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【真固精品】新一代全基因组文库制备试剂盒重磅上市!

2023-1-5 09:41| 编辑: 归去来兮| 查看: 1569| 评论: 0|来源: 小桔灯网

摘要: 真固生物开发的新一代酶切法全基因文库制备试剂建库步骤简捷



1. 技术背景


NGS(下一代测序)技术凭借通量大、精确性高和信息量丰富等优点,在基础研究、产前诊断、遗传病诊断、肿瘤诊断与精准医疗领域迅速崛起。NGS实验流程包括核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是二代测序技术的基础,对于成功进行NGS工作流程至关重要。常规的二代测序文库构建流程包括DNA片段化、末端修复、A尾添加、接头连接和PCR富集五步,耗时长,且基于超声片段化的文库构建流程需要昂贵的仪器及配套耗材。基于行业痛点,真固生物开发的新一代酶切法全基因文库制备试剂建库步骤简捷,容易上手,2-3小时内完成文库制备,同时具有优越的性能,可满足NGS文库构建的性能需求。


2. 产品介绍


2.1

 产品简介

真固生物全基因组文库制备试剂盒是基于A-T连接原理,针对Illumina高通量测序平台开发设计的新一代酶切法建库试剂盒,适用于全基因组测序,同时兼容液相杂交靶向捕获测序。该试剂盒通过优化的酶切片段化、末端修复、接头连接、文库扩增等步骤,具有较高的文库转化率和扩增文库产出。与传统的建库法相比,优化的酶切片段化,将片段化模块与末端修复模块合二为一,摆脱了繁琐的超声过程,极大地降低了建库时间和耗材成本,同时可适配自动化的工作流,从而进一步节省人力。


图1. 全基因组文库制备试剂盒建库流程

注:全基因组文库制备试剂盒可在约2~3小时内完成文库制备工作。

*基于cfDNA的文库构建不需要片段化。


表1. 全基因组文库制备试剂盒套装


2.2

 产品特点


图2. 全基因组文库制备试剂盒性能特点


2.3

性能验证结果


2.3.1  基于WGS测序的文库验证

选用3例临床样本(2例FFPE样本、1例血液样本)及1例标准品样本(NA12878)与WGS通用建库试剂盒进行性能对比,验证结果如下:

图3. 200ng投入量下,WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库产量。无论真固试剂盒还是WGS通用建库试剂盒1/2/3/4,血液样本文库产量远高于FFPE样本。其中真固试剂盒文库产量远好于WGS通用建库试剂盒2/3/4,可满足至少3次杂交实验(单次杂交需要量500ng)。


图4. WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库Mapped Ratio数据展示。真固试剂盒比对率整体好于WGS通用建库试剂盒1/2/3/4,所有样本的比对率均>99.5%


图5. WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库Target Ratio数据展示。在中靶率方面,WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固试剂表现较为一致,真固试剂整体略好于WGS通用建库试剂盒1/2/3/4。


图6. WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库PCR Duplicate Reads数据展示。在重复率方面,WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固试剂表现较为一致。


图7. WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库Soft Clip数据展示。真固试剂Soft Clip均小于WGS通用建库试剂盒1/2/3/4试剂。


图8. WGS通用建库试剂盒1/2/3/4及真固文库构建试剂的WGS文库覆盖均一性数据展示。真固试剂盒无论是GC低覆盖区域还是高覆盖区域均表现出更好的基因组覆盖均一性,远好于WGS通用建库试剂盒2/3/4。


2.3.2 基于WES测序的WGS文库验证

选取2例FFPE 样本(FFPE-3 部分降解、FFPE-4 严重降解)和1例标准品(NA12878)进行WGS文库构建,使用 WES 探针进行杂交捕获测序,分析 WGS 通用建库试剂盒 1/2 与真固建库试剂的性能。

图9. 不同DNA投入量下的文库产量。不同DNA投入量下,真固试剂文库产量均优于WGS通用建库试剂盒1/2。10ng投入量下也可稳定建库,除FFPE-4(严重降解样本)样本外,其余文库产量均可满足≥2次杂交实验。


图10. WGS通用建库试剂盒1/2及真固文库构建试剂的WES文库Mapped Ratio数据展示。WGS通用建库试剂盒1/2及真固试剂比对率数据相当,真固试剂略好于WGS通用建库试剂盒2,比对率均>99.6%。


图11. WGS通用建库试剂盒1/2及真固文库构建试剂的WES文库Target Ratio数据展示。WGS通用建库试剂盒1/2及真固试剂中靶率数据相当,真固试剂略好于WGS通用建库试剂盒2,比对率均>85%。


图12. WGS通用建库试剂盒1/2及真固文库构建试剂的WES文库PCR Duplicate Reads数据展示。WGS通用建库试剂盒1/2及真固试剂重复率数据相当,真固试剂略好于WGS通用建库试剂盒2。


图13. WGS通用建库试剂盒1/2及真固文库构建试剂的WES文库Soft Clip数据展示。真固试剂Soft Clip低于WGS通用建库试剂盒2,与WGS通用建库试剂盒1相当。


2.3.3 基于cfDNA测序的文库验证

选用2例临床样本与WGS通用建库试剂盒4/5建库试剂进行基于cfDNA样本的WGS文库构建及测序,验证结果如下:

图14. 30ng投入量下,WGS通用建库试剂盒4/5及真固文库构建试剂的cfDNA文库产量。真固试剂的文库产量均好于WGS通用建库试剂盒4/5,其文库产量可满足7次杂交实验。


图15. WGS通用建库试剂盒4/5及真固文库构建试剂的cfDNA文库Mapped Ratio数据展示。WGS通用建库试剂盒4/5及真固试剂比对率相当,对于cfDNA样本,不同样本的比对率存在较大差异。

图16. WGS通用建库试剂盒4/5及真固文库构建试剂的cfDNA文库PCR Duplicate Reads数据展示。WGS通用建库试剂盒4/5及真固试剂重复率数据相当。




图17 WGS通用建库试剂盒4/5及真固文库构建试剂的cfDNA文库Mean_Coverage数据展示。真固试剂具有较高的均一性,均优于WGS通用建库试剂盒4/5。


3. 产品应用


真固生物研发的全基因组文库制备试剂盒广泛适用于多种样本类型的文库构建,兼容靶向捕获流程,可实现低质量、低起始量样本文库构建及测序。相较于传统通用建库试剂盒拥有更佳的性能,可为第三方客户提供更好的产品选择!


公司拥有成熟的针对全样本类型的高通量测序“一管”文库制备技术和基于RNA的融合基因检测技术,大幅降低了检测成本;与试剂配套的易学易用的生物信息学分析软件,可以“一键”完成从原始数据到突变列表注释的全部数据分析流程。同时提供从样本提取到报告的全流程自动化、“一体化”院内LDT/IVD整体解决方案。综合技术优势和成本优势的叠加,解决了当前高通量测序技术在应用推广过程中存在的效率低、准确率低、流程复杂、成本高等障碍,使高通量测序可以在院内实现“一天”级实验流和两天级工作流。推动了基因检测在肿瘤、遗传病等领域的普及应用与发展。

       目前,公司已获得包括美国FDA、中国NMPA、欧盟CE在内的三地NGS跨癌种通用伴随诊断试剂盒注册证,是全球首家获此殊荣的NGS精准诊断产品供应商。并且已经与包括ILMN、MGI在内的国际主流测序平台及跨国药企开展了IVD、LDT及伴随诊断多方广泛合作,可同时提供IVD/LDT系列标准产品、5000+扩增子一管个性化定制产品和全外包基因检测服务。随着更多跨平台、一体化、临床级精准诊断产品的不断推出,真固生物将和医疗机构、医学检验实验室、药厂、CRO等更多合作伙伴一道,推动精准医疗触手可及,真正实现精准医疗大众化。

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