FDA新冠突变检测试剂盒指南之一：背景介绍

 本指南代表了FDA目前对COVID-19突变型的看法。它并没有为任何人确立任何权利，对FDA或公众也没有约束力。如果符合适用法规和条例的要求，你可以使用替代方法。

 FDA在保护美国免受新兴传染病等威胁方面发挥着关键作用，包括2019年冠状病毒病（COVID-19）大流行。FDA致力于及时提供指导，以支持对这一流行病的应对工作。

 FDA发布本指南，旨在提供关于评估SARS-CoV-2新出现的和未来的病毒突变对COVID-19检测的潜在影响的政策和建议，以应对COVID-19公共卫生紧急情况。本指南描述了测试开发人员在开发和授权后考虑新出现和未来变异对其COVID-19测试的影响的政策。在本指南中，提到的COVID-19检测是指检测SARS-CoV-2病毒的分子和抗原检测以及检测SARS-CoV-2病毒抗体的血清学检测。

 本政策旨在仅在卫生与公众服务部（HHS）部长于2020年1月31日宣布的与COVID-19相关的公共卫生紧急状态期间有效，自2020年1月27日起生效，包括HHS部长根据《公共卫生服务法》（PHS法）第319（a）（2）条（42 U.S.C. 247d（a）（2））所做的任何更新。

 考虑到这一公共卫生紧急情况，正如2020年3月25日《联邦公报》中题为“Process for Making Available Guidance Documents Related to Coronavirus Disease 2019”的通知中所讨论的那样，由于FDA已确定本指导意见的事先公众参与是不可行或不合适的，因此本指导意见的实施不需要事先征求公众意见（见联邦食品、药品和化妆品法（FD&C法）第701（h）（1）（C）节（21 U.S.C. 371（h）（1）（C））和21 CFR 10.115（g）（2））。本指导文件正在立即实施，但根据该机构的良好指导做法，仍需征求意见。

 本文件的内容不具有法律效力，也不意味着以任何方式约束公众，除非具体纳入合同。本文件的目的只是为了向公众澄清法律下的现有要求。包括本指南在内的FDA指导文件，除非引用了具体的法规或法定要求，否则只应被视为建议。FDA指导文件中使用“应”字的意思是，某事是建议或推荐的，但不是必须的。

 目前，由一种新型冠状病毒引起的呼吸道疾病正在爆发。该病毒被命名为 "SARS-CoV-2"，其引起的疾病被命名为“Coronavirus Disease 2019”（COVID-19）。2020年1月31日，HHS发布了与COVID-19相关的公共卫生紧急状态宣言，并动员了HHS的各业务部门此外，2020年3月13日，还有总统宣布针对COVID-19的国家紧急状态。

 SARS-CoV-2病毒随着时间的推移发生了变异，导至在COVID-19大流行过程中，循环病毒变种的人群发生了基因变异，美国和全球都有新的病毒变种记录。有时新变异体出现后消失，有时新变异体持续存在并增加流行率。

 SARS-CoV-2最早在中国武汉被发现，2020年1月，第一个基因序列（武汉-胡1）被公开。利用这个序列开发了许多检测方法。用这个序列也衍生出了该病毒的抗原和抗体。随后，美国又从一名刚从中国疫区旅行返回华盛顿州的呼吸道疾病患者身上采集的样本中分离出了USA-WA1/2020号异物，该患者于2020年1月出现临床疾病（COVID-19）。随着时间的推移，SARS-CoV-2积累了突变，并已多样化为无数个系，包括传播率增加的变体，如B.1.1.7变体（英国VOC-202012/01）、B.1.351变体（南非：20H/501Y.V2）和P.1变体（巴西：20J//501Y.V3）。这三个变异体是在2021年1月在美国发现的。

 在描述SARS-CoV-2的基因序列变化时，使用了突变（或病毒突变、基因突变等）和变异（或病毒变异、基因变异等）这两个术语。变异是指SARS-CoV-2病毒序列与参考序列（如武汉-胡1或美国-WA1/2020）相比，发生的个体基因变化。SARS-CoV-2的新病毒变异体具有一个或多个突变，使其与参考序列或主要病毒相区别，这些变异体已经在普通人群中流通。SARS-CoV-2的变体是通过RNA基因组中含有突变的基因组序列来鉴定的，这些突变可能导至病毒蛋白质的氨基酸替换、插入和/或缺失。不同的变异可以导至不同的表型（例如，抗原性、传播性或毒力的不同）。

 患者样本中SARS-CoV-2病毒突变的存在可能会改变检测的性能。突变对检测性能的临床影响受多种因素影响。

 分子检测是通过针对病毒基因组的特定区域来检测病毒。如果突变发生在检测所评估的病毒基因组部分，并降低了检测病毒RNA基因组的能力，则可能出现假阴性结果。设计用于检测多个SARS-CoV-2基因靶点的分子检测比设计用于检测单一基因靶点的检测更不容易受到基因变异的影响。遗传变异对分子检测性能的影响受变异体的序列、检测设计以及变异体在人群中的流行程度的影响。如果检测不能检测出病毒变异体，而变异体在群体中的流行率增加，则假阴性结果的比例可能会增加。

 病毒基因组的变化可导至病毒蛋白的变化，因此也会影响抗原或血清学检测的性能。

 抗原检测的目的是检测特定的病毒蛋白。如果病毒基因组的变化改变了抗原检测所针对的病毒蛋白的结构，即使病毒存在，检测也可能检测不到病毒，导至假阴性结果。遗传变异对检测结果的影响受蛋白质变化的类型、检测的设计以及变异在人群中的流行程度的影响。

 血清学检测的目的是检测人体对感染作出适应性免疫反应时产生的抗体。基因变异可能导至引起对病毒的抗体反应的蛋白质和由此产生的抗体反应发生变化。如果血清学检测的设计是使用特定的蛋白质来检测抗体，那么该检测可能无法检测到因蛋白质结构改变而产生的抗体。当病毒抗体存在但检测不到时，可能会导至假阴性的检测结果。基因变异对检测性能的影响受受基因变化影响的蛋白质、蛋白质变化的类型、由此产生的抗体反应的变化、检测的设计以及变异在人群中的流行程度的影响。

 FDA与相关专家合作，以更好地了解新病毒变异体对公众健康的影响及其对检测性能的影响，一直在例行监测公开的数据库，并协调努力评估新病毒变异体对已获得紧急使用授权（EUA）的检测的影响。由于分子检测针对的是病毒基因组的特定区域，FDA正在监测遗传变异对FDA授权的分子检测试剂盒的潜在影响，并且在整个大流行期间一直在这样做。由于病毒变异也会影响抗原和血清学检测的性能，FDA也在考虑监测对EUA授权的抗原诊断和EUA授权的血清学检测的潜在影响的最佳方法。

 FDA监测计划的一个方面涉及分析来自公开的基因组数据库的现有序列数据，如GISAID 3d数据库。大多数SARS-CoV-2病毒基因组中被授权分子检测试剂盒所针对的区域的突变在序列数据库中出现的频率很低。FDA认为，当这些类型的突变在序列数据库中以显著的频率出现时，如大于5%（当考虑最近一段时间内，如过去一周、一个月或一个季度内至少2000个序列时），这可能意味着该突变在美国越来越多的感染者中出现。除了出现在数据库中超过5%的序列中的突变外，任何变异如果有多份可信的报告（如同行评议的文献，或更直接的来自公共卫生界的报告，如州公共卫生实验室），表明有可能影响病人护理实践，增加毒性或增加传播风险，FDA会更密切地监测，因为可能增加公共卫生风险。

 FDA定期监测EUA授权的分子检测试剂盒，将检测的引物/探针序列（如果检测使用替代扩增方法，则为等效序列）与GISAID和其他数据库中公布的美国SARS-CoV-2基因组进行核对，以确定检测目标的病毒基因组区域是否存在任何突变，因为这可能会影响检测性能。在确定任何可能影响测试性能的突变后，FDA还考虑其他信息，如突变发生的位置与测试的引物或探针的关系，以及是否可能有多个突变影响单一测试，以及是否有可能出现突变集合，影响特定测试并降低性能。

 这项计划，包括应FDA的要求由某些试剂盒开发商进行的后续调查，导至FDA于2021年1月8日向临床实验室工作人员和医疗服务提供者发布了关于新出现的变异体（包括来自英国的B.1.1.7变异体）对检测性能的潜在影响的安全警报4FDA将继续监测有关变异体和COVID-19授权测试的信号，并将在获得更多信息后向相关人员和公众提供更多信息。本指南是这些努力的一部分，其中包括FDA根据目前掌握的信息提出的建议。