一尿液测试能够预测90%未来五年内发生的尿路上皮癌！
2023-5-25 16:57|
编辑: mango524|
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摘要: 液体活检公司Convergent Genomics表示，其开发的一项基于尿液的测试UroAmp，可用于尿路上皮癌(UC)的诊断、复发监测，甚至提前数年预测UC发生。
早筛网讯：近日，液体活检公司Convergent Genomics表示，其开发的一项基于尿液的测试UroAmp，可用于尿路上皮癌(UC)的诊断、复发监测，甚至提前数年预测UC发生。目前，Convergent Genomics正为该测试建立研究数据，以支持监管批准和保险覆盖。Convergent Genomics是俄勒冈健康与科学大学（OHSU)的衍生公司。据悉，该公司的液体活检测试旨在通过分析细胞和cfDNA中与尿路上皮癌相关的60个基因的突变，以支持诊断、复发监测、风险分层和治疗选择。Convergent Genomics表示，UroAmp还可用于预测未来发生的尿路上皮癌，相关数据于上月举行的美国泌尿外科协会(AUA)年会上公布。研究表明，UroAmp可在临床诊断前十二年预测尿路上皮癌发生风险。此外，该测试能够预测未来五年内发生的90%尿路上皮癌。注：研究海报展示：MP22-19: Urinary comprehensive genomic profiling predicts urothelial cancer up to 12 years ahead of clinical diagnosis. An expanded analysis of the Golestan Cohort Study研发团队介绍，他们的技术能够对DNA突变进行超深度“询问”，在一千个正常细胞的背景中发现一个癌细胞。为此，研发团队对患者的全基因组进行分析，并对每个尿液样本进行150亿次的测量，以分析 25万个基因组的位置，并对60多个基因进行深度量化，以确定 6 种不同的突变类型。在开发UroAmp过程中，研发团队利用了由德黑兰医科大学、美国国家癌症研究所和国际癌症研究机构领导的Golestan队列的5万名患者的样本，发现了一个能够预测未来尿路上皮癌发展的10个基因子集。Levin补充道：“队列中的受试者初始都是健康人，后接受了十年的随访追踪。研发团队在这些人群中分析了膀胱癌患者和对照组的一个子集，以便确定这些在临床被诊断为癌症前10多年就发生了突变的基因组区域。”
根据Convergent Genomics在AUA公布的研究（该研究也在3月的2023欧洲泌尿外科协会年会上发表，详情请点击查看：灵敏度88%、特异性94%！一团队开发10基因尿路上皮癌预测模型），该公司利用一个由140名对照组和96名实验组（肿瘤患者）组成的训练队列来开发临床前尿路上皮癌筛查模型。该模型在两项独立的研究中得到验证：1.一项为多中心对照研究，包括96名健康个体（对照组）和70名尿路上皮癌患者（实验组）；2.另一项为来自前瞻性Golestan队列的29名后来发展为原发性UC的无症状患者以及98名健康个体（对照组）的研究。
研究结果表明，该模型经过训练后的灵敏度为88%，特异性为94%；此前第一次验证显示该模型的灵敏度为71%，特异性为94%；在Golestan队列中该模型的灵敏度为66%，特异性为94%（当限制在五年内发生癌症的患者时，灵敏度上升到90%）。Convergent Genomics的首席执行官Trevor Levin表示，UroAmp是基于公开可用的数据进行研发的，包括来自癌症基因组图谱的数据等，但公司希望能够帮助定义及扩大可用的数据。“迄今为止，我们还不了解随着年龄的增长，我们的基因组中会出现哪些突变，我们一直希望能够定义这个图谱——发现一个健康的年轻人如何演变成癌症患者。”
多管齐下显锋芒
潜心研发直击尿液测试临床痛点Convergent Genomics成立于2015年，随后入选Illumina加速器项目，在Illumina内部孵化，并耗时六个月完善UroAmp的早期测试流程。此外，据Levin介绍，Convergent Genomics还成功开发了能够保持尿液中DNA和RNA在环境温度下稳定两周的尿液样本保存缓冲液，以及专有的核酸提取定制流程。Levin表示，与基于血液的测试相比，市场上尿液活检测试匮乏的其中一部分原因是缺乏经过充分验证的、强大的样本收集保存解决方案，同时缺乏强大的、自动化的、机器人友好的、大体量的尿液提取系统。据悉，Convergent Genomics使用Illumina测序仪，开发了定制的机器学习算法来识别突变，将疾病和风险分为肿瘤阳性、肿瘤阴性、高复发风险/低复发风险等类别，在一定程度上解决了目前尿路上皮癌临床诊疗面临的痛点。Levin介绍道：“如果某个体属于高风险或肿瘤阳性类别，该模型的第三层算法会进一步研究与预后相关的分子风险因素，如病理阶段和癌症等级等。”目前，UroAmp测试已在Convergent Genomics在加利福尼亚州旧金山的CLIA认证实验室中运行，并已处理4000余份临床样本（包括诊断和研究样本）。通常，样本处理会在数天内获得结果。
多项研究同期并进
加速建立诊断监测数据递交FDA据Levin介绍，目前公司正与美国医疗保险与医疗补助中心（CMS）合作，争取扩大保险覆盖面，预计该测试将在今年第四季度得到更广泛的使用。此外，公司最终会将该测试开发成试剂盒，同时支持技术转让，使其他实验室也能进行该测试。
为此，Convergent Genomics目前正加速启动研究队列建立更多数据，以支持向FDA提交基因组分析、监测和微小残留病灶等用途的许可申请。具体而言，去年，Convergent Genomics公司研发团度和OHSU的合作者在《Journal of Clinical Medicine》上发表的一项研究（用423份尿液样本验证了测试方法、用91份肿瘤及尿液样本验证了定量体细胞突变），表明该测试能够以97%的灵敏度和80%的阳性预测值检测到突变，而且在尿液样本中发现的肿瘤单核苷酸变异的中位一致率（注：median concordance）接近92%。
目前，Convergent Genomics正在进行前瞻性INSITE研究，研究对象为2000名在初始诊断为膀胱癌时提供尿样的患者。Levin表示，这些患者在大约三年的时间里提供了额外的样本和临床数据，公司正根据他们的基因组资料辅助进行患者风险分层。目前，来自这些患者的数据还没有被分析，但公司正进一步建立样本生物库，以开展最终的FDA验证研究。Levin补充说，该测试也在怀疑患尿路上皮癌的血尿患者的风险分层中得到了验证。
此外，Convergent Genomics正在进行多项测试应用的研究，包括复发监测和治疗选择等。公司目前正与美国西南肿瘤协作组合作，对接受PD-L1免疫疗法的患者进行测试，在治疗前和治疗期间的多个时间点收集患者的尿样。Levin表示，“随着测量的逐步深入，我们将拥有每一种癌症的‘独特指纹’，可以与对药物响应或耐药的患者进行关联。”同时，Convergent Genomics正与洛约拉大学合作研究接受卡介苗诱导治疗的病人，并与麻省总医院合作对其疾病分类算法进行验证（600名患者），相关论文目前正接受同行评审。
Levin最后强调，虽然上月在AUA会议上公布的数据展示了UroAmp作为尿路上皮癌预测工具的未来潜力，但真正要做到提前数年预测癌症这种“范式转变”，还需要大量的研究及进一步验证。
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