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核酸检测荧光定量的Ct值——爱恨交加的参数

2022-9-27 11:12| 编辑: 归去来兮| 查看: 4334| 评论: 0|来源: 任博士和他的小伙伴们 | 作者:二师姐

摘要: Ct值优化的一小步,是研发人员呕心沥血的无数步。

《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第九版)》将核酸检测Ct值≥35作为解除隔离管理或者出院的重要依据之一。那么,核酸检测试剂盒的Ct值代表了什么?不同试剂盒的Ct值是否有可比性?是否Ct值越小,试剂盒的性能越好?

来源:应急科普 上海交通大学公共卫生学院

Ct值(Threshold Cycle,Ct)是实时荧光定量荧光信号强度超过设定阈值的PCR循环数。核酸检测试剂盒以新冠为例,对于同一个试剂盒的同一次反应检测A和B两个含有病毒的样本,Ct值的大小在一定程度上代表了病毒基因的拷贝数的多少即病毒的载量高低,B样本的Ct越小,代表其病毒载量越高。Ct值与病毒载量及其传染性成反比。不同实时荧光定量试剂盒的优劣,不能仅靠Ct值的大小判断,因为不同试剂盒的Ct值不具有可比性。试剂盒的性能评价需要从灵敏度(最低检测下限)、特异性、精密度、稳定性、诊断应用等几个方面衡量。各个试剂生产厂家均有自己的十八般武艺,在应用方面各显神通,这里不多做赘述。

来源:应急科普 上海交通大学公共卫生学院

对于常规的实时荧光定量PCR(QPCR)分析仪器/系统,Ct值的获取及被广泛用于病原体的检测应用,大家已经非常熟悉。随着行业的发展和技术的进步,QPCR仪器设备及试剂遇到了机遇和挑战。亿欧智库(2021年中国基因检测行业研究报告:技术篇)分析我国QPCR行业内的企业大多面临着基于技术的共性问题。针对这些问题,解决方案则主要分为加速技术提升与布局新技术两种。


QPCR分子诊断的POCT作为行业发展方向之一,性能的提升是加速技术应用的重要因素。对于QPCR单样本通量的POCT设备,单个反应的关键参数Ct值在研发中如何优化?同台设备,同一反应体系,在同样模板浓度情况下,理论上单个反应的Ct值越大,说明反应中酶的效率越低。


酶反应效率的提升和Ct值优化的过程,可先分析典型的40个PCR循环荧光定量扩增曲线。下图中扩增曲线分为荧光背景期、指数扩增期、线性期、平台期。为了达到较低的荧光背景,尽可能与早期指数扩增荧光值区分,要从反应耗材载体、引物探针设计筛选、反应的缓冲体系进行测试。指数扩增期是酶活性的最直接反应,也是POCT设备、反应载体和试剂配合完美与否的证明。此时的设备温度控制、光学信号采集分析、载体生物兼容性、试剂的体系性能需要全方面调整和测试。最后整个扩增完成,必须由严谨的数据算法呈现结果,得出合理的Ct值。

Figure. Plot of fluorescence observations from LightCycler (Roche Diagnostics).

Tichopad, A.; Dilger, M.; Schwarz, G.; Pfaffl, M. W. (2003). "Standardized determination of real-time PCR effciency from a single reaction set-up". Nucleic Acids Res. 2003 Oct 15;31(20):e122. doi: 10.1093/nar/gng122.

Ct值优化的一小步,是研发人员呕心沥血的无数步。在日夜的焦躁和兴奋中,每一次的“山穷水尽疑无路,柳暗花明又一村”都给了我们又一次前进的勇气和激情。


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