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全球NGS赛道上,谁是最靓的“崽”?

2022-9-9 17:35| 编辑: 归去来兮| 查看: 1960| 评论: 0|来源: MIR医学仪器与试剂

摘要: 专家们认为,未来几年单细胞市场将以每年超过 20%的速度增长,空间组学技术也将齐头并进。

AGBT(Advances in Genome Biology and Technology,基因组生物学技术进展会)是基因组学、测序技术领域最高规格的会议之一,每年各大企业都会在会议上展示新产品、发布新动向。2022年参加AGBT的企业共有41家,其中美国有34家、中国仅有华大智造(MGI)1家、来自其他国家的有6家;业务领域覆盖基因组、时空组、单细胞、实验仪器和试剂等。今天小编带你来“云游”一下这场世界级盛会。


Ultima Genomics终极基因组学


Ultima Genomics 宣布推出了一个新的高通量、低成本测序平台,有望将人全基因组测序成本降至 100 美元。该公司还表示要开创高通量基因组学新时代。此次大会上Ultima也现场展示了自己的UG100“衣柜”大小“自动点唱CD”测序仪。


(图片来源:Ultima Genomics 官网)


Ultima在AGBT大会上展示了其与合作方在全基因组分析、单细胞RNA-seq、基因组范围甲基化分析、Perturb-Seq、Hi-C分析等方面的研究成果,值得一提的是,Ultima成为了又一家内嵌NVIDIA GPU的测序仪厂商。Ultima 公布了与 NVIDIA 的广泛合作,在 DNA 测序和分析过程的多个阶段利用 AI 加速分析,包括使用 NVIDIA GPU 进行光度测量和碱基调用识别的深度学习,提示将很快也把变异识别加速包含在内。


Element Bio元素生物


Element在今年三月份推出了AVITI 测序系统。作为大会的银牌赞助商,Element通过多场演讲和活动来突出 AVITI 系统的优势。


(图片来源:Element Bio 官网)


AVITI测序仪采用其专有的Avidity Sequencing测序化学,减少了试剂消耗,使测序每Gb成本约7美元。该平台可以独立运行两个流动槽,运行时间约为48小时,生成大约8亿个2 x 150 bp paired-end reads,每个流动槽的总数据输出为240Gb。在某些情况下,该平台的性能甚至更高,每个流动槽生成超过10亿个reads,数据输出为300Gb,每Gb成本约为5.50美元。


AVITI测序仪具有Q30>90%的原始读数准确性,Element相信这将改变关于测序准确性的设置。“通过无PCR文库制备,我们获得了Q40>80%的数据,这几乎是史无前例的。”Element工程高级副总裁Cisco Garcia表示。


Element 继续扩大与 NGS 文库制备和生物信息学领域的成熟和新兴提供商的合作伙伴关系,除了之前宣布的合作伙伴之外,Element 还增加了 Olink、Miroculus、Gencove、Volta Labs 和 seqWell。面向Illumina生态,在“即插即用”这条路上坚定前行。


Element也宣布已向第一批客户交付了多个 AVITI 系统,如Broad研究所购买了三台。Element 为购买三个或更多单元的客户提供特殊的捆绑定价。每台仪器的捆绑价格为 24.9万美元,而当前单独购买的标准价格为28.9万美元。此外,Element也为希望在没有前期成本的情况下快速入门的客户提供了融资租赁选择。


Singular Genomics奇异基因组学


Singular在此次大会上也展示了其去年底推出的G4仪器的更多信息,包括试点客户在ctDNA伴随诊断、细菌全基因组组装和微生物群落分析等方面的真实验证数据,同时也发布了WES、WGS、单细胞RNA-seq等的应用笔记。


(图片来源:Singular 官网)


Singualr在大会上推出了Max Read Kit,每次运行可提供多达40 亿次的读取,跨越四个流动槽和 16 个独立通道,为短读取测序提供了显著的灵活性、成本和通量优势,比如Olink 的短读蛋白质组学记数(counting)应用就是 Max Read 试剂盒的理想应用。


当然,Singular也在构建扩充自己的合作生态,除了Olink之外,这次也增加了与TwinStrand的合作,将 TwinStrand 久经考验的双链测序解决方案与 Singular的 HD-Seq技术相结合,最大限度地提高突变检测灵敏度,用于监测可测量残留疾病 (MRD) 等应用。


Singular按照计划应该在这个月实现G4仪器的商业订单的出货。


Pacbio SBB


自去年夏天收购 Omniome以来,PacBio一直在持续开发结合测序SBB 技术。在此次AGBT大会上,PacBio展示了其在SBB端读长测序技术开发及产品化方面的进展。


Pacbio定位这套短读测序仪也是中高通量,借由光学检测实现。与传统SBS的掺入即检测的实现方式不同,独特的SBB化学将碱基的查询和掺入两个过程分开,因此实现了更高的准确率。Pacbio报告了在超过90%的碱基上实现了Q40+的准确率,这明显优于传统短读测序的Q30+。同时,Pacbio展示了SBB在难测序的复杂区域,如高度重复区域或高GC区域,也能实现准确的读取。


这种准确率的提升(一个数量级以上)直接体现在对低频率变异等位基因的高效准确检测上。通过使用标准参考品,Pacbio提示即使在不使用 UMI的情况下,观察到的与预期的 ctDNA 变异等位基因百分比显示出良好的线性;在<12,000×覆盖率下,灵敏度和特异性甚至可以低至 0.125%。同样,在结核病扩增子的测试中,SBB在 10% 至 0.001% 范围内显示出近乎完美的线性。这将使得SBB在cfDNA的检测场景如液体活检中拥有可想象的市场空间。


(图片来源:Pacbio 官网)


Pacbio计划在第三季度末开始正式的外部测试,而平台的商业化计划在明年上半年实现。


MGI华大智造


MGI宣布其 CoolMPS 基于抗体的测序化学和仪器将在今年 8 月 29 日起在美国推出上市。此次接受订单的将先是DNBSEQ-G400C中高通量测序仪(DNBSeq-G400 测序仪的一个适配版本),计划明年在美国市场也推出高通量的 DNBSEQ T 系列。据华大基因CEO尹烨介绍,这款测序仪在全球已经有超过1000台装机,能为中通量测序实验室提供高质量测序数据,后续其他型号测序仪也将陆续进入美国。

(图片来源:BioData)


MGI 测序一直都是比 Illumina 测序更具成本效益的这一价值主张,因此提示可能实现500美元左右的WGS的美国市场定价。


MGI再次进军美国市场,不光能增加成熟测序平台的可选项,无疑也将加速推进这场测序竞争。


另外值得一提的是,MGI近期宣布与新加坡MiRXES达成战略合作,合作内容是关于高分辨率时空组学平台,但借此实现了第一套DNBSEQ-T104xRS超高通量测序平台的出海。

Illumina


Illumina在AGBT上发布了一些新产品的公告,除了包括适用于 NextSeq 1000/2000 测序系统的2x300读长产品、其他的如Infinity 长读长技术、DRAGEN和 Illumina Connected Analytics(ICA)的生物信息学解决方案等在别的场合也都展示介绍过了。


(图片来源:官方宣传视频截图)


适用于NextSeq 1000/2000 测序系统的全新 600 循环测序试剂盒可实现更长的双端 2x300 测序,将测序应用范围从宏基因组学拓展至免疫组库分析,提示可实现免疫组库V(D)J的全长测序。


斯坦福大学Euan Ashley教授在演讲中展示了采用 Infinity 长读长技术生成的数据,提示可以帮助解决额外的遗传变异,有助于更明智的临床决策以及改善患者预后。这也算是Infinity在Illumina之外的首次亮相


未来发展趋势


在本届AGBT会上,专家们认为,未来几年单细胞市场将以每年超过 20%的速度增长,空间组学技术也将齐头并进。而高增长组学技术、全空间转录组分析技术等也同样是受关注的热点话题。


今天列举的几家顶级NGS玩家和Illumina这位主导赛道多年的大哥站在了同一赛场上,虽然起跑线不同,但是新玩家以各自独特的优势呈现出势不可挡的新趋势。


资料来源:雪球、各大公司官网、BioData、尹哥聊基因


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