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IVD产品指标浮夸几时休!

2022-9-17 17:43| 编辑: 面气灵| 查看: 3809| 评论: 0|来源: 任博士和他的小伙伴们

摘要: 欲练神功,概念筑基首先要端正一个概念,我们在研发核酸检测技术的时候,很关键的一个性能指标,是这项检测方法能可靠且稳定地检测到的待测物的最低数量或浓度,通常的说法是这个技术方法的检测灵敏度,英文叫sensit ...



欲练神功,概念筑基

首先要端正一个概念,我们在研发核酸检测技术的时候,很关键的一个性能指标,是这项检测方法能可靠且稳定地检测到的待测物的最低数量或浓度,通常的说法是这个技术方法的检测灵敏度,英文叫sensitivity。但在体外诊断这个行当,一般一种检测方法都需要检测设备和检测试剂配合完成,而检测设备是通过光学、电学、电磁学等等来识别检测试剂发生生化反应时发出的相应信号,所以,这就带来了性能指标上的混淆,单单以一个“灵敏度”指标不足以区分硬件设备检测相应物理学信号的检测性能和整体方法检测待测物数量或浓度的检测性能。也就是说,“灵敏度”这个词要特别谨慎的使用,否则可能会被同道嗤笑。

在2014年开始颁布实施的国标GB/T 29791.1-2013《体外诊断医疗器械 制造商提供的信息(标识) 第1部分:术语、定义和通用要求》(同等采用国际标准ISO 18113-1:2009《体外诊断医疗器械 制造商提供的信息(标示) 第1部分:术语、定义和通用要求》)的附录中规定了上面提到的两种指标的定义。分别描述为分析灵敏度和检出限。

是不是看起来晦涩难懂?直白的就是,分析灵敏度那条看注3和注4,检出限那条看注1和注2。再通俗一点,衡量俗话所说的“灵敏度”指标,要用“检出限”这个词了,英文叫LoD,limit of detection。
检出限这个指标一般是指满足置信区间(假阳性率和假阴性率不超过5%)的情况下,所能检测到的最低待测物数量或浓度。有兴趣且有相当数学基础的,可以去读今年刚刚发布的医药行业标准YY/T 1789.3-2022 《体外诊断检验系统 性能评价方法 第3部分:检出限与定量限》,里面有详细的计算和验证方法,我就不多解释了,因为我大学高数差点挂科。
虽然有了标准术语吧,可江湖中大家的使用基本还是属于随心所欲状态,下面随便贴几家新冠核酸检测试剂盒的说明书,举栗而已,不用对号入座,有些事儿吧,存在总有它的道理。
包括CMDE出的指导原则,里面也是一会儿检出限一会儿检测限的,本来名词已经够多够拗口的了,标准实施还是任重道远。
其实今天我主要想讨论的是,检出限通常使用的计量单位——“拷贝/毫升”的问题。

黑虎掏裆,猴子偷桃
先放几张江湖大侠李金明教授21年和22年报告中总计的新冠核酸检测试剂盒检出限指标。

大家应该都发现了,李金明教授图表中的检测下限应该就是检出限的概念,不过这里面的试剂盒,大部分都是使用的实时荧光PCR技术,有的能到100拷贝/毫升,有的要1000拷贝/毫升,这之间差着十倍也就是一个数量级,真的不同厂家的技术性能差别这么大吗?

这次新冠疫情以来对核酸检测试剂盒的不断变革有点意思。我们知道,核酸检测流程一般都要经历采样、分样、核酸提取、扩增检测这几个步骤。新冠前,一般核酸检测试剂盒的检出限都是拿最后加入扩增检测试剂体系里的DNA或RNA模板的浓度作为检出限指标,新冠疫情快三年,催生了很多新的核酸检测技术,比如免提取啊、一体化啊、全自动啊等等新方式方法,应运而生的是如果只用模板浓度作为检测方法的检出限指标,会带来很多混乱和不可比性,所以貌似目前的检出限指标,就直接定义为样本中新冠病毒的拷贝数浓度,天下一统。

咱们拿最经典的实验方法来当栗子。用拭子采完样之后,把拭子折断在带有样本保存液的保存管里(就按单人单管说了啊),现在单人单管里最少也得有1毫升的保存液,然后被运到检测实验室,先震荡,让拭子上采集的病毒尽可能释放出来,然后从里面吸出来140微升(以Qiagen的核酸提取试剂盒方法为例)进行核酸提取,提取的最后一步是从磁珠或层析柱上洗脱核酸,一般要用60微升进行洗脱,也就是说,假设前面步骤全都没有损失,按照咱们国家新冠核酸检测试剂盒的性能要求,检出限≤500拷贝/毫升,那现在核酸模板的浓度应该是约1.17拷贝/微升,相当于把原始样本浓度浓缩到约2.3倍。

计 算

500拷贝/毫升×140微升÷60微升

=1.17拷贝/微升

=2.3x(500拷贝/毫升)

下一步就是做扩增反应了,把核酸模板加入到扩增试剂里面,一般这个扩增体系少则20微升多则50微升(李教授表中的总体系),加入的模板量一般都是5微升到20微升(李教授表中的加样体系),按上面算计的,这个扩增反应里面起码都有5个拷贝以上,PCR扩增没有问题,嗯,国家定的这个“检出限≤500拷贝/毫升”的指标还是蛮科学的。

然鹅,咱们调头回去看看各个厂家的检出限指标,同时结合检出限和加样体系的数字,还是拿提取过程毫无损失的理想条件来算,检测下限×0.14÷60×加样体系,看看各家产品会得到啥样的数字,算术好的童鞋可能很快就得到结论了,大部分基于PCR技术的试剂盒,这个数字都是5~10左右,少数有能低到2点多的,而一些“特殊”的创新技术可能会到好几百。当然,也有一家不到0.5,这个是我看不懂的地方,不知道是李教授笔误还是人家技术高超。

这个数字代表什么呢?实际上是一个扩增检测反应中满足检出限指标的最少目标核酸分子数量(拷贝数),而非浓度。我们可以把PCR反应管想象成一黑屋子,在里面玩瞎子摸人的游戏,一个人负责抓人(扩增试剂),一个人或多个人负责被抓(核酸模板),分子啥也看不见,只能在屋子里乱撞,所以抓到人的速度直接取决于屋里有几个被抓的人,理论上屋里只要有一个模板,早晚都能抓到,但理论毕竟是理论,赶上命不好的时候,这俩人就是凑不到一起,这个就叫做单拷贝扩增效率,我的印象里多年前就有人专门研究过这个概率问题,貌似最高也就是80~85%的几率。所以这也是数字PCR号称的所谓单拷贝扩增绝对定量,但还需要用泊松分布来拟合计算的理论基础,也是我长期反对把数字PCR称为绝对定量和单拷贝检测灵敏度(原谅我又用了灵敏度这个词)的原因。

扯远了,回到检出限的问题。刚才做了一系列小学水平的算数,还都是在特别理想的前提条件下,要是把病毒释放、核酸提取回收效率、核酸扩增效率等等因素都算进去的话,刚才公式里的“检测下限×加样体系”能达到1000,基本上都是理论极限了,能不能尽量贴近这个理论极限,实际上才真正考校技术选择和试剂体系优化功底。不过大家都玩了这么多年了,手艺基本上大差不离,刚才口算题里面答案是2~10的,基本没有本质区别,所以个人认为,这样的检出限指标才更有意义,也就是用拷贝/反应(copies/test)来描述,更能反映技术能力的高低。再打一个比方,现在大家也都注意健康生活少摄入糖了,正常的可乐,每100毫升10.6克糖,再看看低糖的绿茶,每100毫升4克糖,喝哪个糖摄入量更少呢?因为可乐糖高就少喝点,一瓶300毫升,喝掉31.8克糖,绿茶低糖多喝点,咕咚咕咚1升下去,40克糖。所以说,脱离体积的只强调浓度,都是耍流氓。

猜猜我俩谁更甜


刚才也说到了,有些“创新技术”的“检测下限×加样体系”数值比较高,是这个技术的性能不好吗?其实也并不能一概而论。新冠疫情催生了很多新的检测技术,很多新技术的功效是把整个核酸检测流程尽量压缩人工操作环节和难度,提高检测工作的效率,无论是免提取还是全自动还是等温扩增,都是在将传统的检测流程尽量通过生化或自动化的方式得以降低人力负担和节省时间。技术层面,有利就有弊,提高了整体检测时间效率,可能会降低病毒释放效率,可能会降低核酸提取效率,可能会降低扩增检测反应的检出限,这样就要求这样的新技术方案,需要综合性优化整体技术流程,以达到综合检测性能达到预期指标的目的。这其中,最具代表性的就是众多所谓核酸POCT技术方案,因为这类技术通常都打着“样本进,结果出”的flag,既要保证整体检测流程的密闭和安全,又要保证性能指标达到要求,需要挖空心思解决样本处理、核酸提取后,把样本中的拷贝数尽量多地引入到检测体系,又要多快好省,又要灵敏准确,醒醒吧,想啥美事呢?

国家规定了检出限≤500拷贝/毫升的硬性指标,这是大政方针,胳膊拧不过大腿,怎么办呢?再次提到“检测下限×加样体系”这个公式,技术决定了乘法后的数字,那降低检测下限就只有一条路了,加大加样体系。这也是所谓的快检设备和POCT设备,需要的样本量都比较大的原因。见过最亮瞎眼的玩法,貌似把体积整到了2毫升,然后检出限指标达到了20拷贝/毫升。呜呼哀哉。

我们在研发的过程中也遇到过很为难的事情。以新冠核酸检测试剂盒为例,为了最大程度实现现场检测的需求,我们设计了采样后的拭子不经过保存液保存管环节(因为有保存管过程的话,必然面临二次开盖问题,按法规是要在P2实验室操作的),直接折断于微流控芯片的样本腔中,描述这个检出限可把我们愁坏了。我们的测试结果是,一根拭子上带出来50个病毒拷贝,就能保证检出,但这种50拷贝/反应或拭子的检出限规格,行业不认啊,曾经有一位专家跟我咆哮,我就是问你检出限是多少个拷贝每毫升。大家出出主意我该咋说呢?一种方法是不用拭子了,加病毒保存液,我们的芯片那个时候只能容纳50微升样本,那就是1000拷贝/毫升了,指标不合规。另一种方法是反正一根拭子要放在1毫升保存液里,那一根拭子50拷贝,换算成检出限是50拷贝/毫升好了,可这说法吧,我自己都觉得赤裸裸的不要脸。同样的问题貌似也出现在大名鼎鼎的cue health身上,虽然他家说LoD是20拷贝/棒棒,实际要按95%检出率估计也得到50-60拷贝/棒棒,但还是被误导为1300拷贝/毫升的检出限,上哪说理去呢?


天下武功,唯快不破?
这个问题不展开讲了,现在核酸检测技术是越来越多,越来越快,从传统的俩仨小时,到全自动的一小时,到等温扩增和免提取快检的30分钟,到后来超快速的5分钟PCR,眼花缭乱,让我这个干了这么多年技术研发的科技民工,时不时的就要被打击一下,还经常被路人甲乙丙丁diss。
PCR影响速度的主要因素之一就是升降温速度,但绝对不是唯一因素。现在好多搞电的搞光的跨界来碾压生命科学仪器技术,这是好事,不过话说回来,生物检测技术原理再花样百出,到头来还是要归结到生物学本身上来。升降温快了,能不能有效且均匀地把温度传导到试剂体系里面,生物酶分子和反应底物有没有充足的时间来形成相应的结构并发生反应,发生的反应是否足够充分,生命科学乃至生物化学,讲究的是一个动态平衡,给夏利踩一脚地板油,也不可能10秒内飙到百公里时速。不可否认,技术的进步是持续且没有止境的,但再怎么进步,不遵循科学规律也是浮夸。

江湖儿女,道义为先
可能这篇文章发出去,又会得罪不少人,无所谓了,光脚的不怕穿鞋的,索性多痛快两句。
以前做测序的时候,行业不大,圈子里就卷的厉害,互相之间谁也瞧不上谁,每家貌似都能打造千亿市场。后来做了个数字PCR,想来想去没想明白这玩意在当下这个阶段有啥差异化优势应用,还真没想到前几年成了风口,数字PCR成了包治百病,能一举干掉传统PCR的革命性技术,投资人们的小钱钱狠狠撒了一大把,偷偷的问,谁家实现了当初BP上的应用场景。真正核酸检测的大流行,得益于新冠的大流行,可以说新冠疫情造就了核酸检测市场的火箭式蹿升。不过成也新冠,败也新冠,本来明明可以比拼技术先进性和创新性的行当,硬生生被打成了一个比拼成本和人力的泥塘。新冠快三年,国外出现了N多可达应用水平的创新技术,电浸润微流控、红外光学温控、无需逆转录的RTF-EXPAR技术等等。而国内呢,三年把核酸检测试剂从200块打到了3块钱。
下一步怎么搞,创新还做不做,研发请款还批不批。啥时候咱也能卷卷技术,而不靠卖苦力和画PPT。
我有我的答案,各位江湖同道,不知属意如何?
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