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液体活检-

2016-11-5 00:22| 编辑: 小桔灯网| 查看: 2051| 评论: 0|来源: 基因姑娘GeneGirl

摘要: 说到血液,你会想起什么?医院!(小编最怕去的地方除了鬼屋就是医院)血常规检查、各种生化检查啊还有很多专项检测可以招呼想了解健康更多你的血液可以把你卖个底朝天。如果不缺money,来个全基因组的测序,连你老 ...
说到血液,你会想起什么?
医院!
(小编最怕去的地方除了鬼屋就是医院)
血常规检查、各种生化检查啊
还有很多专项检测可以招呼
想了解健康更多
你的血液可以把你卖个底朝天。
如果不缺money,
来个全基因组的测序,
连你老祖宗是哪的都能挖出来。。。

现在,如果告诉你,通过血液还能检测肿瘤,你是更鸡冻还是更鸡冻呢?
没错!这阵风已经刮了不短时间了,你怎能不知它——肿瘤液体活检!

肿瘤液体活检
医生想要了解肿瘤,可以扫描相关区域、采集组织活检,或监控血液的标志物,如PSA或CA125。但是,这些都不太理想:成像的分辨率不高;活检是侵入性的,有一定的风险性,难以用于肺部等脆弱的器官;而良好的标志物是少之又少。而活检液体活检的检测方法,可以捕获到肿瘤脱落进入血液的肿瘤细胞(CTC)或DNA(ctDNA),从而替代了从肿瘤本身提取组织(这么腻害,能不大受欢迎吗)。
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ctDNA是什么?
人体血液循环系统中不断流动的携带一定特征(包括突变,缺少,插入,重排,拷贝数异常,甲基化等)来自肿瘤基因组的DNA片段,被称为循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA),含量低,约占整个循环DNA的1%,甚至只有0.01%。

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ctDNA来源:
  • 来自于坏死的肿瘤细胞;
  • 来自于凋亡的肿瘤细胞;
  • 循环肿瘤细胞;
  • 来自于肿瘤细胞分泌的外排体。


ctDNA有多火?
近年ctDNA相关发表文章数(pubmed数据库)。

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ctDNA检测原理
由于肿瘤特异性的ctDNA并不存在于正常细胞中,他们为癌症检测提供了一种十分敏感和特异的方法,临床应用的可行性甚至超越CTCs。于是在假阴性率高和难以深度分析的CTCs面前,ct DNA无疑是满满一碗“鸡血”啊
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ctDNA片段大小通常为160-180 bp,在血液中半衰期2小时,携带有SNP(点突变)、InDel(插入缺失)、CNV(拷贝数)、fusion(融合基因)等突变信息,在人体血液循环系统中不断流动,可实时反映肿瘤患者当前信息。

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(注释:肿瘤组织的细胞脱落,会进入血液系统中,通过捕获这些游离的ct DNA片断,我们可判断肿瘤的分子分型,从而对症下药。)

ct DNA检测的技术

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(注:Sanger sequencing: Sanger 测序; Pyrosequencing: 焦磷酸测序;ARMS: 突变扩增阻滞系统;Beaming: 数字PCR-流式技术;PAP:焦磷酸解激活的聚合反应法)

癌症个体化深度测序 (CAPP-Seq)

除了以上方法,来自Stanford医学院的科学家研究出一种检测ctDNA的方法,具有高敏感性,他们将这种方法命名为CAPP-Seq(深度测序肿瘤个体化建档法,cancer personalized profiling by deep sequencing)。

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该方法利用定制化的突变位点库作为”筛选器”,对样本进行靶向捕获后再进行超深度测序(可达到10000X),其对肿瘤的ctDNA检测灵敏度更高,特异性更强,与全外显子测序等相比经济可行。

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研究者从肿瘤基因突变数据库(COSMIC)等来源找复发突变相关的外显子,再从肿瘤基因图谱库的407位NSCLC患者全基因组测序结果筛选,Selector 区域有139个基因的521个外显子和13个内含子,约125K,占人基因组的0.004%;StageI  检出率50%;Stage II-IV  检出率100%;特异性可达到96%;突变检出率0.02%。

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研究者更进一步探究后发现,用CAPP-Seq测定的ctDNA的水平和肿瘤体积(肿瘤体积用CT和PET评估测定)之间存在显著相关性(p=0.0002,R2=0.89)。



然而,在前段时间发表在Science Translational Medicine期刊上的有关II期结肠癌的研究,则表明基于检测血液中ct DNA片段能够准确地预测小部分---并不是所有---早期结肠癌患者癌症复发的可能性

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在这篇paper中,230名结肠癌患者当中,20人的血液中存在结肠癌相关DNA片段,包括14名未接受附加的化疗,而6人接受了。在这14人当中,在研究期间,通过CT扫描,11人发生癌症复发。在这接受化疗的6人当中,有3人在研究期间经历癌症复发。另外,还有14人经历癌症复发,但是血液基因测试结果表明这些人不存在结肠癌相关DNA。
悬而未决的问题

近年来ctDNA的检测方法层出不穷,利用突变标志或者基因重排等来检测ctDNA都是近几年来的新突破,越来越多的学者致力于ctDNA检测的研究。尽管ctDNA研究越来越热,在真正走入临床,还是有很大的困境(就像CTCs的百年历史,也未能发挥实质性的作用)!

  • ctDNA是否能真实反映癌症的特征?(即使检测到的突变,是否就能说明已患肿瘤?是否造成医生过于依赖这项技术?)
  • 转移瘤是否和原发瘤释放同样多的DNA?
  • ctDNA提供的信息是否真的能够挽救患者生命或者提高他们的生活质量呢?(只能够实施监控肿瘤是远远不够的)
  • ctDNA在不同的肿瘤类型、分期和患者中的普遍程度如何?(即使检测到ctDNA,也无法追踪是体内哪里产生的)



后记:
我们的科学家,就像一支不知疲倦的侦察奇兵,即便只是肿瘤细胞路过的遗落信息甚至死亡的残骸,也要探寻出变异密码。ctDNA可能一时半会儿还无法决定癌症的治疗,不过它仍不失为一个宝贵的研究工具。面对ctDNA这股旋风,也算是一盏明灯,给予我们寻找答案的期望。(期待在不太远的将来,再次说起肿瘤,小编能微微一笑:切,再也不怕你了!)
(注:小编不是专业的,如果对此的认识有不对的地方,还望指出,小编会好好学!)

 
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