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嚯,上下游打通,未来NGS检测只需要动动手指?

2023-3-31 17:10| 编辑: 归去来兮| 查看: 1217| 评论: 0|来源: 循因缉药 | 作者:星海领航员

摘要: 业界传闻,做NGS检测,家里没几个靠谱的生信,那基本玩不转。


业界传闻,做NGS检测,家里没几个靠谱的生信,那基本玩不转。

即便转起来,也是磕磕绊绊,困难总比方法多。

而生信,也一直是困扰大多数NGS检测企业的一个顽疾。

没办法,生信生信,既要懂生物学又要懂信息学,一个人拿两份钱,这很合理吧?

而现在,这些NGS检测公司恨不得一毛钱掰成两半花,有多肉疼不用我多说了吧。

那么,现在,它来了。



More than Connected



2022年3月27日,Illumina官方宣布最新开发的基于云端的用于NGS三级分析的套件Connected Insights发布。

该款软件被设计为用于肿瘤测序的三级分析,支持检测包括SNV/indel/CNV/SV/Fusion/splicing,并能够支持包括TMB,MSI和HRD泛癌种biomarker。

通过链接外部数据超过45个以上的数据库,实现对指南、药物、临床试验的数据整合,最终能够提供完整的报告。

Connected Insights的发布算是补全了Illumina下游分析的最后一个环节,允许客户通过测序后DRAGEN平台直接进行二级分析,随后导入Connected Insights进行三级分析。

也就是说,通过动动手指,就可以做完一个完整的生信流程,顺便卷了下医学部的朋友们。



More than Oncology





根据Illumina的规划,能够进行肿瘤的somatic variants的分析支持肿瘤生信流程以外,Connected Insights在未来还将支持包括WGS在内的分析流程,进一步扩展适用范围至罕见病的检测分析。

借华盛顿大学Eric Duncavage教授的话,Illumina的目的是建立一个类微软Office套件的一个应用,实现能打字、点鼠标就能做NGS的三级分析的目标。

目前看来,Illumina除了在前处理自动化布局不忍直视以外,已经初步建立了试剂盒(NIPT系列和TSO系列)、测序仪、分析平台、分析报告套件的整个流程闭环。

而且,应用场景也极有可能突破肿瘤、罕见病这两个场景,未来不排除进入mNGS等其他领域。

这将给NGS检测公司带来2个变化:

首先,降低检测公司/组织的进入门槛,只要负责喂饱Illumina的测序仪,其他你甭管。

比如说最近炒的火热的院内LDT(虽然这货并不在国内发布,也许某一天呢?)。

其次,降低检测公司/组织的创新动力和解决问题能力。

逻辑很简单,以前是Linux上自己打代码,自己做troubleshooting,现在动动鼠标就能搞定,折腾个啥?大不了给Illumina技术支持打个电话嘛。

当然,这也意味着检测公司/组织将更加依赖Illumina,增加了对Illumina的粘性,客观上加上了未来对Illumina的议价能力。




MGI做的如何?





作为Illumina国内直接对标,MGI从样本到数据也实现了全流程的布局。

不过,与Illumina正好相反,MGI的前处理产品让人眼花缭乱。

从最初的核酸提取、文库制备都有自动化的产品。

然而,在三级分析上,MGI的布局就显得拘谨的多。


其ZTRON一体机除了在DNBSEQ-T7和Tx系列产品上进行标配外,确实支持定制化的应用场景。

然而,就公开资料来看,ZTRON系列仍然止步于二级分析,并没有将手伸向三级分析。


通过自带的ZMART应用市场,整合第三方软件是能够串起来很多应用场景,不过也只是串起来,还没有到点点鼠标就能出报告的底部。

这里面推测有3个原因:

  • 第一,为后续推出三级分析软件套件留出生态位;

  • 第二,目前国内市场需求还没有达到开发此类产品的量级,不划算;

  • 第三,希望给志诺维斯、慧算基因等公司留出市场,共同组建生态;

当然,从商业上来讲,很难说哪个更为优秀,也并不排除其实MGI内部已经有了相关产品,只是我没看到。




最后



最后,我们总结一下这个简单的新闻带给我们的一些信息。

  • 第一,Illumina的Connected Insights将大幅度减少检测企业/组织对生信职位的需求;

  • 第二,Connected Insights作为三级分析套件,将从肿瘤领域扩展到罕见病领域,未来并不排除扩展到mNGS等其他领域。

  • 第三,MGI目前并未如此布局,但不能排除已经有内部产品或就是想跟合作伙伴一起建立生态。

巨头在高歌猛进的时候关心的都是大肉,一旦进入内卷阶段那就是整个生态的全面重塑。

留给国内相关企业的时间还有,问题就是还有多久?


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