近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，种类增多，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物已成为全球关注的焦点。据WHO统计，在中国，感染性疾病占所有疾病的50%以上。面对重症感染患者，能否快速确认感染病原体，成为后续对症治疗的关键，基于宏基因组新一代测序技术（metagenomics next-generation sequencing, mNGS）为解决这一问题提供了一个可能的突破方向。 mNGS用于病原微生物的检测具有其他方法无法比拟的优势: 1. 能够对新型病毒迅速鉴定，指导抗菌药物的精准选择，同时具有能够检测混合感染的能力； 2. mNGS 敏感性高、信息量大，对于多病原体引起的疾病有先天独厚的优势； 3. 序列深入分析。除了目的靶标外，mNGS也能覆盖到病原基因组的其他区域，一方面可以防止RT-PCR靶标区域突变导至的“假阴性”，另一方面获得更多的序列信息，也可以用于溯源进化分析、预测病毒的传播模式和分析突变位点等等； 4. 无需培养，直接对临床样本进行核酸测序；5不基于先验假设，微生物谱广泛覆盖;
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