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文献速读|mNGS对于皮肤及软组织感染的应用价值

2020-10-27 09:41| 编辑: 归去来兮| 查看: 1425| 评论: 0|来源: 实践医学 | 作者:市场部

摘要: 皮肤和软组织感染是一种最常见的感染性疾病,皮肤和软组织感染涉及到不同临床表现、病因和严重程度,病情可以是轻度的也可能严重威胁生命。其发病率约为尿路感染的2倍,肺炎的10倍。鉴于皮肤和软组织感染中病原体的 ...

皮肤和软组织感染是一种最常见的感染性疾病,皮肤和软组织感染涉及到不同临床表现、病因和严重程度,病情可以是轻度的也可能严重威胁生命。其发病率约为尿路感染的2倍,肺炎的10倍。鉴于皮肤和软组织感染中病原体的多样性,临床医生倾向于选择广谱抗生素作经验性治疗,这可能会增加耐药菌的患病率,培养结果对于抗生素的选择至关重要,然而培养的阳性率低、灵敏度差,导至医师无法获得部分患者的病原学证据,因此很多快速和敏感的微生物检测技术应运而生,如基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、聚合酶链反应、靶向基因测序等等。mNGS是一种病原体诊断的新工具,曾在2012年被《Nature》誉为革命性的病原学诊断工具,它使我们能够全面检测病原体,并有效的应对各种感染性疾病的挑战。

近日,复旦大学附属中山医院胡必杰教授团队发表了一篇关于mNGS对皮肤及软组织感染的诊断价值的前瞻性研究,研究结果表明:mNGS是皮肤及软组织感染极具前景的病原学诊断工具,特别是在诊断病毒、厌氧菌和混合病原体感染方面。此外,mNGS可以用于指导抗生素治疗的策略,并有益于临床结果。




研究方法


研究选取了从201741日至20191231日,共96皮肤及软组织感染病例。采集感染部位的样本:组织样本、脓液、拭子和/或组织液,比较mNGS和培养检出阳性率和灵敏度,同时评估mNGS对于抗生素治疗策略制定的价值。


1 患者招募流程



结果


mNGS对病毒和厌氧菌的灵敏度更高

mNGS对真菌、葡萄球菌、结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌(NTM)、病毒和厌氧菌的检测灵敏度分别为4.2%1 1.5%15.6%8.3%10.4%1 1.5%,而常规培养检出的灵敏度分别为2.1%10.4%11.5%3.1%0%1.0%。值得注意的是,在鉴别厌氧菌方面,mNGS比培养更敏感(p = 0.002)

2mNGS与培养对不同类型病原体检出的敏感性比较


对特定病原体检出性能

雷达图显示了微生物和培养物检测特定病原体的能力。mNGS显示出对结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌(NTM)和罕见病原体更好的检出性能,尽管差异不显著。

3mNGS与培养对特定病原体检出的雷达图


mNGS与培养结果之间的一致性

mNGS与培养检出结果一致的病例有18例(19%),mNGS和培养均检出阳性的病例有29(30%);其中,19例检出结果完全匹配,只有3例不一致。值得注意的是,在36(38%)培养阴性的病例中,mNGS检出的结果却是阳性。

此外,mNGS还发现了几种罕见的病原体,如汉塞巴尔通体、创伤弧菌和嗜肺军团菌。例如,患者P71一周前被一只猫抓伤了左臂,因左颈部皮肤脓肿住院,常规培养结果为阴性,而mNGS却检出亨利氏菌,然后医生根据mNGS结果采用多西环素治疗,患者在通过脓肿引流和多西环素治疗2周后获得痊愈。

4mNGS与培养检出的一致性


不同样本类型的对检测结果的影响

相比于拭子(占所有样本数量的24.6%)和组织(占所有样本数量的24.6%),对脓液(占所有样本数量的50.8%)的检测具有更高的灵敏度;然而,不同样本mNGS和传统培养检出的阳性率却无统计学差异。

5:不同样本类型对检测结果的影响



结论


本研究的主要发现是:与培养相比,mNGS在以下方面有更好的检测:

(1)鉴定出比培养多两倍的病原体,特别是检测厌氧菌、病毒、结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌;

(2)检测病毒和稀有病原体的能力;

(3)在单个样本中识别多种病原体。

此外,mNGS阳性结果显著有助于靶向抗生素治疗,当培养结果为阴性时,mNGS可能会改善预后。



参考文献


1、Wang, Q. et al. The clinical value of metagenomic next-generation sequencing in the microbiological diagnosis of skin and soft tissue infections. Int J Infect Dis100, 414-420, doi:10.1016/j.ijid.2020.09.007 (2020).


-THE END-

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