就在咱们过年前,大洋彼岸的AGBT(Advances of Genome Biology and Technology)正在美国佛州Orlando如火如荼。 大家都知道,佛罗里达不养闲人。 所以,去的人都得有活。 比如,MGI宣布全新的Standard MPS 2.0测序试剂,将全平台测序质量提高到了Q40。 Element Biosciences则宣布最新的Cloudbreak UltraQ商业化试剂,将测序质量推升到了Q50。 Ultima则宣布了所谓的ppmSeq技术,SNVQ score达到60以上(并不是单碱基的Q60),并且宣布正式推出UG100商用。 好好好,你们这么玩是吧? 把Onso放在眼里么... 我单方面宣布,NGS测序的Q40时代全面到来。 这一切,都值得关注,但是我更关注那个半死不活的Singular Genomics。 空间生物学稻草 2024年2月4日,美国测序仪新秀Singular Genomics在AGBT大会上发布了全新的设备产品-G4X。 该设备能够同时对组织进行RNA原位测序、蛋白多标检测,标志着Singular Genomics进军空间生物学的新里程碑。 从G4X的公布图上也可以看出,这款产品与Singular的第一款测序仪G4不能说一模一样,只能说几无区别。 事实上也是如此。 根据Singular Genomics的公告,G4X就是G4的硬件应用扩展。 这也是无奈之举,毕竟一年过去了,G4的装机量才15台。 说赔本赚吆喝一点不为过。 再看看如日中天的10x Genomics和其拳头空间生物学产品Xenium,任谁也要流下羡慕的口水。 也就更容易理解为什么Singular Genomics把空间生物学作为救命的稻草了。 当然,这也意味着Singular Genomics此前提到的PX多组学平台退出历史舞台。 从技术路线上来看,G4X继承了PX的衣钵,虽然它穿着G4的外衣。 那么,咱们稍微认识一下G4X吧,来都来了。 让我们直接一点 与其他平台不同的是,G4X最为有特点的是Direct-Seq测序技术。 我们先回忆下10x Genomics Xenium的技术路线。 首先组织切片预处理后,进行探针杂交,洗掉未结合探针后进行滚环复制扩增(RCA,Rolling circle amplification)。 第二步,使用特定的携带荧光的探针对滚环复制后的target进行多轮检测。 第三步,对多轮检测后的荧光信号进行分析,还原目的基因的信息。 而G4X使用的Direct-Seq技术则不同。 根据建设兄(戳这里)援引的资料显示,Direct-Seq是通过引入探针进行滚环复制然后直接对生成的滚环簇进行SBS测序完成亚细胞分辨率的RNA检测。 这样,能够检测的RNA几乎是无限制的,也能够对可变剪切、lncRNA等直接进行原位测序。 厉害啊。 不过,目前Direct-Seq还没有推向商用,只能看看罢了。 此时,我想起了一位故人。 G4X的城乡面积高达40平方厘米,可以一次run运行超过24-128个FFPE样本。 与常规空间组学机器的4-16天运行时间相比,G4X能在3天内完成从样本到数据的产出。 目前,能够提供300个RNA和10个蛋白的分析试剂。 呃,这个目前说的是由Singular Genomics提供服务,还得是在2024Q2。 也就是说目前还没有办法给客户提供产品。 那么,这么强大的G4X得多少钱呢? 49.5万美元,目录价。 同样的,G4也进行了降价处理,从35万美元一台降低到29.5万美元一台。 可以先买G4,然后2024年年底升级到G4X。 非常划算。 最后-拯救Singular 那么,G4X会是Singular的救命稻草么? 可能是,但是可能性并不大。 首先,Singular可能面临来自市场,特别是来自10x Genomics的巨大竞争。 NanoString已经被“折磨”的半死不活,Vizgen也被纳入了专利战的射程。 虽然,我愿意相信Singular Genomics的IP足够硬。 但是,10x Genomics的法律诉讼武器不是你IP硬就能够挺住的,还得钱包够硬。 而这,正是Singular所缺乏的。 第二点,Singular在测序领域尚未站稳脚跟就匆忙转向空间生物学领域,这总是让人充满困惑。 测序仪的是不是足够成熟,这是扩展其应用的根基,最怕这根基不稳。 第三点,空间生物学领域已经开始慢慢拥挤。 除了我们说到的NanoString/Vizgen,国内诸如华大时空/寻因生物/M20纷纷加入战团。 要想一举改变颓势,确实还是有点难度啊。 希望G4X称为Singular Genomics的白衣骑士吧。 |