推荐：二代测序数据常用的4种pipeline浅谈

测序的发展以及成本的降低迅速地推动了微生物生态的研究和发展，使之在过去的十年里成为一个研究热点。

下面就介绍下目前用于二代数据分析常用的pipeline：

1. Mothur (http://www.mothur.org/)

由密西根大学(University of Michigan) 的Dr. Patrick Schloss领衔的团队开发的，其团队还开发有DOTUR和SONS软件。Mothur的特点是可以本地运行，相对易学，有非常详细的SOP，比较适用于新入门的研究人员。且其团队每隔一定时间会更新软件的版本，增加一些新的命令，在二代测序数据分析方面有较强的竞争力。配合一些数据可视化的软件，诸如R语言，SPSS，Origin, Sigmaplot等，就可以做出很多高质量的图。

2. QIIME (http://qiime.org/)

由科罗拉多大学博尔德分校(Univeristy of Colorado at Boulder) 的Professor Rob Knight领衔的团队开发的，其全称是Quantitive Isights Into Microbial Ecology, 该软件的特点是安装及命令较Mothur要繁琐一些，运用软件的自由度也高一些，但是其融合了一些统计分析的命令，且可以直接生成一些可直接用于发表的高质量的图。此外，我想补充一点的是，该校是坐落在山脚下的一所非常美丽的学校。

3.Uparse (http://drive5.com/usearch/manual/uparse_pipeline.html)

由来自Tiburon, California的独立研究员Robert C Edgar开发的，他还开发了一些非常优秀实用的软件(http://www.drive5.com/)，Uparse的特点就是数据处理速度快，但是难免出错的概率就会大一些。对于大量数据的处理，有一定的帮助。

4. RDP pipeline (http://pyro.cme.msu.edu/)

由密西根州立大学的美国科学院院士James M. Tiedje以及Jame R. Cole领衔的团队开发的，RDP的特征是在线的，对于国外用户，要首先将自己的数据传输到他们在美国的服务器上，然后才能开始分析，这是制约利用他们这个pipeline分析数据的主要因素，但是近年来他们也在考虑做一些命令，以实现在本地的运行及处理数据。该团队还做了一些功能基因的数据库以及分析流程 (http://fungene.cme.msu.edu/)，推动了功能基因多样性的研究和发展。这个团队里面有两个非常厉害的中国人，Qiong Wang和Bneli Chai。

此处，分享一个运用Uparse和QIIME来进行分析的pipeline (http://www.brmicrobiome.org/#!16s-profiling-pipeline-new-illumina/czxl)。

总结，Mothur和QIIME还是相对用得较多的软件来分析二代测序的数据，但是各有千秋，没有谁比谁更好这一说。这里引用一下胡兴伟在科学网上发表的一篇博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-871198-677805.html)，以供大家学习。同时也有很多的工作人员来解决研究人员在分析过程中遇到的问题，bug（有专门的论坛供研究人员交流）以及软件的更新，举办workshop等等来推动这些软件的应用和发展。