前面讲了很多的试剂评价的内容,但是通常情况下我们评最关注的是试剂盒的最低检测限(LOD)/分析敏感性/灵敏度。尤其对于qPCR试剂盒的评价,到底能测到几个拷贝呢?试剂盒一般都写1个拷贝,真的都是1个拷贝吗? 最低检测限(LOD)的检测通常分为两步:
如果我煮一锅的汤圆,一共有500ml水,我的勺子容量是50ml,每勺可以装盛10个汤圆,汤圆在锅里呈自由运动。当我往锅里放100个汤圆时,我每次大概率都可以盛到汤圆;但是如果往锅里只放10个汤圆时,每次盛到汤圆的数量按照一定的概率出现,我有可能一个也盛不到,也有可能能一次盛到1个到10个,但是大概率是盛不到或盛1个,每一次盛汤圆都是一个独立的事件,每次能盛到几个汤圆是无法预测的,但是盛到几个汤圆的概率是可以计算的,这种概率符合泊松分布的规律,大家有兴趣可以去了解一下。 回到我们的LOD,当样本浓度足够低时,我们每次从核酸溶液中能吸到的模板量都是随机的,并且都是独立事件。所以当我们仅做3次重复时,每次重复的结果可能都不一样。根据我们实验室获得的数据1 copy模板对应的Ct约是38,Ct值在35以后的检测结果呈现随机现象。 下面左图为数字PCR检测结果,右图为对应的qPCR扩增曲线。 那么我们做20次重复就万事大吉了吗?不是!情况1:1L水中有20个汤圆,我用50ml的勺子分20次将汤圆全部盛出,那么我可以获得盛到汤圆的概率。 情况2:10L水中有200个汤圆,汤圆密度与情况1一样,我仍然用50ml的勺子分20次盛汤圆,两次盛到汤圆的概率是不同的。 我更推荐用第一种情况,在我们稀释样品做倍比稀释时,样品量够20次的上样量最佳。 如果没懂,买一袋汤圆试一试! |