国家首部mNGS应用指南正式发布！

2026年4月14日，由中国医学装备协会基因检测分会、医疗辅助技术（医学检验）国家临床医学研究中心和中华医学会检验医学分会临床微生物学组三大权威机构联合制定的我国首部mNGS临床实验室规范化应用指南正式发布。

该指南的出台，为临床实验室规范开展mNGS检测提供了系统、全面的指导，标志着我国mNGS临床检测从“多点探索、百花齐放”的共识阶段，进入了“统一框架、规范发展”的指南新阶段。

推荐意见 1：临床实验室开展的 mNGS 检测项目需有明确的临床预期用途。预期用途应至少包括以下信息：疾病类型或症候群、标本类型、适用人群、检测病原体核酸类型（DNA、RNA 或两者皆有）以及临床意义（如提供补充病原学证据以辅助诊断）。（建议）

推荐意见 2：实验室应根据开展的 mNGS 项目类型的数量、“湿实验”技术流程和工作量大小进行分区设置，并保证有效通风，以降低环境微生物和扩增产物污染风险。实验室工作应按照单一流向进行，建立并执行物品专用、外来人员准入制度和实验前后的清洁程序。不推荐 mNGS 实验室与病原体常规分子检测（如实时荧光PCR）共用区域，如果特殊情况下确需共用区域（如共用试剂准备区、标本制备区），各区域工作及管理均需参照本指南mNGS实验室工作原则要求进行。（建议）

推荐意见 3：实验室人员应参加省级以上卫生行政部门指定机构，依据《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》（卫办医政发〔2010〕194号）组织的可满足 mNGS 检测人员上岗要求的技术培训，以及mNGS检测相关制度化内部培训并考核通过，确认能力满足要求后，方可从事 mNGS 临床检测工作。（建议）

推荐意见 4：实验室应配备满足 mNGS 检测项目所需的仪器设备。实验室应建立仪器使用、维护和校准程序，并在日常工作中按照程序进行日常维护和定期校准，以保证仪器设备的正常有效运行。仪器使用程序应包括每次实验完成后仪器的清洁程序，从而最大程度降低因仪器清洁不到位所致的污染风险。（建议）

推荐意见 5：“湿实验”过程涉及的试剂、标本采集和“湿实验”过程涉及的耗材应有严格的背景微生物（或其核酸片段）的控制措施。每批次试剂均需进行背景微生物（或其核酸片段）的确认。实验室应建立“干实验”过程中生物信息学分析软件更新程序。实验室应明确数据库的基本信息（如数据来源、数据纳入标准、公共数据库版本等），原则上非必要不更新。更新后的分析软件、流程和数据库需验证通过后方可使用。（建议）

推荐意见6：实验室应根据预期用途在SOPs中明确建议何种情况下使用mNGS检测，并与临床进行必要的沟通。推荐实验室建立与常规方法相结合的临床检验路径。实验室应具有固定的检测流程，包括但不限于分析前（检验申请、标本采集、运输、接收和保存）、分析中（标本处理、核酸提取、文库构建、测序、生物信息学分析，特别是不同类别病原体的cut‑off值建立）和分析后（结果报告与解释、检测后标本的保存与销毁、数据存储）各环节程序及质量值要求（如适用），并建立涵盖mNGS检测全流程的质量控制程序。（建议）

推荐意见 7：实验室应特别注意控制标本采集、运输过程中的微生物污染。推荐尽可能在洁净区域采集标本，使用无菌、去核酸处理的标本采集管，采集过程中无菌操作，采集后应立即密封并采用一次性密封袋封装标本采集管等。实验室应规定标本的运输要求和质量要求，并建立标本的质检程序，对不符合质量要求的标本，应制定相应的处理程序。实验室应根据标本可稳定保存的条件，规定标本采集后、预处理后（如适用）、标本送达实验室后至检测前的保存温度和最长时间等。（建议）

推荐意见 8：实验室应建立“湿实验”流程的SOPs，至少包括去宿主核酸（如适用）、核酸提取、文库制备（含文库扩增）和测序等环节。实验室应建立各环节的质量值要求和测定方法，并在日常检测中对质量值进行监测。（建议）

推荐意见 9：实验室应建立覆盖原始数据质控、宿主序列过滤和物种注释等环节的“干实验”SOPs。SOPs至少包括分析软件、软件版本、软件参数设置、数据库以及原始数据质控、宿主序列过滤和物种注释各环节的质量值要求。（建议）

推荐意见 10：实验室应使用具有阳性判断值的 mNGS，以用于判定病原体核酸的定性结果。实验室可根据不同类型的病原体、不同病原体特征和不同标本类型分别设定阳性判断值。实验室应建立覆盖标本采集至检测全过程的背景微生物数据库（或外源微生物列表），从而用其排除来自外源引入而非临床标本中的微生物（或核酸）的结果。实验室进行mNGS结果判读应遵循的原则为：首先根据阳性判断值判定病原体核酸的定性结果，然后排除其中来自外源引入而非临床标本中的病原体（或核酸）的结果后，给出最终的检测结果。（建议）

推荐意见 11：临床标本难以大量获得时，可使用基于模拟样本的mNGS参考物质，特别适用于方法的分析性能确认、室内质量控制和室间质量评价。参考物质应具有良好的均匀性、稳定性和互通性，可监测检测全过程（含核酸提取），具有与临床标本相同或相近的基质和特征，具有明确的病原体（或核酸）及浓度。推荐采用计算机模拟数据或经过充分验证的数据集作为“干实验”参考物质。（建议）

推荐意见 12：实验室可根据预期用途中涵盖的病原体（如DNA病毒、RNA病毒、革兰阳性菌、革兰阴性菌、真菌、寄生虫）和耐药基因（如适用），对每一种类型的病原体选择代表性的菌株/病毒株进行性能确认。分析性能指标主要包括精密度（重复性和重现性）、分析灵敏度、分析特异性、准确度和交叉污染等。当存在以下3种情况时，性能确认采用的样本数量可适当简化：（1）mNGS 仅作为补充检测；（2）mNGS 检测流程曾进行过完整的性能确认；（3）mNGS 检测阳性结果均采用另一种方法确认。（建议）

推荐意见 13：实验室应通过阳性质控品、阴性质控品、设置内参和标签的方式进行室内质量控制。实验室应定期监测外源微生物污染水平。特别是实验室检出背景微生物数据库以外的致病病原体时，必须明确污染来源，并通过相应措施（如清洁采样环境、清洁实验室、加强无菌操作、更换试剂等）消除病原体污染。（建议）

推荐意见 14：实验室应通过定期参加 EQA/PT 或外部实验室室间比对来评价实验室检测能力、发现问题，并采取措施加以改进。（建议）

推荐意见 15：结果报告内容至少包括患者基本信息、标本信息、检测信息、实验室信息和结果信息。结果信息包括：①病原体检出情况，即检出的病原体名称。如临床确有需求，实验室可根据标本类型（无菌、有菌）等，对检出的病原体提供必要的微生物学信息（如常见定植菌等）；②可代表病原体丰度水平的参数（如每百万测序 reads 中匹配到该微生物的reads数量）；③耐药基因（如适用）。不推荐常规报告检测过程的参数（如测序深度等）。如临床确有需求，建议实验室在与临床医师充分沟通后，作为报告的补充信息提供。mNGS检出的病原体结果不代表临床致病病原体，需进行结果解释。结果解释需结合临床并考虑方法的局限性，必要时可进一步检测。（建议）