图 :ctDNA 检测原理 ctDNA(circulating tumor DNA,循环肿瘤DNA)是指人体血液循环系统中不断流动的携带一定特征(包括突变,缺少,插入,重排,拷贝数异常,甲基化等)来自肿瘤基因组的DNA 片段。ctDNA 的主要来源包括来源:1、来自坏死的肿瘤细胞;2、来自凋亡的肿瘤细胞;3、循环肿瘤细胞;4、来自肿瘤细胞分泌的外排体。传统的组织活检必须要知道肿块的位臵,这就让我们很难做到对肿瘤的早期预防。但如果肿瘤的碎片进入到血液里面去,我们从血液当中检测出来,在影像可见的阶段之前,让我们提早预测到组织肿块,这就能比传统的诊断获得更早的机遇,抓住更好的治疗机会。非侵入性液体活检可以提前发现癌症的高危群体,提早对肿瘤的发展进行干预。理论上讲,一个细胞含有约6-7pg 的DNA,1mL 血能提取10ng 游离DNA,相当于来自约2000-3000 个凋亡细胞的DNA 量。但是一般情况下只占整个循环DNA 的1%,甚至只有0.01%。因此,这对DNA 的检测技术提出了比较高的要求,目前,ctDNA 检测的主要技术手段包括:BEAMing、数字PCR、ARMS-PCR,TAM-Seq、CAPP-Seq,NGS等。对ctDNA 的分析包括定性和定量的分析,其中定性分析包括检测基因突变、缺失、插入、融合、重排、拷贝数变异、甲基化、微卫星不稳定(MSI)和杂合性缺失(LOH)等;定量分析就是计算ctDNA 在血液中实时的含量。定性和定量两种方法均可以反映肿瘤的存在和严重程度。 ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ctDNA 的发展历程 图 :ctDNA 发展历程 >>1948 年,发现ctDNA。Mandel 和Metais 发现血浆中存在游离的核酸分子(CR Acad. Sci. Paris 142, 241–243,1948),不幸的的是由于当时对血液中循环DNA 分子缺乏理解,这项研究并未引起重视。在此之后的30 年中,仅有两篇关于自身免疫病的文章报道了ctDNA(J. Clin. Invest. 45, 1732–1740,1966; J. Clin. Invest. 30, 1732–1740,1951)。>>1977 年,发现ctDNA 与肿瘤存在相关性。肿瘤患者的血浆游离DNA 水平要明显高于健康人群,在化疗之后ctDNA的水平会降低(Cancer Res. 37, 646–650,1997);>>1994 年,肿瘤中的标志性基因突变在ctDNA 中也存在。胰腺癌患者的ctDNA 含有胰腺癌的标志性基因K-Ras 的突变(Cancer Epidemiol. Biomar. Prev. 3, 67–71, 1994);同年,骨髓增生异常综合征的标志性突变N-ras 也在ctDNA中被报道(Br. J. Haematol. 86, 774–779, 1994)。>>1996 年,ctDNA 的的微卫星序列在肿瘤病人血液中被发现。在此之后的几年里很多cfNA(cell free nuclear acid,包括DNA,mRNA 和micro-RNAs)纷纷被报道(Nat Med, 2:1035–1037.1996)。>>1997-1999 年,cfDNA 中的突变与多种肿瘤的相关性相继被报道。(Gastroenterology,112:1114–1120,1997.;Br JCancer,80:1262–1264. 1999)>>2008 年,ctDNA 与疾病监测。结肠癌中APC 的突变的动态变化被用来检测肿瘤病人的疾病发展状态。(NatMed,14:985–990, 2008)>>2009 年,EGFR T790M 的突变在肺癌病人中被发现,并用于指导用药。(Clin Cancer Res,15:2630–2636,2009)>>2012 年,ctDNA 与耐药性研究。第一例获得性耐药的机制在结直肠癌病人中被发现。>>2013 年,ctDNA 全外显子测序被用于病人的耐药性研究中。(Nature, 497:108–112,2013)>>2016 年,FDA 批准Epigenomics 公司以血液为基础筛查大肠癌的Epi proColon 技术,这是目前第一个被FDA 批准的ctDNA 检测产品。代表着政策开始向ctDNA 检测开放。 ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ctDNA 的富集 图 :ctDNA 富集方法 血液中含有大量游离在细胞外的核酸(cfDNA),不仅包括来自肿瘤的核酸(ctDNA),还包括其他来源的核酸。在检测ctDNA 的第一步就是将cfDNA 从血液中抽提出来。由于ctDNA 浓度低而且高度碎片化,富集和分离就显得尤为重要。一般我们需要5-10mL 血液,收集后,取血清或血浆分离cfDNA。血液经抗凝处理后的全部血液为全血;离心除去血细胞后所得到的淡黄色液体为血浆。血液不经抗凝处理,自行凝固后,血液除凝固的部分以外的清澈淡黄色的液体就是血清。虽然血清中ctDNA 的浓度是血浆中的3-24 倍,但是凝血过程中容易产生的杂质污染。相比之下,用血浆提取DNA 使用更广泛。由于血液中DNA 酶的存在,使得cfDNA 在血液中不稳定,易被降解。分离DNA 应在抽血后的数小时内完成。常用于分离ctDNA 的方法有两种:>>离心柱法 以硅胶滤膜作为固相载体的,基于二氧化硅选择性结合DNA 的独特属性。其原理是带负电的DNA骨架与带正电的硅胶滤膜之间的高亲和力。钠离子起到阳离子桥的作用,它可以吸引核酸磷酸骨架里带负电荷的氧。在高盐条件(pH≦7)下,钠离子可破坏水中的氢与硅中带负电荷的氧之间的氢键。通过大量漂洗去掉所有杂物后,用TE 或Tris-Hcl 缓冲液或蒸馏水在低离子强度下(pH≧7)洗脱纯化的DNA。>>磁珠法 带有磁荷的颗粒可通过磁场中的永磁将其移除。这些磁颗粒可用表面包被活性基团的氧化铁颗粒制成。因表面积大,结合核酸的能力较强,可作为较好的分离载体。如果赋予容器侧壁磁性,样品混合物中结合有核酸的磁珠则聚集到容器壁,直接倾倒容器可将其他杂质去除,避免了反复离心。磁珠表面包被有活性基团可特异性吸附核酸。磁珠分离技术是现今核酸纯化的一种简单快速的方法。 ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ctDNA 的检测方法 图 :ctDNA 检测技术发展趋势 桑格测序和焦磷酸测序法是最早,最成熟的DNA 测序手段,但由于灵敏度较低,不能检测血液中微量的DNA,在液态活检中没有应用价值。ctDNA 检测技术中使用最广泛的是dPCR 和ARMS,由于其成本低,灵敏度高,适合检测血液中微量的DNA。目前有多种基于dPCR 或ARMS 设计的实验技术,在dPCR 或ARMS 的基础上提高了灵敏度和准确度。但是依然无法克服dPCR 或ARMS 的缺点:低通量,不能检测未知突变。二代测序技术(NGS)能够很好的弥补dPCR 在ctDNA 检测上的不足,但缺点是价格太高,目前难以在市场推广。为了在保证检测准确性和测序深度的基础上降低价格,目前越来越多的新技术关注于ctDNA 目的片段的富集。将富集后的目的序列进行深度测序,能够很好的保证高通量检测多个已知和未知的突变,同时控制成本。 ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ ctDNA 测序方法精度比较 表 :ctDNA 检测灵敏度临床研究结果 我们整理分析的近年来关于相关ctDNA 临床研究的论文。上图展示了不同方法对于不同癌症不同时期的检测准确率情况。从目前的研究来看,ctDNA 对于早期癌症(原位癌和I 期临床病人)的检测准确率很低,例如膀胱癌原位癌准确率约为57%,胰腺癌原位癌准确率约为50%,结直肠癌I 期准确率仅仅为37%。相比之下,对于晚期肿瘤(IV期)的准确率非常高,大部分都能超过80%的准确率,有一些癌症甚至能达到100%。从临床数据可以看出来,通过ctDNA 进行肿瘤的早期筛查依然很困难,这与肿瘤早期血液中ctDNA 含量少,难以检测有关。不同时期,癌症患者特内的ctDNA 含量不同。在癌症后期,由于ctDNA 含量多,检测难度低。所以,在癌症治疗市场,其瓶颈在于如何低价高效的全面的覆盖肿瘤的各个突变。在保证准确率的基础上降低检测成本,是液态活检在癌症治疗领域应用的关键,大规模的临床实验有助于行业标准的建立。例如:Foundation Medicine 的 FoundationOneHeme 检测405 个癌症相关基因,FoundationACT 检测62 种基因突变和6 种融合基因,FoundationOne 检测315 个癌症相关基因;世和基因的体外诊断产品血递安检测416 个相关基因。目前这些产品价格大都在10000 元以上,难以大规模推广,检测成本是这个环节的瓶颈所在。在肿瘤早期筛查市场,由于肿瘤早期ctDNA 含量少,需要先富集目的序列再进行深度测序。对DNA 进行深度测序并不存在技术难度,市面上有成熟的仪器和方法进行检测。通过ctDNA 进行的癌症早期筛查瓶颈主要在于高效的靶向扩增和数据分析,其中最关键的是目的基因的靶向富集技术。我们认为,具有靶基因富集技术,大量临床样本和大数据分析能力的公司未来将在ctDNA 早期癌症筛查能力最先突破。 |