mNGS在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专家共识（2023）

共识1：感染是血液病患者常见的并发症，当疑似感染发生时，应首先选择传统微生物学检测，仅在特殊情境下谨慎选择病原mNGS检测。

图1：血液病患者病原宏基因组二代测序（mNGS）送检流程图

1、中性粒细胞缺乏（粒缺）伴发热

共识2：低危且无明显感染灶的患者，如经验抗菌药物治疗≥7 d未明显好转可考虑在送检血培养的同时送检外周血标本mNGS；高危患者初始经验性治疗72~96 h无效时，推荐送检传统微生物学检测的同时送检血液mNGS。

2、血流感染（BSI）

共识3：疑似BSI患者，在留取血培养标本的同时留取血浆样本，于-80 ℃暂存；如72 h内血培养阴性且抗感染治疗无改善的患者，推荐将留存样本进行mNGS。疑似脓毒症的重症患者，建议送检血培养同时送检血mNGS。

3、下呼吸道感染

共识4：下呼吸道感染患者首选支气管肺泡灌洗液（BALF）送检传统微生物学检测，难以进行支气管肺泡灌洗的患者，可以选择深部痰进行检测，并同时留取标本冻存。如抗感染治疗≥72 h感染症状无好转或影像学表现持续加重的患者，建议送检留存标本行mNGS检测。如为重症下呼吸道感染或有快速进展为重症的危险因素患者，建议同时送检传统微生物学检测及mNGS。

4、中枢神经系统感染（CNSI）

共识5：疑似CNSI，推荐脑脊液在送检传统微生物学检测的同时送检mNGS，在流程上建议选择DNA检测，仅在考虑RNA病毒感染时完善RNA检测流程。

5、肠道或腹腔感染

共识6：疑似肠道感染患者推荐首选传统微生物学检测，粪便样本病原mNGS检测可作为补充。疑似腹腔感染，首选感染部位样本送检，如不能获得感染部位样本可选择血液样本送检，但检出性能有限，不作为常规推荐。

6、皮肤软组织感染

共识7：推荐对累及深部或播散性的皮肤软组织感染患者，在完善感染部位标本传统微生物学检测的同时送检mNGS，如不能获得感染灶局部样本，可选择外周血。

7、泌尿系统感染

共识8：对于复杂性泌尿系统感染、移植后泌尿系统感染在完善传统微生物学检测后不能获得病原学证据或治疗不佳的患者可尝试尿液mNGS。

共识9：对于病原mNGS检测样本，应首选从感染部位直接采集，若无法采集可考虑外周血标本送检。

推荐首选病变部位穿刺或手术采样，如不能获得该类样本，在选择邻近部位样本时应尽量减少正常菌群和定植菌的干扰。在样本采集后应尽快转运至实验室进行检测，以减少核酸降解。不同样本采集及注意事项见 表1 。多种感染类型血液中病原载量均低于感染部位样本，所以仅推荐血液作为替代样本送检。对于无明显感染灶、感染部位样本取材困难、经临床及实验室评估存在病原和（或）核酸入血的情况可进行血液mNGS。mNGS检测结果依赖于标本质量，标本采集与运输中应严格执行无菌操作与尽快转运原则。液体样本一般送检第二管以减少穿刺部位皮肤定植菌干扰。

表1：宏基因组二代测序（mNGS）感染标本送检类型及注意事项

共识10：致病性明确且罕见定植的微生物，低序列检出也应考虑其为致病菌可能。

图2：不同微生物在血液病患者常见临床样本中检出的临床价值判断（注　/：该类感染未见报道或该病原罕见检出；±：定植或无明确致病意义；+：条件致病菌，可为感染病原同时也可存在无症状检出，建议结合临床与传统检测共同参考；++：条件致病菌，多数检出为感染病原；+++：检出应高度考虑是致病病原，传统微生物检测阴性不能除外感染。a多数凝固酶阴性葡萄球菌可为定植菌或背景菌，少数除外（如路邓葡萄球菌）；b EBV引起的肺炎罕见，造血干细胞移植后EBV检出可与罕见的肺部淋巴组织增生性疾病有关）

共识11：无菌采集获得的样本检出病原，应结合临床考虑致病微生物的可能，但需注意排除定植。

对于外周血、组织、脑脊液、胸腹水及其他穿刺液等正常无菌样本，mNGS检出的细菌与真菌应结合当地感染流行病学、患者感染部位及定植情况考虑其是否为致病病原。样本中单一高序列细菌或真菌检出往往代表其是致病微生物可能性较高，而对于多种微生物检出，其解读应结合检出病原的常见定植部位及可能的微生物或其核酸的入血途径进行判断。例如，肠道或腹腔感染时，肠道黏膜屏障的破坏可引起多种肠道微生物（或其核酸）入血，血液mNGS可出现多种微生物检出的可能，一方面不能除外发生混合病原BSI，另一方面也可能仅为核酸入血。

共识12：外周血样本mNGS报告中DNA类病毒检出常见，并非均为感染病原。

共识13：非无菌样本的结果应结合临床、标本类型、传统微生物学检测结果共同判断。

共识14：耐药基因的检出，应在充分考虑基因型与耐药表型对应性的基础上进行判断。

不同细菌耐药基因与表型的一致性差异较大，部分耐药基因可存在携带而不表达的情况，如铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌染色体携带AmpC基因但其未必表达，AmpC基因检出不等同于耐药；而部分基因一旦检出则应高度考虑耐药的存在，如常见的碳青霉烯类耐药基因。常见耐药基因与表型一致性较高，且属于重点关注的耐药菌及其耐药基因包括：肠杆菌目细菌NDM、KPC基因-碳青霉烯类耐药，blaCTX-M基因-广谱头孢菌素耐药；金黄色葡萄球菌mecA基因-常见β内酰胺类耐药；鲍曼不动杆菌blaOXA-23基因-碳青霉烯耐药；屎肠球菌vanA或vanB基因-万古霉素耐药。

对于非无菌部位样本，如痰液、BALF等，多种微生物检出常见，其耐药基因的检出应考虑与病原的对应情况，例如mecA基因的检出可能出自金黄色葡萄球菌，但也可能来自凝固酶阴性葡萄球菌，需结合病原匹配情况进行解读。同时，值得注意的是，无耐药基因型检出不等于敏感，这往往与检出病原的序列低导至基因覆盖度不够未能检出耐药基因有关。

共识15：病原mNGS检测属于定性检测范畴，序列高低不等同于体内病原载量。

共识16：不推荐将mNGS阴性作为排除感染的标准。

总之，对于血液病患者，病原mNGS通过对样本快速高通量测序，可以获得更全面、相对无偏倚的病原信息，对感染病原诊断起到积极的作用，尤其对传统微生物学检测未覆盖到或检测周期较长、阳性率较低的病原可提高检出率。在临床应用中，考虑到其目前成本仍相对较高，应对检测适应证加以规范和限定，其主要应用领域仍然是急、危、重、难的患者感染诊治，避免过度使用。对于临床感染相关样本应首先完善传统微生物学检测，病理、无菌标本培养仍然是感染诊断的金标准，病原mNGS是对传统微生物学检测的有力补充和延展而非替代。病原mNGS的报告解读应充分评估检出微生物的致病性、流行病学、生物信息学信息，同时在全面结合患者临床特征的基础上进行综合判断。