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致敬丨基因测序“新品爆发”的2022年

2022-11-24 10:31| 编辑: 归去来兮| 查看: 1737| 评论: 0|来源: o高深o的基因世界 | 作者:o高深o

摘要: 一直以来我都是比较关注上游设备的,所以先简单总结一下


近期先是看到有杭州的第八届NGS组学创新开发者大会在线上线下召开。然后又看到业内宝藏公众号“基因江湖”(ID:GeneJH),这会就已经给总结出了“基因测序圈:2022年10大年度关键词”,看到下面这张图,




新品爆发”!说得好像真是很对啊。从年初到现在,一直都陆续地看到各种新老玩家在发布测序相关产品。真是有感而发,所以晚上想到写一下。


2022测序仪新品盘点


一直以来我都是比较关注上游设备的,所以先简单总结一下,2022年国内外厂家都发布过哪些型号测序仪,以及哪些厂家的测序仪在今年获得中国药监局(NMPA)的医疗器械注册证。纳入统计范围的设备包括一代毛细管电泳测序,二代高通量测序,三代单分子测序以及四代纳米孔测序等设备。

请看下面两张图:

以上表格按产品发布时间和获得NMPA注册证时间先后顺序排列。如有错漏,欢迎私信我好改正或补充。谢谢大家。


讲到这里,我得再次强调:在测序仪领域里,没有什么“新一代一定超过前一代”的说法,这些不同代际的测序仪只是因为技术路线不同(叫作不同代也是行业内的惯例而已),各有各的特点,适合不同应用场景而已。否则,现在市场上应该就只有某一代的测序仪能够“存活了吧。但事实并非如此。


从上面两张图可以看出,二代高通量测序跟别的测序仪相比,还是要热闹一些的。这跟二代测序仪相关应用较多,发展起来时间足够长,进场玩家也较多有关。


聊聊中外两家新玩家


新进场玩家真的很多,在这两天杭州的会上,就有来自美国的Element bioscience 和国内深圳的赛陆医疗两家过来给自家新品打call。


上几张会里秀的slides,这几张看着比较有感觉,而且觉得有关键信息,所以发出来给大家感受一下。

从Element的ppt可以看到除了基本参数外,测序质量能达到>80%的Q40(即保证99.99%碱基准确率),还可以兼容长达5Kb的读长。这些都的确足以吊人胃口!

但因为其测序芯片有点“起步价太高”(每张芯片产生reads数1B=1000M),可能也会吓退不少想开机的用户,毕竟如果不是做WGS样本,凑满样一起测还是要有点小难度的。

反观赛陆这边,这家自己总结的“快速、准确、灵活”的特点,倒是真的蛮符合想开机的客户的愿望的。


其芯片从最小的80M可以跳涨到1000M(中间一共有三或四种不同Reads数的芯片选择,好像也是市面上少有的)。这机器也是双测序载片的设置(与illumina NovaSeq X、Element AVITI、 MGI的MGISEQ-2000 & G99、真迈GenoLab M等类似),那么其下机数据量跨度范围真的很广啊,加上两个测序芯片的不同选择,可以独立运行,随来随做,确实足够灵活


快速,是有上面一张图支持的,据说有快速模式,SE50、SE75的测序时间在5、6小时左右。这对于需要短读长的NIPT、宏基因组等应用场景,真的非常合适。

准确,该厂家列了很多跟国际知名品牌友商的数据对比,因为数据很多,就不一一列了。据他们对比的结论就是,数据无明显差异,该看到的突变也都看到了,看不到的,大家也都看不到。


最后提一嘴,据赛陆创始人的说法,他们仪器的国产化程度比较高,除了硬件外,关键的测序化学体系中的测序酶、荧光染料等关键原料,也都是自己研发自己造的,这听起来真的很神奇。公司能在2年左右时间从头打造出具备现有的参数,且可商品化发布的高通量测序设备,感觉其团队技术力量不是一般的强啊。


肉眼可预见的高通量测序仪发展趋势

看完上面的介绍,大家估计也能猜到后面新来的玩家或者新型号,肯定是往以下方向努力:

更高、更快、更强!+更灵活!

更高:测序质量更高,Q30都不够玩的,能Q40尽量搞到Q40。

更快:怎么都得搞个小芯片,做出个几个小时就能够下机的情景。

更强:性能更强,最好长短读长都来,全方面覆盖各种应用场景。

更灵活:双测序芯片,独立工作,随来随做。

这不跟手机一样么

拍照质量高、反应速度(CPU快、GPU性能强、双卡双待!

明年的一些新高通量测序仪产品,如果能逃离出这些个的套路,能够给人一些其他维度的创新,那才是真的亮点。但估计挺难的,拭目以待吧。

过两天真迈也要发布主打“极致灵活”的高通量测序仪了。

真的是越来越有意思了。


套用引用一句老话:

这是最坏的时代(可能对有的进口厂商而言),这是最好的时代(可能对测序仪用户)!


P.S:今年发布的一些高通量测序仪新产品,之前也都陆续有在本号里写过一些,都放在今日的推送里面,给大家一并发放。

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