2025年2月10日，华大智造收获罕见的涨幅达到20%的涨停板，其最新市值也达到近275亿人民币。
在科创板成功IPO两年多以后，这家国产测序仪的龙头企业，迎来了命运齿轮的转动。2月4日，商务部发布公告，将美国PVH集团和因美纳公司（Illumina,Inc.）列入不可靠实体清单。据商务部公告，之所以将上述两家公司列入不可靠实体清单，是因为两家实体违反正常的市场交易原则，中断与中国企业的正常交易，对中国企业采取歧视性措施，严重损害中国企业合法权益。不可靠实体清单工作机制将依据相关法律法规，对上述实体采取相应措施。其中，因美纳公司（Illumina,Inc.）是全球测序仪的龙头企业。一般来说，外国公司被我国商务部列入不可靠实体清单后，会受到以下限制措施：禁止从事与中国有关的进出口活动：该外国公司无法进行与中国相关的进出口业务，这直接切断了其与中国市场的贸易往来。
这对于和Illumina在基因测序仪市场相爱相杀多年的华大智造来说，无疑是一个巨大的利好消息。在此前多年，华大智造曾经受到Illumina全面的专利围剿，但是最终华大智造大获全胜。
2022年5月7日，华大智造在官网上发布声明称，美国特拉华州地区法院的陪审团判决支持其全部请求，包括：Illumina故意对华大智造的"双色测序技术(Two-color sequencing technology)"专利侵权，其反诉中提到的专利全部被判无效。
2022年7月15日，华大智造再次发布声明，与Illumina就美国境内的所有未决诉讼达成和解，Illumina向华大智造子公司Complete Genomics支付3.25亿美元的净赔偿费。
华大智造于2022年8月开始在美国销售其基于CoolMPS技术的相关测序产品，并于2023年1月开始销售StandardMPS相关测序产品。
2023年3月30日，欧洲专利局（EPO）申诉委员会公布了关于Illumina（因美纳）与华大智造专利无效纠纷oral hearing的纪要，该纪要显示：Illumina的EP3002289专利无效；该专利最终无效的决定将在近期由申诉委员会颁布。至此，华大智造在与全球测序仪器巨头Illumina的专利大战中，获得了全面胜利。事实上，即使没有Illumina的被纳入不可靠实体清单，华大智造在中国市场也已经取得了相对于Illumina的优势。
2023年，华大智造在国内新增测序仪销售装机量达到了695台，占国内基因测序行业上游新增装机市场份额的 47.3%，连续两年在国内测序设备新增装机市场份额排名第一。同时，Illumina在中国市场的表现表现并不理想，甚至已经开始展露颓势。
2024财年前三季度，Illumina实现营收32.68亿美元，同比下滑3.37%，累计净亏损14.1亿美元。其中，2024年第三季度，Illumina大中华区收入7500万美元，同比下滑23%。相比之下，2024年前三季度，华大智造实现收入18.69亿元，大约相当于2.6亿美元。华大智造近日在其官微发布产品“焕新”方案表示，“中国生命科学产业发展迎来了重大转折时刻”，“即日起，华大智造将根据用户的置换机型与开机频率，提供适配的设备或试剂抵扣优惠，并提供免费试用和demo体验。”
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