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迈克生物数字 PCR,让miRNA定量更精准

2024-4-1 23:19| 编辑: 小桔灯网| 查看: 486| 评论: 0|来源: 迈克生物

摘要: 随着分子生物学相关检测技术的发展,以miRNA为主的非编码RNA(ncRNA)可为组织体液鉴定、死亡时间相关推断、年龄估计等提供新的策略和方法,在法医学研究中发挥重要作用。 ...

      随着分子生物学相关检测技术的发展,以miRNA为主的非编码RNA(ncRNA)可为组织体液鉴定[1-4]、死亡时间相关推断[5-7]、年龄估计[8-10]等提供新的策略和方法,在法医学研究中发挥重要作用。但低质量的RNA会增加基因表达分析的难度,影响研究结果[11-13]。因此RNA的完整性是成功分析转录组和获得RNA标记物准确表达数据的先决条件。


      3月2日,四川大学华西基础医学与法医学院法医学研究所科研团队在Forensic
Science International发表了题为“RNA quality score
evaluation: A preliminary study of RNA integrity number (RIN) and RNA integrity
and quality number (RNA IQ)”的研究论文,该研究评估了RIN值和RNA IQ值在RNA样本完整性检测中的性能,并通过迈克生物D 600全自动数字PCR分析系统评估了不同降解程度对RNA样本中3个miRNA表达水平的影响,为RNA生物标志物的分析提供了可靠的检测方法
[14]


      
      该研究分析了热降解和RNase介导的降解样本,结果显示RIN和RNA IQ质量评分都表现出良好的重复性和重现性。在经过热降解的样品中,RIN值呈现出与加热时间对应的变化趋势,但RNA IQ值在时间梯度上几乎没有变化,因此RIN和RNA IQ质量评分存在一定不一致性;并且在RNase介导的降解样本中,RNA IQ值呈现出更好的线性。RNA降解是一个非常复杂和高度可变的过程,因此仅通过单一指标难以对其进行综合评价。



      同时,研究者利用qPCR和迈克生物D 600全自动数字PCR分析系统(图a)检测了完整和严重降解RNA样本中三种miRNA(hsa-let-7g-5p、hsa-miR-93-5p和hsa-miR-191-5p)的表达水平。结果显示,与完整的RNA样本相比,严重降解的样本中三种miRNA的表达水平没有明显变化(图b),因此分析具有稳定区域或微小的RNA生物标志物对于降解程度较高的样本(例如体液斑等)是可靠的研究方式。



      基于标准曲线法和依赖Ct值的间接定量方法,以及PCR抑制剂的存在使得qPCR过程繁琐且容易导至结果不稳定。而数字PCR作为第三代PCR技术,克服了qPCR的局限性,并且灵敏度更高,可直接获取目标基因的绝对拷贝数,为miRNA研究提供了更高的检测精度及分辨率,全自动的检测设备也极大降低了操作的复杂性,成为评估miRNA完整性的极具应用价值的检测新方法。



      迈克生物D 600全自动数字PCR分析系统采用自主研发的振动微滴(OsciDrop®)核心专利技术,实现了核酸的绝对定量、灵敏度高、耐受抑制物干扰,并且集成了微滴生成、PCR扩增和荧光检测三大步骤,实现了“样本进、结果出”的全新模式。目前迈克生物数字PCR平台已开展30余项科研试剂产品研发,涉及肿瘤、遗传性疾病、病原体检测等疾病领域,并可提供个性化试剂定制服务,能够满足临床、科研、疾控、司法鉴定及食品安全等多应用场景的精准检测需求。




参考文献
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RNA integrity number (RIN) and RNA integrity and quality number (RNA
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