首个tNGS共识来了，赛沛危险了？

tNGS赛道持续升温，上个月金域发了红红火火的单月突破5万例喜报，这个月首部tNGS专家共识也出来了，笔者就来分（脑）析（补）一下，划划重点。

（其实共识中也包含mNGS的内容，本文就选择性忽略，主要看tNGS）

原文详见链接：

高通量测序技术在分枝杆菌病诊断中的应用专家共识（2023）.pdf

tNGS的应用方向很多，相比于呼吸道感染、血流感染、泌尿系统感染、神经系统感染等“病原微生物大杂烩”，首部tNGS共识落在了病原种类更为单一的结核领域，这也充分体现了tNGS的特点：针对性强、意义明确。

说到结核的分子检测，很多人第一个会想到赛沛的“小蓝盒”，Xpert是代表性产品，经过这几年的学术推广已深入人心，仪器已遍布县级医院。结核tNGS乍一看来和Xpert MTB功能和使用场景都很接近，那么赛沛在结核市场会面临大冲击吗？让我们带着这个问题来共识里看一看。

（蓝色字体为共识原文，序号有调整）

一、应用高通量测序检测分枝杆菌的适应证

1）靶向测序适用于病原学阴性的疑似肺结核、肺外结核、NTM病的诊断及鉴别诊断，也适用于菌量丰富的临床标本或菌株的耐药基因突变检测，或用于分枝杆菌耐药的诊断。

Xpert不能诊断NTM。另外在耐药方面，Xpert目前国内只有利福平耐药检测的试剂Xpert MTB/RIF， 能检测另外6种药物耐药的Xpert MTB/XDR还未进入中国。tNGS则可以同时鉴定结核和NTM，所有结核药物（约12种）的耐药基因。从功能上来说，tNGS显然更胜一筹。

二、靶向测序检测的适宜送检人群及时机

1.疑似肺结核患者，具有典型的肺部影像学改变伴有或不伴有结核病中毒症状，常规的痰标本抗酸杆菌涂片、培养和GeneXpert等分子生物学检查均报告阴性结果时，或是有些患者增加了支气管肺泡灌洗液检查后仍不能确诊时。

2.疑似结核性胸膜炎患者，具有典型的结核性胸膜炎的临床表现且胸腔积液为渗出液，未找到其他引起胸腔积液的原因，常规的抗酸杆菌涂片、培养和GeneXpert等分子生物学检查均报告阴性结果时。鉴于胸腔积液常规结核分枝杆菌检查阳性率低，可考虑尽早送检。

3.疑似肺外结核患者如结核性脑膜炎、淋巴结结核、骨关节结核、结核性心包炎、肾结核、肠结核等，肺外结核诊断较困难，对应的临床标本中的分枝杆菌含量较低，常规检测灵敏度低，建议及早送检。

4.复治结核患者，经过正规抗结核治疗但效果不理想，且常规的抗酸杆菌涂片、培养和GeneXpert等分子生物学检查均报告阴性结果，建议送检以明确耐药情况。

5.疑似ＮＴＭ 病的患者，即多次培养及分子检测结果阴性者，尤其是同期抗酸杆菌涂片检查阳性的患者，建议送检。

6.考虑为多种药物耐药的结核病或ＮＴＭ 病患者，建议及时送检以进一步获取多种药物的耐药证据，此时推荐送检菌量丰富的临床标本或菌株。

挑重点：疑似肺结核、结核性胸膜炎患者，这是结核分子诊断市场中最大的体量，在病原学和GeneXpert报告阴性结果之后，建议送检tNGS。Xpert还是作为tNGS的前置检测。国内之前常用的XpertMTB/RIF的检测限是131 CFU/mL，今年3月国内又批准了赛沛的高敏试剂Ultra检测限是15.6 CFU/mL。这就要求tNGS的灵敏度需要高于Xpert，否则tNGS检测无意义。各位做结核tNGS的可以看看自家的检测限是多少，能否跟Ultra一决高下？（下季度的产品优化指标有了）。其余小部分市场：疑似肺外结核、NTM可以跳过Xpert，直接送检tNGS。对于多重耐药患者没说要先用Xpert，但也可能是因为Xpert MTB/XDR还未在国内获批。另外多重耐药分子检测的一大难题是菌体富集，Xpert和tNGS对此都无解。

整体来说，赛沛仍然可以占据大部分市场的一线使用场景，还可以再多笑一会儿。但随着tNGS如火如荼的发展趋势，积累足够的数据支持后，下一版共识中能和Xpert齐头并进也说不一定呢？

测序最难的是如何使用，如何标准化，看看共识里怎么说：

目前，主流测序平台包括二代测序平台和第三代测序平台，二代测序的数据量至少为200万条（20million，即20M）高质量序列，第三代纳米孔的数据量至少为50000条高质量序列。

20M是mNGS的数据量要求，应该不适用于tNGS。若tNGS也得做到20M数据量，成本/价格优势就没了。

靶向测序阳性阈值设定原则及判断标准：特异性序列大于100条序列，且非单一靶点序列，可推荐作为阳性阈值判定标准；特异性数据小于100条序列，特别是同批次有获得大量序列数支持结核病诊断的标本时，需行其他方法学进行佐证，可进行实时荧光定量PCR确认。特异性数据小于10条序列时，尤当慎重判读，建议考虑另留取一份样本进行检测以佐证本

次检测结果。如重复样本获得阳性结果，无论序列数如何，都应首先考虑其结核病诊断；如果复测结果为阴性，则暂不考虑其结核病诊断。

mNGS的阳性判定标准是1条序列。tNGS的阳性标准是100条特异性非单一靶点序列，100条以下、10条以下需要采取不同方式验证。（好的，这下有依据跟检验的老师解释结果了）

三、NTM病诊断

关于NTM，共识里写了很多，又好像啥也没写。抓个重点：对于罕见NTM，2次测序结果为同一菌种时才考虑其致病可能。

四、分枝杆菌病的耐药诊断

mNGS技术通常无法获得足够的结核分枝杆菌/NTM的核酸序列信息，因此不用于分枝杆菌耐药的诊断。当临床标本中菌含量丰富时，（靶向测序）能捕获到数量较多的不同耐药基因的序列，从而进行耐药的分子诊断。目前针对临床标本靶向测序检测分枝杆菌耐药的判定缺乏统一的标准。（菌株样本）目前多以发生突变的基因频度超过获取的全部对应基因序列的70%~80%作为判定标准。

领会一下：耐药检测，请mNGS退下。tNGS可以用，但怎么用？对临床标本怎么做样本质控？检测结果怎么判定？还不清楚。（请tNGS厂家多开展多中心项目，多发挥多投入）

最后来一个tNGS和Xpert的头对头比较，大家看看投谁一票？