2019年肿瘤基因检测进展盘点

任小双，陈亚伟，吴玲玉，吕润玲，孟凡姗，都潇，张恒辉^*

（臻和（北京）科技有限公司  北京，100191）

近年来，二代测序（next-generation sequencing，NGS）技术在肿瘤领域的应用越来越广泛。随着NGS技术的发展，基因检测已经从最初的单基因突变，发展到目前的多基因检测，促使靶向药研发及耐药机制研究进一步深入。免疫治疗是近年来的热点研究方向，实现精准免疫治疗离不开全面而系统的标志物检测体系，基于此，NGS检测相关标志物显示出重要的临床应用价值。另外，基于NGS测序平台的液体活检，可实现对患者进行实时动态监测和全程管理。本文就近1年来在主要国内、外肿瘤学会议及顶级肿瘤期刊上公布和发表的重要临床研究进行分类盘点，以便读者全面了解肿瘤基因检测的最新进展及未来发展方向。

1.1.常见突变基因EGFR

EGFR是非小细胞肺癌（NSCLC）中最为重要的驱动基因，中国NSCLC患者中EGFR的突变率约为47.6%¹，基于EGFR的靶向药研究最为成熟。针对EGFR基因的靶向治疗是肿瘤基因检测大范围应用于临床的开端，自2009年IPASS研究以来，目前已有一、二、三代多个EGFR-TKI药物获批，随着可选药物的增多，一线治疗模式的选择成为当前的热点²。早在2017年6月，FLAURA研究的初步结果就显示，相比一代EGFR-TKI药物³，三代EGFR-TKI药物奥希替尼使初治EGFR敏感突变NSCLC患者的PFS显著延长(18.9个月vs 10.2个月)。今年9月份ESMO大会公布该研究获得了OS的阳性结果，奥希替尼组的OS高达38.6个月，显著高于对照组的31.8个月，实现了EGFR-TKI单药一线治疗EGFR突变NSCLC患者最长的OS，进一步奠定了奥希替尼在EGFR敏感突变NSCLC患者的一线优选地位。

 奥希替尼为EGFR阳性的NSCLC患者带来显著获益的同时，耐药性的产生成为临床亟需解决的一大难题。一项法国多中心回顾性研究表明⁴，通过NGS检测EGFR突变的NSCLC奥希替尼治疗进展时的血浆和组织样本，发现获得性EGFR突变所占比例最高（C797S突变13%，L718Q突变3%）。此外，MET扩增约占11%，RAS突变占3%，PIK3CA突变率为3%，HER2扩增2%。其中5例（9%）患者出现组织病理学改变，由NSCLC转化为小细胞肺癌或其他类型。在T790M突变的NSCLC患者中，68%的患者因T790M突变消失而导至耐药。由此可见，导至奥希替尼耐药的因素复杂，对患者进行NGS检测有助于患者耐药机制的阐明，监测突变时空动态变化，以便及时优化治疗方案。

在众多耐药因素中，下游致癌基因KRAS是一个重要的耐药基因。由于KRAS蛋白的结构无特征、近乎球形，无明显结合位点，针对KRAS突变的相关靶向药物研究进展缓慢。2019年ASCO、ESMO等多个顶级会议上连续报道了AMG 510在治疗NSCLC等患者中的临床试验结果⁵，所有可评估疗效的NSCLC患者ORR高达48%，10例NSCLC患者DCR高达90%，促使KRAS一度成为2019年业界最受关注的靶点之一。

1.2 罕见突变基因NTRK & ROS1

ROS1融合在NSCLC患者中的发生率约为1%~2%¹，NTRK基因融合在所有癌种的总发生率约为0.21%，在先天性纤维肉瘤、分泌型乳腺癌等癌种中发生率超过90%⁶。2018年11月美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准拉罗替尼（Larotrectinib，Vitrakvi）为首款针对NTRK基因融合的广谱抗癌药而不需考虑肿瘤类型⁷。2019年美国国家综合癌症网络（NCCN）肺癌指南（v3版）中新增了NTRK基因融合检测，并推荐Larotrectinib作为 NTRK 基因融合阳性转移性NSCLC 患者的一线治疗方案。2019年世界肺癌大会（World Conference on Lung Cancer，WCLC）更新了Larotrectinib治疗携带NTRK基因融合晚期肺癌患者的结果：ORR 为75%，颅内有效率为67%，中位DOR未达到。2019年8月，FDA批准了针对NTRK基因融合的第二款广谱抗癌药、全球第三款广谱“治愈系”抗癌药恩曲替尼（Entrectinib，RXDX-101）上市，治疗携带NTRK基因融合的成年和儿童实体瘤患者，以及ROS1阳性转移性NSCLC患者。此次获批是依据STARTRK I期、Ⅱ期临床试验和ALKA-372-001 I期研究的数据⁸。综合分析结果显示，Entrectinib治疗NTRK基因融合阳性实体瘤ORR达到57.4%，并且横跨10个不同癌种，其中在ROS1阳性NSCLC患者中，ORR更是高达78%， CR达到5.9%。针对Entrectinib耐药的问题，2019年AACR大会上报道了二代NTRK靶向药LOXO-195的临床数据，29例患者中，10例出现完全或部分响应，9例疾病稳定，并且耐受性好，可能作为初始抗TRK治疗进展后NTRK基因融合患者的治疗选择⁹。

1.3 新突变靶点FGFR

成纤维细胞生长因子受体（fibroblast growth factor receptors，FGFRs）是一类受体酪氨酸激酶，包括FGFR1、2、3、4，FGFR通路的激活与肿瘤细胞的分化增殖、肿瘤血管生成有关，在多个癌种中均可发生变异，突变率约为7.1%¹⁰。2019年FDA批准厄达替尼(Erdafitinib，Balversa)作为首个治疗携带FGFR3/FGFR2突变的铂类化疗后进展的局部晚期或转移性尿路上皮癌成人患者的靶向药，依据的是BLC2001（NCT02365597）II期临床试验结果¹¹，87名晚期FGFR突变阳性的尿路上皮癌患者中，主要的变异形式是FGFR3点突变，其次是FGFR2、FGFR3的融合，结果显示，接受Erdafitinib治疗后总体有效率为32.2%，其中，64例FGFR3点突变患者ORR达到40.6%，18例FGFR3融合突变患者ORR为11.1%，6例FGFR2融合突变患者ORR为0%，数据同步发表在NEJM。FDA在批准Erdafitinib 上市的同时，批准了Qiagen公司的Therascreen® FGFR RGQ RT-PCR Kit作为首个检测膀胱癌FGFR基因突变的伴随诊断试剂盒，用以确定患者是否适合Erdafitinib治疗。FGFR被认为是近年来最有潜力的靶点之一，2019年ESMO大会上公布了另一款FGFR抑制剂Pemigatinib的研究数据，在FGFR2基因融合或重排的胆管癌患者中显示出了抗肿瘤潜力。

1.4 DNA损伤应答通路基因检测

同源重组修复缺陷 (homologous recombination deficiency, HRD)评分联合BRCA1/2突变情况可以预测铂类药物和PARP抑制剂的治疗反应^12-13。2019年7月发表于NEJM杂志的POLO Ⅲ期临床试验结果显示，携带BRCA胚系突变的胰腺癌患者接受奥拉帕利治疗，患者的中位PFS延长近一倍，同时降低47%的疾病进展风险，首次证实了生物标志物驱动的胰腺癌靶向治疗是可行的¹⁴。目前，相关检测需求已经普遍扩大到其他DNA损伤修复基因以及HRD状态 ¹⁵。除BRCA外，HRD还包含了ATM、ATR、BARD1、PALB2、RAD51C及 RAD51D等一系列基因¹⁶。2019年ASCO上公布的GeparOLA研究，将奥拉帕利的治疗人群扩大至包含tBRCA突变及HRD高评分的HER2－乳腺癌患者中，紫杉醇联合奥拉帕利可为患者带来更高的病理完全缓解（pCR），尤其是在年轻及HR＋患者中。而在今年10月，FDA批准尼拉帕利（Niraparib，Zejula）用于治疗HRD阳性且已接受过至少3种化疗方案的晚期卵巢癌、输卵管癌或原发性腹膜癌患者，将获益人群从BRCA突变患者（仅20%左右）扩展到HPD阳性患者中（50% 以上），同时FDA还批准Myriad myChoice CDx test作为首个确定HRD状态的肿瘤基因检测方法。

1.5 MammaPrint®多基因检测

免疫治疗主要包括免疫检查点抑制剂（ICIs）、嵌合抗原受体