最近有人和我讨论，现在高通量测序这么便宜。为啥还需要做捕获测序呢，如液相芯片测序，PCR扩增子测序。是的，目前单个样本测序是很便宜，如华大平台的1G测序成本10-15元；illumina的测序成本在25-30元左右。如果测一个水稻基因组（400M），按照10X覆盖来算，也就只需要测序4-5G，测序成本也就100多（这里只谈论测序成本，不讨论其他的）。但是，我们需要思考一些使用的具体情况。 对于低频或超低频的突变检测，我们需要的位点测序深度会更高。如中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）建议血浆cfDNA标本的NGS有效测序深度应达到1000×以上，并应在80%以上的目标区域达到这个深度。如果采用全基因建库测序，让位点覆盖度达到1000X，那测序成本也会很高。如下图所示，按照需要达到的灵敏度，测序深度应该不能低于1500X。因此，对于高深度测序需求的，靶向测序才是性价比最高的解决方案。另外一方面，就是背景干扰严重的。如病原检测，大部分背景都是人源基因组，如果采用全基因组建库测序，大部分都是人的，而真的是我们需要的病原的数据，很少。而靶向富集病原，则可以很大程度上减少测序数据量，减少成本。
最重要的是，大规模群体筛查，1个样本全基因组测序花费100，如果是100个，1000个，甚至1万个呢。无疑靶向测序是减少成本的最佳方案。因此也就出现了MNP等方法。
还有最重要的一点，生信分析时间和数据储存的费用。这些花费也是巨大的，因此，靶向测序的发展，在短期内还是十分重要的，是必须要发展的技术。无法通过压缩测序价格，来替代靶向测序。而现在，真的实际情况是，很多人就连靶向测序都嫌贵。测序方向的产品研发和探索，还有很长的路要走。
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