专访金准基因CTO安冬艳—距安捷伦SureSelect人全外显子V8上市倒计时2天

在谈及全外显子组测序技术的发展为临床疾病研究（尤其是遗传病）带来哪些转变时，安冬艳表示，随着测序价格的下降，外显子组测序已逐渐成为临床疾病诊治和研究的重要技术方法。外显子组测序在遗传病临床应用中具有很大的优势，主要体现在以下几点：首先是疾病的快速精准诊断，比如表型相似遗传异质性强的癫痫、发育障碍，高氨血症及尿素循环障碍疾病的分型等等；第二，提高了临床对遗传性疾病的认识，目前统计遗传病大概有7,000多种，其中很多是通过外显子组测序明确基因诊断后，才逐渐认识这些疾病；第三，人类包含2万多个基因，目前明确基因和疾病关系的大约4,000余个，仍有很多未知，因此外显子组测序是探索挖掘致病新基因的重要利器。

临床应用也对外显子组测序产品提出了新的挑战，那么究竟有何特性的产品才能很好的应用到临床呢？安冬艳提出了四点：第一，捕获区域大小、捕获效率；第二，变异检出能力；第三，外显子层面的均一性；第四，随着数据库增加，能够涵盖非CDS区域但可能致病区域，比如UTR区域等。

金准基因成立之初就与安捷伦展开了合作，包括从最初小Panel的制定，到2,700多个基因大Panel的使用，再到后来的临床全外显子。2017年，金准基因全方面使用安捷伦V6的全外显子芯片，距今已有5年多的时间。安女士说道：“双方一直有深度的合作，可以说安捷伦的外显子组产品伴随着我们公司的成长。”

那么究竟是什么原因使得金准基因一直青睐安捷伦产品呢？在聊到这一点时，安冬艳说：“我们使用外显子组测序产品是从小Panel到大Panel到全外，是一个不断升级的过程。在这个过程中，我们体会最深的就是安捷伦的产品质量稳定，且覆盖范围广。除了外显子区域，该产品对序列侧翼两边的内含子包括范围也相对比较广。”

安冬艳女士也分享了一个使她印象比较深刻的案例：临床上有一个患儿诊断为癫痫，但该患者最初的基因分析结果为阴性，通过与临床的反复沟通，高度怀疑结节性硬化症，而结节性硬化致病基因TSC1／TSC2，部分致病变异位于内含子区域。为此，他们又重新分析了该患者的测序数据，在TSC1区间内含子100多位的位置发现了一个变异位点，经过一系列的验证，发现改变异位点特征符合患儿的致病特点！

上述案例也体现了安捷伦全外产品的覆盖广、质量稳定性高的特点。覆盖面广可以保证检测序列更加全面，变异位点的检出率更高。除了临床，科研对覆盖范围的需求更加全面，因此在科研服务中，金准基因也一直选用安捷伦的全外芯片。

目前，安捷伦人全外显子产品已经升级到第八代，安捷伦根据临床真实需求不断丰富升级芯片产品，与时俱进，这也符合金准基因对临床服务不断提升的目标。随着基因检测在临床应用越来越广泛，认可度也越来越高。从小panel到全外显子，反映了临床需求的不断升级，而安捷伦产品的升级不仅可以使临床患者受益，也会推进科学研究的进展。

使用SureSelect Human AII Exon V8产品之后，安冬艳女士说到：“金准基因主要专注于遗传病检测，V8的更新换代对我们应用层面影响主要有两方面，一是覆盖面更广，该产品应用了AI算法，探针更少，但覆盖面更广，所以其检测范围仍能高度满足临床的需求；二是数据库更新，因为数据量越来越多，我们对数据的挖掘也越来越深，V8数据库囊括了最新的基因数据，保证了临床需求。”

安冬艳表示非常期待V8的上市，V8在原基础上做的更小，但探针性能更高，具有更广的覆盖面和优异的检测性能，能够以低廉的成本更加高效的惠及更多用户。