肝癌基因组测序研究总结

根据国际癌症研究机构（IARC）的数据，肝癌是全球致死率第三的癌症。到目前为止，在全球范围内已有数千个肝癌基因组进行了测序分析，在肝癌中已经发现了大多数的驱动基因/高频率突变，包括Wnt/β-联蛋白途径，TP53/细胞周期途径，端粒维持和染色质调节因子等。随着NGS技术在癌症研究中的应用，国际或国内癌症基因组研究已经陆续开展，用以有效促进癌症基因组测序并在科学家之间分享高质量数据，如国际癌症基因组联盟（ICGC）等。这些项目收集了具有不同流行病学（病毒和酒精）和种族（日本，中国，美国和法国）背景的样本测序数据，这些庞大数据集的整合，可更加的清晰理解肝癌的分子或遗传特征与流行病学、环境和种族因素之间的关系。目前，NGS技术作为癌症精准医疗，应用于临床测序，分析癌症相关的突变基因，并将具有特定突变的患者纳入临床试验。

本篇文章总结了最近的肝癌基因组测序研究，包括驱动基因发现，病毒整合和突变特征。基于这些测序数据，还讨论了肝癌精准医学的临床测序研究。

通过外显子组和全基因组测序（WGS）对世界范围内的肝癌进行了许多全面的基因组测序研究。全外显子组测序（WES）可以有效地检测到人类基因组的全蛋白编码外显子（30-40 Mb，约为人类基因组的1-2％）突变。使用NGS进行测序分析的准确性，取决于目标区域的序列深度或覆盖度，WES通常可以覆盖超过80x的测序深度，WES可更准确检测到SNVs和段的插入片段。另一方面，全基因组测序（WGS）可以覆盖几乎所有的人类基因组序列（大约3 Gb）并可以检测到非编码区域中的突变，结构变异（SVs），拷贝数改变（CNAs）和病毒整合。全基因组测序（WGS）检测的更加综合全面，适用于分析癌症基因组的整体分析。随着NGS技术和信息学的发展，WGS的成本和劳动力正在迅速下降，它正在成为人类和癌症基因组分析的核心技术。

许多基因组研究试图阐明肝癌的分子变化情况。该方向的研究包含p53 /细胞周期途径（TP53和CDKN2A）和Wnt途径（CTNNB1和AXIN1），全基因组拷贝数分析还鉴定一些区域的扩增和缺失，如MYC和CCND1的扩增和CDKN2A的缺失区域。基于NGS的肝癌基因组测序研究可准确地识别体细胞突变基因（表见表1）

表1.肝癌体体细胞突变