层发育不良(Ellis-van Creveld 综合征,先天性软骨钙化障碍心脏病综合征),后经检测确认:父亲携带EVC的突变,母亲携带EVC2突变,胎儿遗传了这两个突变。之所以能够确认这个病例,最重要的表型依据是三个:短肋,多指,单心房,这三个表型提示与纤维软骨异常相关。

还记得我院超声科大夫的一例咨询,宫内孕28周,发现胎儿心脏横纹肌瘤,我询问家庭情况时得知,婆婆癫痫已去世多年,当即建议该孕妇丈夫到诊,发现丈夫鼻唇沟、颊部散布错构瘤样结节,这让我联想到多发性错构瘤病——结节性脑硬化综合征,后经基因检测证实胎儿为结节性脑硬化综合征,心脏横纹肌瘤为该综合征的表现之一。

因此,表型归纳总结及完整性,在遗传病诊断中具有重要地位,需要临床医生花大量精力和时间仔细调查并准确归纳,从而利于提高临床诊断率。

临床各科医生均有机会接触到遗传病,特别是产科,儿科,母胎医学科,外科,还有精神、神经,内分泌,心血管,骨科,甚至消化,泌尿,皮肤等等,具备遗传学知识可以扩展临床医生的眼界思路。

顾大夫近年来倡导的HPO及CHPO(中文人类表型标准用语),对于遗传病临床表型的规范描述,具有重要意义。在临床各科临床医生中推广学习达到普及,仍然需求巨大。希望能进一步在全国推广,可以较快提高临床一线医生对表型描述的规范性。从而为基因检测提供更好的临床基础资料。

临床表型不仅仅是外在表现,如颜面、体表、四肢等,还包括超声、MRI等影像学检查的病理提示、异常征象、指标变化等,均属重要表型证据,也为基因检测提供指向性。

 

二、疾病谱-遗传病发生发展发育生物学密切相关,临床特征有其规律可循

遗传病的发生、发展、临床表现与发育生物学密切相关,其发展演变具有规律性。如颅缝早闭在不同发育阶段不同的颅缝闭合,则头形不同,矢状缝早闭(舟状头畸形),冠状缝早闭(双侧为短头畸形,单侧为前斜头畸形),额缝早闭(三角头畸形),“人”字缝早闭(后斜头畸形)等,不同的异常头形则与不同的基因功能相关联。TWIST基因突变导至Saethre-Chotzen综合征(短头伴上颌骨发育不全,耳轮脚突出,并指)。而FGFR1~3基因突变分别导至Pfeiffer综合征,Apert综合征,Crouzon综合征,Muenke综合征等,表现不同的颅缝早闭头形及并指特征。

遗传病或先天病的序列征概念,即指形态发生过程中某一基础环节异常从而引发一系列后续畸形,这些异常具有关联性和次序性。如前脑无裂序列征在胚胎28天异常时,主要表现为颅内异常如单脑室,胼胝体发育缺如,垂体发育不全,嗅叶及视神经缺失,面容上表现为独眼、无眼、小眼、虹膜视网膜缺损等。而错后一周,在胚胎35天发育异常时,则可无颅脑异常,而主要表现为颜面异常:面中部器官缺或发育不全,唇裂、腭裂,眼距窄,筛骨缺如,无鼻中融、单鼻孔、象鼻等。不同发育阶段呈现不同特征的异常表型,是由发育生物学的规律性所决定。

另如眼-耳-脊椎畸形谱是由于第一和第二腮弓发育异常所致,主要为单侧性,表现为面部不对称和耳畸形,小颌,口裂,后枕部脑膨、颈脊椎发育不良等。而在胚胎7~8周以前第一、二腮弓发育异常所致Treacher Collins综合征,是为双侧性,主要是颧眶骨发育不全而致“鸟面样”特征。具有“鸟面”特征同时合并“轴前”骨发育不全如拇指发育不良或缺失、桡骨发育不全等,则为Nager综合征。鸟面合并“轴后”骨发育不全如第五指(趾)发育不良时,则为Miller综合征。

 

三、基因网络

各类疾病或病变,相关基因往往可以形成网络,相互影响,形成关联性。这样的情况在遗传病中不胜枚举,于此不再赘述。

 

对于顾大夫沙龙议题的意见如下:

1、基因检测报告的结果如何建立再分析流程?

我个人认为系统规范的临床分析十分重要,基因检测报告的三个结合或验证:表型分析验证,临床和家系验征,分子验证。加强临床及基础多学科协作,如组织胚胎学,发育生物学,影像学,生殖和母胎医学,病理生理与组织病理学等,多学科知识结合利于提高诊断效率。

一些先天缺陷或疾病,虽然有明显异常表型,但可能由于宫内机械因素如挤压,或血管破裂等所致缺陷或畸形,在进行基因检测时,完全可能无法获得有意义结果。临床诊断及相关检测应统筹分析,有序安排,并不是一概撒大网方式。严谨科学的临床表型及病理特征总结,可为基因检查报告的再分析提供方向。

 

2、临床医生与检测机构如何更好地连接以提高检测效率?

目前我国临床医生仍然需要学习遗传学相关知识,特别是顾大夫推行的CHPO(中文人类表型标准用语)学习,可以达到较短时期内提高临床医生对遗传病的认知水平。同时发挥临床医生专科知识和病理生理等知识体系,明确疾病发生发展演变的特征性和规律性,从而能与基因检测机构更好的对话和提供准确系统的临床信息。如产前不同时期超声检查的各参数的变化,描绘胎儿宫内生长发育情况,以及长骨、脊柱,颅内,躯干及内脏切面、形态结构特征等,达到与检测机构和专业人员更深层次的连接沟通,才能真正提高检测效率。

 

3、如何基于更完善的数据库进行分析?

目前国内已经有了较多积累,如袁慧军教授的耳聋基因数据库等,期待投入临床应用。国外数据库使用仍然需要完善的基础专业资料及归纳分析,这样才能恰当使用这些数据库,利于减少盲目性和工作量。

 

4、数据如何共享和质控?

需要有影响力的知名专家及学科专家团结组织国内机构,加强国际交流,利用网络发展技术,不断积累,多学科多角度多层次协作,广泛交流,相互补充,逐步完善。

 

5、如何探索建立疾病诊断解决方案?

疾病诊断应分层次,分难易,分已知未知。国内外的广泛交流,利于提高认知水平,遗传学由基础向临床发展转化是必然方向,也是活力之源。我国人群遗传病具有独特性,虽然目前以产前诊断为热点,我国遗传学基础与临床研究、应用发展很快,但与国外相比仍然存在较大差距,这需要大家合力,发挥不同的专业特长,交流合作由易到难,由已知到未知逐步建立体系和解决方案。

 

6、各种检测技术如何更好地联合应用?

不同检测技术具有不同的优缺点,如何恰当使用,关键基础仍在于临床信息的系统性和专业性,基于此形成指向性,达到合理选择或联合使用检测技术。

 

其他:

目前遗传代谢病诊断主要集中上海、北京等医院,许多省区开展较少。一些偏远地区先天或遗传病及代谢疾病的诊断能力仍然存在巨大发展空间。孕前孕后、产前产后一体化体系构建仍然有很长的路要走。

由于发展的不平衡性,目前在遗传病检测、临床诊断、预后处理等方面,仍然有许伦理问题亟待规范。一些遗传病由于未获得专业帮助而导至悲剧不断重演,而另一方面又看到对生命保护不足,发现缺陷即行引产等粗糙情况。还有一些先证者丢失,或缺乏专业认识导至错失或延识诊断时机等情况,因此,精准医学发展,临床与基因检测加深专业交流融合,任重道远。

感谢黄尚志老师,顾卫红老师的专业引领和号召,激发了大家的热情,让更多的专业人员参与到讨论中,促进行业发展。深致敬意。


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