洞察 | NGS的滑铁卢！美国病理学家协会建议应优先考虑免疫组化和PCR方法进行检测

当涉及到测量DNA错配修复缺陷或微卫星不稳定性以指导患者的免疫治疗决定时，美国病理学家协会（CAP）现在建议医疗服务提供者仔细选择进行哪种检测，在某些癌症中，优先考虑免疫组化和PCR方法而不是第二代测序。

该指南上周发表在《Archives of Pathology and Laboratory Medicine》上，旨在帮助肿瘤学家和病理学家准确地确定他们的病人是否有资格使用免疫检查点抑制剂，包括默克公司的Keytruda（pembrolizumab），它在2017年获得了美国食品和药物管理局对MSI高或错配修复缺陷（dMMR）的晚期、难治性实体肿瘤的组织诊断批准。

虽然该机构通常在批准生物标志物定义的治疗方法时，同时批准可以识别预期使用人群的配套诊断，但在批准Keytruda的肿瘤诊断时，该机构让肿瘤学家决定他们想如何识别MSI高或dMMR肿瘤的患者。北卡罗来纳大学教堂山分校的病理学和实验室医学主席Russell Broaddus说，这在过去的五年里给整个领域带来了巨大的混乱和不一致的情况。

Broaddus在谈到确定MSI和dMMR以获得免疫检查点抑制剂资格的诊断情况时说：“人们将所有不同的检测方法等同起来，几乎是在说：‘哦，你用什么检测方法并不重要；这都是微卫星不稳定性，任何检测方法都能检测到它’，这在全球各地都是这样"

据CAP新指南的主要作者Broaddus称，在结直肠癌和某些胃肠道腺癌中，检测方法可以互换的想法“非常接近于真实”，“但是当你看一下消化道以外的癌症类型时，这种说法很快就开始崩溃了。”

在指南中，他强调了CAP的立场，即除了结直肠癌之外，还没有证据支持使用广泛的NGS测试来检测dMMR。

“这可能会让很多人不满意，但这一指南中的一个重要信息是，这些检测方法并不都是可以互换的。”

新的CAP指南是一个长达数年的审查过程的高潮，其中一个由病理学家、临床医生、肿瘤学家、遗传咨询师、指南方法学家和患者支持者组成的多学科小组召开了八次会议，确定了指南的范围，起草了建议，回应了反馈和评论，并评估了对已发表文献进行系统审查的证据。

共有103篇文章被纳入数据提取和定性分析，另有数百项研究被认为是小组成员讨论的背景参考。分子病理学家协会（AMP）、美国临床肿瘤学会（ASCO）和患者权益组织Fight Colorectal Cancer与CAP合作制定了该指南。

在评估现有的检测方法时，该小组考虑了错配修复蛋白MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的IHC，以及基于PCR的MSI检测和通过NGS检测DNA错配修复缺陷的MSI。

最终，该小组围绕检测方法的选择提出了六条循证指南声明和三条良好实践声明，以帮助该领域评估患者的dMMR和MSI状态。良好实践声明是基于正式的系统证据审查范围之外的研究和数据的关键建议。

第一条指南强烈建议，对于结直肠癌患者，病理学家应使用IHC来确定MMR和/或PCR来确定MSI。虽然这些方法是首选，但已被验证为dMMR的NGS检测也可用于确定MSI状态，以确定这种癌症类型的检查点抑制剂资格。在这种情况下，专家小组成员写道，NGS检测“必须针对MMR-IHC或PCR的MSI进行验证，并且必须显示出等效性”。

第二条指南关注的是胃食管癌或小肠癌患者。在这种情况下，专家们说MMR-IHC或MSI by PCR应该比MSI by NGS更适合使用。值得注意的是，食道鳞状细胞癌没有被纳入这项建议中。

在第三条指南中，专家们专注于子宫内膜癌患者，强烈建议使用MMR-IHC，而不是通过PCR或NGS的MSI。

第四条指南涉及结直肠癌、胃食管癌、小肠癌和子宫内膜癌以外的其他癌症类型。对于这些其他类型的癌症，该指南承认最佳方法尚未确立，在考虑使用最佳测试的过程中，肿瘤学家和病理学家应注意“检测方法必须针对被检测的特定癌症类型进行充分验证，仔细考虑MMR-IHC和使用NGS或PCR方法的MSI，来检测DNA错配修复缺陷的性能特点”。

Broaddus承认，这项建议与其说是一项具体的建议，不如说是对一个巨大的知识差距的关注。广泛的NGS检测组合可能对肿瘤学家有吸引力，他们试图一次性评估尽可能多的肿瘤分子信息，但这种便利性不应该超过这样一个事实，即对于很多癌症类型，没有足够的证据表明NGS能准确地确定dMMR或MSI状态。

“你需要认识到，如果你做NGS，你可能无法捕捉到其他癌症类型的高水平MSI，尤其是消化道以外的癌症，但如果你捕捉到其他癌症类型，你可能会错过本来有资格接受免疫疗法的病人。”

第五条指南说，肿瘤突变负担不应视为检测dMMR状态的替代物。FDA在2020年还批准了Keytruda在晚期难治性实体瘤患者中的组织诊断适应症，其TMB至少为每兆字节10个突变。

小组成员写道：“如果一个肿瘤被确定为TMB高，病理学家可以通过PCR进行IHC和/或MSI，以确定高TMB是否继发于错配修复缺陷。”

Broaddus说：“人们会做的是说，‘哦，TMB和高水平的微卫星不稳定性是一样的’，而对于结直肠癌来说，有很多重叠。但是对于其他类型的癌症来说，重叠的程度很低。”

尽管TMB高的患者现在可能有资格使用Keytruda，而不管他们的dMMR或MSI状态如何，但Broaddus及其同事强调的一点是，TMB高虽然在某些情况下可能是dMMR或MSI高状态的标志，但与其他两种生物标志物并不相同。

最后，在第六条指南中，专家们指出，如果对患者进行免疫检查点抑制剂资格的检测发现与林奇综合征一致的错配修复缺陷，强烈建议病理学家将这一发现告知患者的主治医生，因为这是一种遗传性综合征，会增加其他癌症的风险。

已公布的指南文件中的三条良好实践声明集中在肿瘤学家和病理学家在出现解释或不一致的问题时应该怎么做。这是重要的一点，特别是关于IHC，专家们在一些指南中首先推荐的测试，因为在某些情况下，该方法可以根据病理学家的个人解释产生不同的结果。

Broaddus说：“IHC的好处是它更普遍，更多的临床实验室运行它，但不好的是，它可能有一些主观性，而且它确实需要一些培训来解释。从长远来看，病理培训课程应该包括如何解释IHC检测的更多正式培训。”

同时，新的CAP指南中包含的良好实践声明在处理差异方面提供了一些指导。第一条声明说，如果出现不一致的结果，病理学家应将采用dMMR方法的IHC或采用NGS或PCR方法的MSI的任何证据解释为阳性结果，从而使患者有资格接受免疫疗法。

“应该对不一致的结果进行审查，以确保不一致的结果不是由于解释上的错误。”

第二条良好做法声明说，如果考虑的任何方法产生不确定的结果，病理学家应该进行替代技术或在不同的肿瘤块上重复相同的技术。实验室应该对不确定的病例有一个强有力的同行评审程序。

最后，第三条良好做法声明建议，如果MMR-IHC出现克隆性缺失，病理学家应该通过PCR专门对MMR蛋白IHC缺失的肿瘤解剖区域进行MSI检测。

虽然今天的CAP指南对于结直肠和消化道肿瘤以外的那些癌症类型来说是模糊的，但Broaddus强调，委员会希望通过未来的更新来改变这种情况。事实上，指南中包含了一项计划，即每四年对指南进行一次审查和修订，如果出现新的高质量证据，则更早。

Broaddus说：“它有点像一个活生生的文件。而且有些领域我希望我们能在五年后用更多的文献来更新。”

同时，对于这些问题之外的癌症，目前的指南说没有足够的证据推荐一种特定类型的dMMR或MSI状态的检测方，“如果你有耐心，对病人进行连续的不同的选择测试也不是完全不合理的。”

那么要如何解决支持这些其他癌症类型的明确检测选择的证据匮乏的问题呢？Broaddus表示，在篮子试验中进行更好的肿瘤特异性分析。特别是，用于支持NGS检测作为MSI或dMMR评估方法的研究往往没有按单个癌症类型报告结果，也没有根据用于确定其资格的检测方法报告患者对免疫疗法的反应。

“你进行了什么检测，病人的最终结果是什么？对我来说，这是缺少的真正的数据，本指南的一个主题是呼吁采取行动，开始努力提供这种证据，这比什么都重要。”

Broaddus还小心地指出，液态活检方法并不在本CAP指南所考虑的检测方法之列。

“对我来说，液态活检方法仍处于实验阶段，特别是对于这种应用来说。”

这种方法对于其他精准肿瘤学应用来说确实有明显的价值，例如为患有活检难以达到的肿瘤的患者寻找棚内DNA的特定突变。但对于确定患者的免疫治疗资格与dMMR或MSI状态，CAP认为基于血液的方法仍然是实验性的。

另一个不属于CAP新指南范围的问题是，特定的检测方法，不仅仅是特定类型的检测方法，是否比其他方法更受欢迎。

“我们没有深入研究，许多临床实验室使用实验室开发的非常有效的检测方法来评估dMMR和MSI状态，因此不清楚FDA批准的商业检测方法是否在这一特定用例中具有优势。”

Broaddus及其同事希望该出版物将有助于塑造该领域的证据生成方式，以填补CAP指南机构所确定的知识空白。

“我希望看到的是一些真正有组织的努力来帮助填补这些空白，因为这些检查点抑制剂不只是增量的生存改善。这些是长期的生存和潜在的治愈和当治疗是那么好的时候，我们真的有责任为它找到最好的生物标志物。”