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    12万字，37篇行业原创 | 菌小姐2025年度回顾与同行记录

    2026-1-8 10:20| 编辑: 沙糖桔| 查看: 1363| 评论: 0|来源: 菌小姐

    摘要: 2025年度回顾


    自今年4月24日发布第一篇《tNGS技术路线选择的黑与白》，菌小姐今年发布文章37篇原创文章，累计字数近12万字。这中间诸多假期将看手机刷视频的日常转成了奋笔疾书；与文字为友，痛苦与心流并存。很多个深夜文思泉源，在焦虑、疲劳之中变成一篇篇观点输出。

    不敢说多么伟大，但也是个人成长过程中的重要转变与努力成果。年度回顾系列文章，感之慨之。感谢那些曾在写作路上表达鼓励的你们，也算是给2025交了一份满意的答卷。本章系统性回顾分类既往文章，愿2026年菌小姐，秉持真实、利他的初心，继续乘风破浪。

    一、病原NGS技术与临床解读系列

    1.《mNGS报告解读那些事儿（1）：怎么报？打通检验与临床的六字箴言》
    核心点： 提出“关注、区分、排除”六字箴言，强调取样与送检是准确解读的基石。

    2.《mNGS报告解读那些事儿（2）：阳性报告如何解读？》
    核心点： 提出“定性（高致病）、定量（条件致病）、定药（耐药毒力）”三步走策略。

    3.《mNGS报告解读那些事儿（3）：阴性报告如何解读？》
    核心点：提出“探微（微生物组）、溯源（标本流程）、批判（方法局限）、肯定（阴性价值）”四步法，挖掘阴性报告背后的线索。

    4.mNGS报告解读那些事儿（4）：“含泪控诉”mNGS的假阴迷局》
    核心点： 直面mNGS漏检现实，剖析检测限、宿主干扰等技术局限。

    5.《争议话题：病原NGS耐药基因检测到底得唔得？》
    核心点： 探讨耐药基因检测的“局限”与“高光”时刻，强调基因型与表型一致性的重要性。

    6.《mNGS与tNGS原始列表，您用对了吗？》
    核心点： 辩证分析查询原始列表的获益与风险，警惕过度解读背景菌。

    7.《真实世界感染病原谱原来是这样——细数mNGS打破检验与临床认知那些事儿（一）》
    核心点： 聚焦鹦鹉热衣原体、惠普尔养障体、耶氏肺孢子菌，讲述mNGS如何让罕见病变常见。

    8.《病原体也玩跨界?细数mNGS打破检验与临床认知的那些事儿（二）》
    核心点： 揭示泌尿生殖道病原体（如解脲支原体）致肺炎、口腔厌氧菌致脑脓肿等“跨界”感染现象。

    9.《mNGS带火的病原体，注册报证不能少了它？》
    核心点： 深度剖析诺卡菌的检测现状，mNGS如何揭示其多样性及免疫正常人群感染风险。

    10.《谁才是真凶？mNGS揭秘被长期误判的伊丽莎白金菌》
    核心点： 揭示按蚊伊丽莎白金菌的“上位史”，警惕质谱误判与碳青霉烯天然耐药，强调mNGS在纠正传统鉴定偏差中的价值。

    二、病原NGS阈值设定系列

    1.《mNGS的阈值（cut-off）是多少？》
    核心点： 揭示“阈值”并非固定数字，而是多参数综合考虑下结果，强调因“菌”而异。

    2.《扩增子tNGS的阈值（cut-off）是多少？》 
    核心点： 针对扩增子技术易污染的特性，探讨其比mNGS更高的阈值设定逻辑。

    3.《参会分享| mNGS cut-off值设定现状与思考（上）》
    核心点： 厘清Cut-off值的IVD定义（ROC曲线/Youden指数），指出mNGS阈值设定无法区分定植与感染。

    4.《参会分享| mNGS cut-off值设定现状与未来（下）》
    核心点： 探讨金标准的广义化（复合参考标准），提出基于代表性病原体设定阈值的策略。

    三、tNGS技术路线大辩论（黑与白系列）

    1.《tNGS技术路线选择的黑与白（一）》
    核心点： 宏观对比探针捕获与扩增子路线在成本、灵敏度、特异性上的差异。

    2.《探针与引物区别几何？tNGS技术路线选择的黑与白（二）》
    核心点： 用“鱼饵”比喻，深度解析引物（严丝合缝）与探针（兼容捕获）的底层原理差异。

    3.《序列数背后的真相：差异有辣么大？tNGS技术路线选择的黑与白（三）》
    核心点： 提出“序列多样性”概念，解释为何扩增子的序列数“虚高”而探针捕获“含金量”更高。

    4.《争议话题：病原NGS到底要多少数据量？tNGS技术选择的黑与白（四）》
    核心点： 厘清测序数据量（Reads）概念，探讨mNGS 20M标准的由来与tNGS相较低数据量的合理性。

    四、病原NGS的IVD诊断视角

    1.《原来是这么回事！浅谈mNGS报告解读与贝叶斯算法》
    核心点： 用生活案例科普贝叶斯，建立动态更新的诊断概率思维。

    2.再谈贝叶斯（上）: 患病与否，为什么mNGS/tNGS阳性说了不算？》
    核心点： 深入探讨先验概率对PPV的影响，论证单一检测结果的局限性。

    3.《IVD术语辨析| 病原NGS检测：该说性能确认还是性能验证？》
    核心点： 辨析“确认（Validation，开荒）”与“验证（Verification，守成）”的区别，明确LDT/HDT模式下应进行性能确认，并厘清“标本（Specimen）”与“样品（Sample）”的规范用法。

    4.《IVD术语辨析| 复测VS重测，cut-off值VS参考区间，病原NGS该用什么词？》
    核心点： 区分复检与重测，用于定性试剂的cut-off值以及定量试剂的参考区间，指出病原NGS应该使用复检和cut-off值专业术语。

    5.《薛定谔的低序列| 为何它让人心里打鼓，不敢轻信？（上）》
    核心点： 引入“泊松分布”和“LoD（95%概率）”理论，科学解释低序列复检波动的物理必然性，提出“验证悖论”（PCR难验NGS低序列）。

    6.《薛定谔的低序列| 测不准、不理解的低序列如何破解？（下）》
    核心点：提出破解低序列困境的“五把钥匙”（序列、流程、方法、组合、临床确认），强调多维度证据互证的重要性。

    五、行业发展与共识

    1.《回望mNGS十年发展史—技术篇》
    核心点： 将行业划分为“独领风骚”、“高歌猛进”、“IVD转型”三个阶段，梳理技术与商业模式的演变。

    2.《最新大全 | mNGS与tNGS共识全到碗里来~》
    核心点： 最新共识病原NGS共识索引，涵盖16篇mNGS专项共识及最新tNGS共识速读。

    3.《向左还是向右？最新tNGS共识解读与思考》
    核心点： 解读最新tNGS共识，探讨探针捕获技术的终极定位——是趋向mNGS还是tNGS？。

    4.《浅谈生物信息分析进展 | 最新mNGS共识解读（上）》
    核心点： 解读生信共识，关注数据库构建、泛基因组及相对丰度等关键指标的最新标准。

    5.《检验科如何进行报告解读？| 最新mNGS共识解读（下）》
    核心点： 基于共识，详解如何区分“绝对致病”与“定植”，以及同属多病原的报告策略。

    六、病原NGS干湿实验技术细节剖析

    1.《一文吃透mNGS去宿主的得与失》
    核心点： 详述差异裂解、滤膜等去宿主原理，探讨RNA流程去宿主的必要性及对检测灵敏度的影响。

    2.《背后的故事| 病原NGS江湖之管窥【测序仪】》
    核心点：梳理国产与进口测序平台演变，解析标签跳跃（Index Hopping）与残留污染（Carry Over）等测序仪特有质控问题。

    3.《学习笔记|两大主流测序平台原理的同与不同》
    核心点： 深度对比Illumina（桥式PCR/指数扩增）与MGI（滚环扩增/线性扩增）的底层原理，解析其对Index Hopping（标签跳跃）及测序时长的影响。

    4.《学习笔记| 测序前为什么要进行文库构建?》
    核心点： 科普文库的“两端接头+中间片段”结构，阐述建库在片段筛选、适配测序仪及多重测序（降低成本）中的核心作用。

    5.《学习笔记| m和t同样都要经历PCR，为何扩增子tNGS对气溶胶污染尤为敏感？》
    核心点： 剖析扩增子tNGS“特异性引物有偏放大”与“标签引入滞后”的原理，解释为何其比mNGS更易受微量气溶胶干扰。

    6.《技术贴 | 一张测序芯片，能同时跑“病原”和“肿瘤”吗？》
    核心点： 分析跨界拼车的风险（Index Hopping、数据产出不均），指出病原（SE50/快速）与肿瘤（PE150/慢速）在测序策略与时效性上的根本冲突。

    七、趣味系列

    1.《我和AI一起，写了一段mNGS和tNGS行业【脱口秀】》
    核心点： 用幽默的笔触吐槽行业痛点（如气溶胶污染、结果甩锅），笑中带泪的行业自画像。

    2.《警惕AI幻觉：我的AI初步使用心得》
    核心点： 分享AI辅助写作的经验，警惕AI在专业领域的“一本正经胡说八道”。



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