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炸裂!MGI DNBSEQ-T20X2刷新全球测序仪通量纪录!技术细节全面拆解! ...

2023-2-13 15:04| 编辑: 归去来兮| 查看: 2023| 评论: 0|来源: 循因缉药 | 作者:星海领航员

摘要: 咱就是说,一旦让我们掌握核心技术,还有什么是突破不了的呢?




本以为是巅峰,结果是开始



2023年2月4日,MGI在上海搞了个华大智造国产测序联盟峰会暨T7测序者签约仪式(注1)。

要知道,DNBSEQ-T7作为MGI的旗舰款商业化高通量测序平台,那已经是巅峰之作了。

本来,我以为这已经算是对Illumina Novaseq X系列最终极的反应之一(其他还有反攻美国本土)。



然而,我还是小瞧了MGI,昨天先是一份海报打破了宁静的生活,然后紧接着就是MGI正式发布了全新商业化超高通量测序平台:DNBSEQ-T20X2。

看了看参数,说炸裂一点不为过。

接下来,我们就对DNBSEQ-T20X2进行全面的拆解分析。



测序通量大爆炸



一直以来,测序的通量提升一直是各个厂商孜孜以求的重要指标。

这非常好理解,跟GDP一样,只有累积到一定的量,才能做更多的事情。

而测序通量的提升,往往意味着测序成本的下降。

在2022年Illumina推出Novaseq X/X Plus,用以抗衡大规模测序领域MGI DNBSEQ-T7带来的冲击。

作为一线先发厂商,将测序成本压缩到$2/Gb,使得百美元级别人类基因组成为标配。

而新兴测序仪厂商如Singular、Element、Ultima也纷纷跟进。

人们纷纷摩拳擦掌,向着100美元基因组狂奔。


然而,即便如Illumina的Novaseq X般强大,也只能给出200美元基因组的承诺。

这真的就是NGS测序革命的结束么?

答案显然是否定的,2023年2月7日,MGI正式推出革命性商业化测序平台DNBSEQ-T20X2


从参数上来看,其单张FC(MGI官方称之为slide)能够提供超过40B reads,PE150测序可以提供高达12Tb/FC,72Tb/machine的强大测序通量!

根据目前Illumina公开的信息,Novaseq X Plus最高密度测序芯片也只能提供16Tb的单run产出。

怪不得MGI直接在产品手册里面放了一张图,这里我就不解释了,懂得都懂(注2)。

在测序质量方面,T20X2仍然保持了相当的水准,即便是在PE150的情况下,Q30仍然能达到80%以上。

这是宣传资料上体现的,按照一贯的逻辑,都是有所保守,所以实际可能比这个还要好。




革命性测序技术


DNBSEQ-T20X2是建构在MGI专有的dip-immersion technology(DIP浸没式生化反应)之上。

这个技术,咱们在聊T10的时候提到过,如今MGI公开了更多的技术细节。

那么,我们今天就里面几个细节来聊聊看其中的门道(我觉得的,班门弄斧下)。


1,浸没式生化反应

DIP是通过将测序芯片直接浸没在反应槽中进行生化反应,也就是说每个反应槽中的dNTP是固定的。

一个槽反应完成后,会被移入另外一个反应槽。

这样保证一个循环四种碱基都被延伸一次,然后FC会被拿到Unloading槽进行清洗(猜测),随后通过风切对表面残留液体进行清理,最后放入成像系统,进行成像。

这样,就带来一个显而易见的好处,那就是反应槽每一步消耗的dNTP是极少的,估计消耗的量还不如带出去的残留液体多。

所以,这个试剂成本,想象下就知道有多低了。


2,测序芯片

为了配合DIP技术,T20X2的芯片也是与T10类似,是一种“裸芯片“。

也就是说,基材是暴露在外的,没有用其他材质进行覆盖。

带来的好处就是第一,可以直接与反应槽中的试剂进行反应;

第二,可以直接嫁接测序组件,不存在覆盖层的光学折射问题。

FC的尺寸达到了惊人的140mmX140mm,只比A4纸的一半略小。

这种芯片尺寸的增加,对于测序通量的提高是显而易见的。

另外,就我个人不成熟的理解,其pattern mirco-well在同等数量的情况下物理间距会增大,这样其成像过程中的信号串扰会更小,最终的结果就是测序质量的提高。


3,成像系统

T20X2的成像系统被称为Ultra-High-Resolution Water Immersion Objective。

从视频中(注3)可以发现,其超大的尺寸,推断MGI应该是对成像系统进行了较大的改造升级。

从其宣传视频中可以发现,T20X2应该是使用了MGI当家的双色荧光测序技术(MGI专利),能够高效的进行碱基识别,同时将光学、计算资源和带宽成本大幅度压缩。

当然,这看起来是四通道的技术是咋实现的还真得问MGI,这里只能是推测了。



巨大的应用潜力



正如之前提到的低成本的测序技术,使得技术使用门槛急剧降低。

这对NGS技术的广泛应用奠定了基础,而DNBSEQ-T20X2当之无愧的拥有一席之地。

当然,仅仅是便宜,还不足以彰显DNBSEQ-T20X2巨大的应用潜力。


也许大家还记得这张震撼的Stereo-seq的图,其对空间组学庞大而精细的描绘带来无与伦比的丰富信息。

而DNBSEQ-T20X2的商业化发布,将意味着Stereo-seq的商业化更进一步。

未来,DNBSEQ-T20X2不仅仅是解锁每年50000个人全基因组的测序,还可能带来无穷的空间生物学降维打击成果。

这,当然还不是终极。


在资料中,MGI指出不同的FC(slide)可以运行不同的测序应用,简单的讲就是你FC1运行PE100跟我FC2运行PE150并行不悖。

好家伙。。。这真是把异步运行玩的6666啊。

我甚至怀疑DNBSEQ-T20X2的终极是流水线式的结构,在每个槽都加装成像部件,减少机械运动时间,大幅度提高测序效率。

嗯,我就想想,MGI负责实现吧。


总结



好,让我们总结下这款测序仪产品。

可以用一人成军来形容这款产品,年50000例人全基因组的通量足以形成碾压优势。

而通过使用DIP浸没式生化技术,得以将测序成本再压缩,甚至用MGI自己的话说式”sub $100 Genome”。

咱就是说,一旦让我们掌握核心技术,还有什么是突破不了的呢?


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