基于NGS技术的非小细胞肺癌基因变异检测试剂的审评现状及审评关注点

基于高通量测序（high-throughput sequencing）即下一代测序（next generation sequencing，NGS）的技术，检测肿瘤组织中的基因变异，正在广泛用于肿瘤诊疗相关领域。肿瘤基因变异类型包括点突变、插入、缺失、基因重排/融合、拷贝数异常等。尤其精准医疗的蓬勃发展，在抗肿瘤药物的伴随诊断领域也起到了至关重要的作用。

肺癌是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，按照病理学分类，可分为非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLL）和小细胞肺癌（small cell lung cancer, SCLL）两种类型，其中NSCLL是最为常见的组织学类型。随着分子生物学技术的发展，对于NSCLL的认识已经从组织水平发展到了分子水平，越来越多的肿瘤相关基因变异被发现，基于基因变异的靶向治疗在NSCLL的抗肿瘤治疗中起到了显著的临床效果。

近年来基于NGS技术的肿瘤基因变异检测试剂的申报逐渐增多，尤其以针对NSCLL居多。此类产品与常规的基于PCR技术的产品不同，产品相对比较复杂，所涵盖的基因及变异类型较多。此类产品的技术原理与产品设计与PCR试剂不同，有必要针对此类产品的产品设计、临床试验方法、临床证据的提交等进行研究。

一、国内相关产品的注册情况

2018年，广州燃石医学检验所有限公司的人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）、天津诺禾致源生物信息科技有限公司的人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒（半导体测序法）、厦门艾德生物医药科技股份有限公司的人类10基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）、南京世和医疗器械有限公司的EGFR-ALK-ROS1-BRAF-KRAS-HER2基因突变检测试剂盒（可逆末端终止测序法）作为第一批基于NGS技术的用于NSCLL的基因变异检测试剂进入创新通道而获批上市。迄今已有十余个产品获批，并且目前还有较多产品正在申报过程中。

从已获批产品以及尚在申报过程中的产品来看，所采用的NGS技术主要基于三大技术平台，可逆末端终止测序法、半导体测序法、联合探针锚定聚合测序法。说明书中均明确了伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物以及仅进行了检测性能评价的基因变异类型。截至目前，已获批的基因及变异类型具体见下表：

表1 伴随诊断用途的基因变异类型及相应的靶向药物

表2 仅进行了检测性能评价的基因变异类型

二、审评关注点

（一）产品的设计

随着NGS技术的临床应用，越来越多的基因及变异类型被发现，但是对于这些个体的基因变异其相应的临床意义并未被充分证实。虽然NGS技术可以实现对几十个甚至几百个基因的变异进行检测，但作为IVD产品并不是所包含的基因及变异类型越多越好，基于产品的风险受益以及患者的经济负担等方面综合考虑，所涵盖的基因及变异类型均应为已经过充分的临床验证的。申请人在进行产品设计时应以NSCLL相关的临床诊疗指南等行业公认的指导性文件为参考，将用于指导抗肿瘤药物的伴随诊断基因位点作为一级位点，其他已明确写入诊疗指南但并不具有明确的伴随诊断临床意义的基因及位点可作为二级位点。

NCCN非小细胞肺癌诊疗指南中指出，对NSCLL进行分子标志物的检测是非常重要的，不仅能够识别出可能有效的靶向治疗并且可以避免可能不会带来受益的治疗。在该指南中，建议对NSCLC患者进行至少8种与NSCLC个性化治疗方案高度相关的驱动基因检测，以确定最佳的治疗方案。8种基因包括：EGFR（19外显子缺失、21号外显子L858R点突变、19外显子插入及L861Q、G719X、S768I点突变、20外显子T790M突变、20外显子插入) 、ALK（重排/融合）、ROS1（重排/融合）、BRAF点突变（V600E）、KRAS点突变（12密码子点突变）、MET（第14号外显子跳跃突变）、RET（重排）、NTRK（融合）。

《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南（2021版）》中作为必检基因推荐的包括：EGFR（第18-21号外显子点突变、缺失、插入）、ALK（重排/融合）、ROS1（重排/融合）、MET（第14号外显子跳跃突变）；扩展基因包括：MET（扩增）、HER2（第20号外显子插入突变）、BRAF（V600）、RET（重排/融合）、KRAS（第2,3外显子点突变）、NTRK（重排/融合）、肿瘤突变负荷（突变、缺失、插入等）。

考虑到中国NSCLC患者特有的基因变异频率、药物在中国的获批适应证及药物可及性，CSCO NSCLC诊疗指南（2020）明确指出对不可手术的晚期NSCLC患者推荐的首次分子标志物检测内容必须包含EGFR、ALK、ROS1三个基因。《二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）》中明确推荐使用NMPA批准的检测产品，无论使用PCR、FISH或NGS方法，建议同时检测EGFR突变、ALK融合和ROS1融合三种形式的基因变异。

申请人应注意，如作为非原研伴随诊断试剂，在基因位点的覆盖上应尽量与原研伴随诊断试剂一致。

（二）临床证据

1.临床性能的评价

通过与已上市同类产品或核酸测序等参考方法进行比较研究，评估申报产品的临床检测性能。此部分临床试验中应对申报产品所能检测的基因及变异类型进行充分的评价。对于临床上发生频率较低的变异，临床试验中无法入组足够的阳性病例，审评中应综合考虑该变异的类型、所在的位置、与该变异共用引物探针的其他变异是否验证充分等来对该变异的临床性能进行评价。

2.临床意义的证据

对于有明确伴随诊断临床意义的基因变异，应明确所伴随的抗肿瘤药物，并提供相应的伴随证据。如作为与抗肿瘤药物共同开发的伴随诊断试剂，申请人可提供支持该药物上市的关键性药物临床试验数据作为试剂的伴随诊断证据。如申报产品为抗肿瘤上市后所开发的非原研伴随诊断试剂，申请人可通过与原研伴随诊断试剂进行一致性比对、桥接试验、回顾性药物疗效观察性研究等方式进行临床试验设计，提供伴随诊断证据。申请人可根据伴随诊断试剂相应的指导原则提交临床证据。

对于二级位点，如境内尚无同类产品被批准，则应提供相关诊疗指南等行业公认的支持性资料作为其临床意义的证据。

临床二部 方丽 供稿