AACR：illumina为什么牵头成立规范基因组联盟？

今年9月份，娜法伯癌症中心（Dana-Farber Cancer Institute）、弗雷德哈钦森癌症研究中心（ Fred Hutchinson Cancer Research Center）、MD安德森癌症中心（MD Anderson Cancer Center）、纪念斯隆凯特林癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center）与基因测序巨头illumina共同宣布：成立“规范基因组联盟”（The Actionable Genome Consortium，AGC）联合机构，指导NGS（下一代测序技术）在肿瘤临床诊断中的应用。

今年4月份，AACR在上海设立了办事处，这是AACR在美国以外的第一个办事处；并将设立转化医学研究中心，以求将基础研究进展转化为临床可以应用的技术，研究中心将致力于建立一个多学科协作的平台，促进成果转化。

10月9日，美国癌症研究学会（American Association for Cancer Research，AACR） 新视野癌症研究大会在上海金茂大厦召开。

在大会开幕式之前，美国癌症研究学会（AACR）主席、美国纽约癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center）癌症生物学和遗传学研究项目成员Scott W.Lowe ；美国癌症研究学会（AACR）前主席Charles L. Sawyers；上海市肿瘤所实验室主任、上海交通大学医学院癌基因及相关基因国家重点实验室主任王红阳等人就“Community Standards for Next-Gen Sequencing in Oncology:The Actionable Genome Consortium”（AGC:下一代测序在肿瘤界的标准联盟）展开研讨会。

Illumina：NGS可减少肿瘤诊断困惑并提供简化且标准化的检测

Illumina在AACR大会上的展台

Illumina在AACR大会上展出的MiSeq

不久前，Illumina刚与几家制药公司和学术中心宣布合作，以开发基于NGS的通用癌症检测，解码约100个最重要的癌症基因。它初期的战略合作伙伴包括阿斯利康、杨森和赛诺菲。这些平台将以FDA批准的试剂盒出售。

Q：为什么要成立规范基因组联盟（AGC）？

A：当下，关于癌症（肿瘤）的基因特征分析及研究非常多，如何将这些研究快速地转化到医学临床试验是一个亟待解决的问题。MD安德森癌症中心与其他几个癌症研究中心牵头决定，尽快形成关于肿瘤基因测序的标准，也便于更好的决策。成立了AGC联盟以后，肿瘤基因组测序的标准重要性体现在：首先可以早日促进临床试验应用；其次可以有效地在癌症基因组测序临床诊断的推广；最后形成的统一NGS临床标准不再为某个特定的机构所用，而是为整个癌症治疗领域所用。

Q：将下一代测序运用于肿瘤基因组测试，会有哪些挑战？

A：目前，在基因组测序领域，已经完全可以进行测定的，但是在了解这些基因的真正信息，解释分析方面存在一定困难。到目前为止，我们对不同基因的属性（尤其与临床表现的性质）认知存在很大不足，这一过程也是任重而道远。

规范基因组联盟（AGC）如何认知NGS在临床试验方面的重要性？

A：我们知道，在上世纪，大药厂为了促进新药的开发与研究，就成立了“药厂联盟”这样的机构，也是旨在促进药物在临床试验过程中的标准统一。

我们知道：正常细胞的癌变与多种基因的作用有关，按其在肿瘤的发生和发展中的生物学行为功能可分为肿瘤基因(oncogenes)、肿瘤抑制基因(tumor suppressor genes，TSG)、肿瘤转移基因(metastatic genes，MG)和肿瘤转移抑制基因(metastasis suppressor genes，MSG)4大类。

而目前，从我们的一些医药研发外包（CRO）来看，以药明康德为例，已经开始接受了很多药企采用下一代测序技术进行分子试药的临床研究了。通过NGS，把不同基因组学的多样进行整合，可以进一步阐述肿瘤分子的多样性。

Q：如何帮助临床医生理解一类突变、二类突变？以及是否要规避三类突变和四类突变？

A：从科学的角度，我们不应该向患者隐瞒所有的信息。毕竟以上4类基因的前后两对基因各自又形成一对既相互对立，又互相制约的两对性质各异，而且具有正负调控作用的两大基因系统，从而维持着机体细胞的精细平衡(fine balance)。

但是，回顾2年来的测序数据，目前的染色体标记（表观遗传学标记物）又还不足以解释转移性癌症的临床意义。

在此，我们所谓的“全基因组测序”应该是建立在一个不断进步的测序技术角度（环境）来做数据的积累，再逐渐分析循环DNA/肿瘤DNA基因序列的变化。

Q：哪些人群应该接受癌症基因组测试？

A：目前血液病诊断和治疗已经进入分子生物学时代。

尽管我们暂时不会将3类基因放入临床诊断，但是还是建议患者在治疗前进行肿瘤基因组诊断。因为通过诊断后，即使一开始抓不到癌症的转移灶，那还可以抓原发灶，并且目前三类和四类基因是可测的，只是解释尚不足。

Q：NGS在肿瘤诊断中面临的挑战？

A：这个挑战主要来自3个方面：一是还无法读出等位基因的相关突变；二是药物引导靶点突变时，临床反应不够显著（可能仅10%突变）；三是如何将药物用到合适的群体。

后记

在讨论会的最后，美国癌症研究学会（AACR）的Charles 问了与会者几个问题：由于中西方的差异，是否需要针对中国特定群体的突变进行分析？以及有没有哪些基因被忽视？即肿瘤的基因组测序是否有必要进行本土化？