新技术快速锁定临床样本中的病原体

丹麦的一组研究人员开发出一种新技术，能够更快地鉴定临床样本中的病原体，从而有望缩短诊断时间，并改善疾病的控制和治疗。这项研究成果发表在《Journal of Clinical Microbiology》在线版上。

近年来，全基因组测序（WGS）已逐渐成为临床微生物学中的一个常规工具。2011年德国爆发大肠杆菌疫情时，新一代测序仪就立下了汗马功劳。测序技术若能直接应用到临床样本上，将进一步缩短诊断时间，并改善疾病的控制和治疗。然而，主要的瓶颈在于是否有快速而可靠的生物信息学工具。

在这项研究中，荷兰科技大学等机构的研究人员直接对临床样本（尿液）使用全基因组测序，来鉴定引起尿路感染的细菌。利用新开发的分析工具，在短短18个小时的时间内，他们就锁定了“罪魁祸首”，鉴定出病原体的抗生素敏感模式，并确定了具体的菌株。

文章的通讯作者、荷兰科技大学的Frank M. Aarestrup谈道：“利用传统的方法，这可能需要几天甚至几周，在培养的细菌上使用全基因组测序也要多花一天的时间。”

他们的工作将帮助患者更快地治愈，避免不必要的长期患病，甚至死亡。这也有助于预防医院获得性疾病的爆发，并确定新出现的感染。

Aarestrup表示：“病原体以及抗生素耐药性的快速鉴定对于选择正确的治疗方案非常重要。若选择了错误的抗生素，将会导致更长时间的感染，在最坏的情况下，会导致患者死亡。”

研究人员还在患者样本中鉴定出之前用传统技术未检测到的细菌，包括乳酸杆菌、 阴道加德纳菌、普雷沃氏菌等。它们都与尿路感染相关，但在生殖道中究竟是病原体还是正常菌群，目前还不太清楚。

对于反复感染的患者，鉴定其体内菌株的能力让医生能了解感染是新发，还是复发。另外，对细菌菌株的分型能够快速比较不同患者中的细菌，这样医生就能检测医院内的感染传播，并确定新出现的感染。

研究人员认为，对于大多数临床微生物实验室而言，全基因组测序还是过于昂贵。不过他们预测，价格的迅速下跌和自动化将使其成为医院内外感染检测和控制中的标准技术。

原文检索

Rapid whole genome sequencing for the detection and characterization of microorganisms directly from clinical samples

Published ahead of print 30 October 2013, doi: 10.1128/JCM.02452-13