目前临床肿瘤基因检测产品遍地开花，不仅有包含不同基因数的大中小panel，而且针对不同的癌种还有对应的NGS产品。对于这些产品，无论是申请CAP还是注册试剂盒都需要一份完整的验证报告，验证报告包含较多内容，小编会陆续分三个部分进行总结介绍： （中）：性能验证的总结； （下）：参数的补充和注意事项。 上一期，我们介绍了 （上）：肿瘤NGS验证报告的一些基本概念和实验参数，分析参数，今天我们继续与大家分享（中）：肿瘤NGS验证报告的性能验证部分： 性能验证的过程，是在一定的实验条件下，用数量合理、不同类型的标本证明所建立的检测方法，是能准确的检测出预期用途所声称的序列信息。NGS验证报告中重头部分就是性能验证，能够衡量整个实验室和生物信息的能力。性能验证一般包括精密度研究，准确度研究和检测限的研究。
精密度包括重复性和重现性。 重复性是指在同一条件下（如相同环境，相同操作人员、相同检测流程、相同仪器）对相同一样本进行多次检测，检测结果的一致性程度，即为批内实验； 重现性指在不同条件下对同一样本进行检测，检测结果的一致程度，即为批间实验。 精密度的研究样本最好选择不同癌种包含不同突变类型的临床样本，如果临床样本获取困难，可以采用商业标准品，或室间质评样本，以及个别临床样本，最少应该包括5个样本做三次批内重复，三次批间重复，这样才能一定程度反应精密度。下图是MSK验证精密度选择的样本和结果。
准确度表示测量结果与真实结果之间的符合程度，计算公式为： (TP + TN) / (TP + FP + TN + FN) TP：True Positive ：做出Positive的判定，而且判定是正确的； FP：False Positive ：做出Positive的判定，而且判定是错误的； TN：True Negative ：正确的Negative判定； FN：False Negative：错误的Negative判定。 二代测序的性能验证可以通过阳性符合率和阳性预测值作为指标。 燃石获批的试剂盒采用如下的方法进行准确度的研究：
而MSK选择的是具有代表性的不同突变类型点，只计算了其真阴性。下图是MSK的部分突变类型截图和真阴性结果截图。
对于高通量测序检测，检测限指该检验方法能够准确检出突变位点的最小突变频率。一般要求最小突变频率位点的分析敏感性达到95%以上。对检测限的研究一般都是针对一些已知的热点突变样本，按照不同的比例进行稀释。 燃石试剂盒验证方法如下图：
MSK的验证方法如下图：
一个产品的性能验证可以有非常多的临床样本，也可以有一定量的样本，但是要有足够的证据证明产品的性能。 下期我们将继续跟大家分享 （下）：肿瘤NGS验证报告的参数补充和注意事项，敬请期待。 |
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