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技术|靶向富集测序,液态活检正在改变癌症检测和治疗的格局

2022-7-22 10:18| 编辑: 归去来兮| 查看: 1089| 评论: 0|来源: 诊断科学

摘要: 癌症是人类历史上发现的最普遍的疾病之一。


癌症是人类历史上发现的最普遍的疾病之一。虽然癌症筛查计划(如宫颈癌‘涂片’检测)已被证明是成功的,但对于大多数癌症类型,早期检测仍然是一个相当大的挑战。


传统的组织活检已经改善了癌症的预后。然而,它们是在发现肿瘤后才进行的侵入性程序,这往往发生在癌症晚期,而这个时候我们将更难进行治疗的时候。液态活检是早期癌症检测的一个令人兴奋的前沿领域,因为它们只需要一个血样,简单、快速、同时由更少侵入性。


在本文中,我们探讨了液态活检的重要性及其在癌症诊断和监测中的应用。


01

什么是液态活检?


液态活检包括对血液和尿液等体液进行采样和分析,以检测和分析癌症。液态活检中最常寻找的生物标志物是循环肿瘤DNA(ctDNA)。


富集检测组合增强了液态活检中ctDNA的测序能力。


03

液态活检的应用


3.1、用于检测靶向捕获的ctDNA


当样本中存在极少量的ctDNA时,可以设计高性能的探针检测组合来富集ctDNA并检测特定的癌症类型。这些探针板可以设计和构建,以涵盖广泛的尺寸、靶向区域和复用要求。


主要优点包括:

➤ 高均匀性和复现性;

➤ 快速定制和优化;

➤ 可扩展到>100万个探针。


3.2、用于癌症检测的甲基化测序


DNA的甲基化影响着基因表达和细胞行为。DNA甲基化的模式可以有很强的组织和肿瘤特异性。因此,通过NGS分析ctDNA甲基化可用于特定癌症的早期检测[4]。


3.3、用于检测癌症的外显子组分析


大多数致癌突变发生在基因组中编码蛋白质的那1%。由于全外显子组测序(WES)可以对蛋白质编码区进行集中、高效的测序,因此可以用来检测许多与癌症有关的突变,可以成为早期癌症检测的一个有用工具[5]。


外显子组分析可用于发现多基因特征的概况,如:


➤ 突变谱

➤ 拷贝数变异(CNV)

➤ 单核苷酸变异(SNV)


3.4、无创的最小残余疾病(MRD)检测


有时,即使在明显缓解后,癌细胞也会持续存在,并继续导至复发。MRD检测的目的是检测这些微小的癌症痕迹。


常规液态活检可以检测和描述多种癌症类型的MRD,有可能提供来自单个或多个位置的肿瘤异质性的全面分子概述[6,7,8]。



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参考文献


[1] Arancio W, Belmonte B, Castiglia M, Di Napoli A, Tripodo C. Tissue Versus Liquid Biopsy: Opposite or Complementary?..Current Clinical Pathology. 2017:41-49. doi:10.1007/978-3-319-55661-1_4LOGO

[2] Custom Panel Design For NGS | Twist Bioscience. Twistbioscience.com. https://www.twistbioscience.com/ blog/company-news-updates/Custom-Panel-Design- NGS. Published 2021. Accessed March 1, 2022.

[3] Expanding Liquid Biopsy and DNA Sequencing tools | Twist Bioscience. Twistbioscience.com.https://www.twistbioscience.com/blog/science/Liquid-Biopsy- NGS-DNA-Sequencing. Published 2022. Accessed March 1, 2022.

[4] Highly Sensitive Methylation Detection Using Enzymatic Methyl-seq and Twist Target Enrichment. Twistbioscience.com. https://www.twistbioscience.com/ites/default/files/resources/2021-11/TechNote_NGS_HighlySensitiveMethylationDetectionUsingEnzymaticMethyl-seqandTwistTE_11NOV21_Rev2.0.pdf. Published 2021. Accessed March 1, 2022.

[5] Réda M, Richard C, Bertaut A et al. Implementation and use of whole exome sequencing for metastatic solid cancer..EBioMedicine. 2020;51:102624. doi:10.1016/j. ebiom.2019.102624

[6] Pantel K, Alix-Panabières C. Liquid biopsy and minimal residual disease — latest advances and implications for cure. Nature Reviews Clinical Oncology. 2019;16(7):409-424. doi:10.1038/s41571-019-0187-3

[7] Honoré N, Galot R, van Marcke C, Limaye N, Machiels J. Liquid Biopsy to Detect Minimal Residual Disease: Methodology and Impact. Cancers (Basel). 2021;13(21):5364. doi:10.3390/cancers13215364

[8] Parsons H, Rhoades J, Reed S et al. Sensitive Detection of Minimal Residual Disease in Patients Treated for Early-Stage Breast Cancer. Clinical Cancer Research. 2020;26(11):2556-2564. doi:10.1158/1078-0432.ccr-19-3005 



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