PCR vs NGS，肿瘤基因检测的现在和未来？

测公司的文章里提出了目前肿瘤基因检测有PCR和NGS两个平台，也提出了基于PCR平台的艾德生物是目前唯一一家盈利的肿瘤基因检测公司，而基于NGS平台的肿瘤基因检测公司目前则处于亏损状态。身处NGS肿瘤基因检测公司，曾一度怀疑NGS肿瘤基因检测公司该如何跑通商业逻辑，实现盈利的状态，今天，就从以下几个方面进行分析下PCR和NGS优势和劣势，进而思考肿瘤NGS检测公司的未来以及PCR和NGS该如互补共赢。以下均为个人观点，不一定对，如有疑问，可在文末添加小编微信交流。

     之前我们讲到，PCR和NGS两个平台在操作流程、报告周期、检测技术等方面各有千秋，在肿瘤基因检测过程中发挥着不同的作用，今天我们就分别就操作流程、报告周期、检测技术三个方面进行详细的分析，评估PCR和NGS两个方法学的优劣势。

操作流程：对于PCR来讲，其操作流程只需要三步，即：“核酸提取”、“上机”、“结果判读”，操作流程相对较短且实验操作比较容易，对实验人员的熟练度要求较低，不需要专业的生物信息学分析人员和报告注释人员。而对于NGS来讲，则需要较长的操作流程，如“核酸提取”、“预文库构建”、“终文库构建”、“测序”、“生物信息学分析”及报告注释等六个流程，流程相对复杂且实验操作比较繁琐，对实验人员的熟练度要求比较高，且需要专业的生物信息学分析人员和报告注释人员。

报告周期：操作流程的多少和难易也直接影响了检测的报告周期，通常情况下PCR检测的报告周期在3-4天(着急情况下一天就可以出具报告);而NGS的报告周期则要6-8天(需要要凑样本上机)，报告周期有着明显的差异，如果在后续实验过程中出现问题(比如所建库失败、下机数据不合格等)则会更加扩大报告周期的差异。长报告周期可能会导至住院患者增加住院费用、跨城就诊的门诊患者增加来回通勤的时间和经济成本，也可能会降低医院科室的床位周转率;此外，对于急需用药的重症患者(如ICU患者)，较短的报告周期可能会起到较好的治疗作用。

检测技术：仿佛从操作流程上、报告周期上PCR技术都占优势，那NGS就没有优势了吗?其实不然，由于方法学的局限性，PCR技术只能设计一定数量的引物，进而就导至PCR的通量较低，无法检测过多的位点，对于一些指标(如TMB)的检测就会无力回天，而NGS检测则可以对整个基因组进行测序，通量较大，可以检测TMB等指标。此外，由于PCR只能对已知突变位点进行引物设计，会存在漏检的可能，如一些未知的EGFR基因19号外显子缺失、ALK/ROS1基因融合等，而NGS则在一些未知的突变/融合检测方面胜于PCR。我们也都知道，患者在服用EGFR-TKIs时会出现一定的耐药情况，其中EGFR扩增、MET扩增是常见的耐药机制，但由于PCR方法无法对扩增进行有效的检测，进而导至在探索耐药机制时NGS优于PCR。与此同时，PCR在血液检测、预后复发监控(如MRD)等方面也均劣于NGS。

运营成本：刚才也讲到，PCR的操作流程较短且操作简单，操作过程中需要最大的仪器设备就只有PCR仪，整个实验过程中也只仅需1-2个人即可，而NGS的流程则相对较长且操作复杂，操作过程中需要诸多大型仪器设备如高通量测序仪(及配套试剂)、服务器等，整个实验过程中至少需要8-10人，因此，不管是公司还是医院层面，NGS实验室的运营成本均高于PCR实验室的运营成本。

患者支付费用：另外一个重要的点就是患者需要支付的费用，相较于NGS检测动辄上万的费用，PCR检测的价格则相对较低(约五六千，各个地方不太相同)，而且，PCR技术在多数省份已经可以进行医保报销，而NGS技术则只有福建进行医保报销，对于整体经济水平偏低、商业保险不太普及中国肿瘤患者则更愿意选择可以医保报销的PCR进行检测，而没有太多医保报销的NGS则需要花费较高的时间成本和经济成本(获客成本)来沟通检测工作(或许也是肿瘤NGS暂未盈利的原因?)，进而增加公司的运营成本。

通过以上的分析，个人觉得PCR目前仍是肿瘤基因检测能够盈利的平台，而随着各大甲家医院院内仪器的铺设和人员的落地、NGS可能纳入医保以及各省市卫健委规范外送后医院与第三方公司签订打包合同进行NGS检测，进而逐步规范行业，使获客成本变低。相信未来NGS会通过其检测技术上的优势逐渐成为肿瘤基因检测的主流。

但PCR和NGS该以什么样的方式服务肿瘤基因检测呢，个人认为，未来的PCR和NGS应该是相辅相成的；使用那个平台应结合实际情况具体分析，对于大型三甲医院，因其样本量足够多，可以短时间内满足上机要求，建议以NGS+PCR的方式进行开展肿瘤基因检测，而小型医院因样本量较少，可能无法NGS上机要求，则建议以PCR为主或与第三方公司签订打包合同进行NGS检测，对于着急用药的患者或经济情况困难的患者建议选用PCR进行检测，对于想要全面查看检测结果且支付能力较强的患者建议选用NGS进行检测，对需要查找耐药机制、预后复发监控的患者则建议做NGS检测。通过根据不同情况的筛选，达到医疗最大化利用，因此，肿瘤基因检测过程中，PCR和NGS必然是相辅相成的。