承接上文三代测序学习笔记-技术起源2，我们继续: 经过学习技术起源1和技术起源2，我相信大家都对基本原理有了认知，可能会觉得这个技术so easy，是不是我们都可以来找几个合伙人干一下？会突变表达蛋白的，会生信的，会半导体芯片的，马上可以拉来一波风投，走向人生巅峰？其实真的没有这么简单... 一，成也速度，难也速度
我们都希望能尽快测序，但是具体实施方面，信号的收集难度给我们当头一棒。在Kasianowicz的经典论文实验中，加入了210个多聚U的单链DNA之后，观察到了短则300us，长则1300us的电流阻滞，即最慢的话，1个碱基穿过纳米孔也只需要1300/210≈6.2us，而且才产生了50pA（皮安）。
1s=10^6us,1A=1000mA=10^6μA=10^9nA=10^12pA, 可想而知，在极快的速度下，产生了极低的电流信号, 大大增加了纳米孔测序信号的收集难度。 另外一方面，在不加干涉的情况下，核酸链通过纳米孔的速度也是非常随意而没有规律的，在另外一篇经典文献中（
由此想见，要达到在皮安级电流水平上检测单个核苷酸的精度,必须延缓DNA通过纳米孔的速度。 二，奇怪的减速方法，用马达来减速 为了把速度慢下来，人们已经尝试了许多实验策略,如增加待测溶液的粘度(
上图来自：
上图来自：Trias J & Benz R Permeability of the cell wall of Mycobacterium smegmatis. Mol. Microbiol 14, 283–290 (1994). [PubMed: 7830572] 后来Roland Benz对 MspA的生物物理特性进行了鉴定，MspA 是一种来自烟曲霉（Mycobacterium smegmatis）的孔蛋白，其晶体结构后来被证明具有漏斗状几何形状，缩小至直径约 1.2 纳米、长度≤0.6 纳米的孔径。这一传感区域的直径与 α 溶血素的直径大致相同，但短了近一个数量级（如上图）。华盛顿大学的 Jens Gundlach 预测 MspA 将比 α 溶血素更好地检测 DNA 链中的单个核碱基。随后他在 MspA 的工程突变体中，将野生型MspA孔道内的负电荷氨基酸用中性或正电荷的氨基酸取代，Gundlach 的研究小组随后证实，突变型纳米孔能区分所有四种不同的核碱基，而且核碱基之间的离子电流差明显大于 α-hemolysin 纳米孔（Derrington IM et al. Nanopore DNA sequencing with MspA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 16060–16065 (2010). [PubMed: 20798343]）。 因此这个马达蛋白部分的策略和纳米孔道蛋白一样，就是寻找、突变、筛选、验证各种解旋酶，也有大量的专利围绕在这个部分。
最终目标就是找到特别优良的Motor Protein/Adapter，实现如下面那么美妙的测序原理：
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