使用Oxford Nanopore掌上测序仪，5小时内检测到奥米克戎（Omicron）变异，8小时内完成全基因组测序。
图片来源：https://news.yahoo.com/genome-sequencing-detected-first-u-062940774.html 加州大学旧金山分校 Charles Chiu 实验室使用Oxford Nanopore掌上测序仪成功鉴定美国首例奥米克戎（Omicron）新冠变异株感染，在收到样本后的5小时内便成功检测到奥米克戎（Omicron）变异，并在8小时内完成了对该病毒样本的全基因组测序。 在新冠疫情监测中，基因组流行病学提供了预防和管控传染病疫情所需的详细见解。而易于部署、可在中心化或近样本源的环境中快速提供结果的基因组测序技术是其中不可或缺的一部分。最近出现的数种SARS-CoV-2 病毒值得关注的变体 (VOC)，更加体现出持续基因组测序监测对追踪病毒基因组序列变化及其相关生物学影响的重要性。 世界各地的科学家们使用纳米孔测序对 SARS-CoV-2 病毒基因组进行快速测序和分析，再结合整个科学界的快速数据共享，使得基因组流行病学分析成为全球公共卫生应对 COVID-19 疫情的关键部分。 在加州大学旧金山分校发布的新闻稿中，科学家们表示他们使用了一种尺寸仅稍比U盘较大的高科技纳米孔测序仪设备对病毒基因组进行测序。 “它由笔记本电脑中的 USB 端口供电，使我们能够进行非常快速的实时测序，” Charles Chiu教授表示：“这种方法使得我们能够在几小时内就获得结果并识别出这种变异。如果我们必须在传统测序仪上运行，则通常至少需要一天时间。” “我们在5小时内便得以确认检测到奥米克戎（Omicron）变异，并在8小时内获得了几乎整个基因组。于昨晚凌晨 4 点最终证明这是一例奥米克戎（Omicron）新冠变异株感染。” 各国科学家们正在努力确定该变体的传染性、致病程度以及当前疫苗对它的作用如何。 通过快速测序和共享 SARS-CoV-2 基因组数据可以帮助快速鉴定变异并跟踪其流行率和分布。这些可能会影响病毒所导至疾病的性质，或影响未来的治疗策略和疫苗设计，确定病毒株之间的关联性。这有助于指示或排除传播途径，能够识别和调查集群，并有助于为控制病毒传播的策略提供信息。 资料来源: https://sanfrancisco.cbslocal.com/2021/12/01/omicron-covid-ucsf-lab-confirm-san-francisco/ https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-12-01/cdc-confirms-first-case-of-omicron-variant-detected-in-u-s https://news.yahoo.com/genome-sequencing-detected-first-u-062940774.html |
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