WES和Panel争霸，谁更适合临床基因检测？

【乱花渐欲迷人眼，浅谈还来读云地。以下陈述，纯属个人经验和观点，不保证结论正确，大家随便看看。如有雷同或者偏离，均属正态分布巧合。】

1  在NGS测序原理上，这两个工具都行的，没有高下之分。

2  在理论上，WES甚至更占优。大家经常提到的关于对实验室进行升级，实现“全外化”的好处如下：

2.1  WES既可以检测已知的变异，也可以检测未知的变异，把数据保存在服务器里，说不定哪天就变成了宝藏。

2.2  WES既可以完成临床目的的基因检测，也为拓展开展基础研究保留了可能性。

2.3  如果把所有panel都统一为WES，公司的运营管理将变得更加精益、更加高效，成本降低，产出增加。单一原料有利于采购和仓库精准把控库存，减少浪费；单一应用有助于实验室对员工培训进行标准化，降低人工成本；有助于减少仪器设备的种类，降低故障率。

3  当然WES也存在有一些缺点，不过看起来都不那么严重。相比它带来的优点，这些缺点几乎不值一提。

3.1  成本贵了一点。Panel测序1 Gb-2 Gb就够了，而WES需要10 Gb-12 Gb，测序成本贵了10多倍。但是考虑到测序成本的持续下降，以及未来继续下降，当前增加的成本可以忍受。

3.2  周期长了一点。Panel测序数据少，完成生物信息学数据分析更简便更快捷，而WES的数据量大，分析困难，周期一般是panel的一倍时间。

3.3  准确性低了一点。Panel测序数据虽然少，测序深度高，一般在数千乘-数万乘，在变异识别的准确可靠方面占有优势。WES测序数据虽然多，但是分布不均匀，有的地方多，有的地方少，对于覆盖浅的基因组区域，变异识别存在疑问，甚至存在遗漏，造成假阴性。

3.4  产出大量无效的基因变异信息。这些变异在理论上是致病的，目前缺乏临床验证研究数据，致病性不明确，也缺乏针对这些变异的药物和其他临床干预措施，不但不能帮助临床医生，反而对临床医生和患者产生困惑与干扰。

4  基于以上这些分析，我们也许能够形成结论：Panel仅是权宜之计，WES甚至WGS才是未来发展的目标。具有前瞻眼光的管理者，应当力推WES，以占据先机。

5  以上总结存在一个遗漏，默认每一点的重要性相同，没有对各项优缺点赋以权重。实事上，有些因素看起来也许不起眼，对临床基因检验的成败却起作非常重大的影响。

6  就当前基因行业的发展水平，临床基因检测要付出格外的努力和关注，防范出现漏检、防范假阴性。在这一点上，如果WES要想追上panel的水平，就得大幅度提高数据量，使测序深度达到panel的水平，数千乘-上万乘。按最低的1000X计算，WES的测序数据为60 Gb。这个成本是临床基因检测承受不起的。

7  数据量60 Gb的计算过程如下：

人基因组的大小为30亿碱基，即3x10^9 nt= 3 Gb；

外显子组占基因组2%，则3 Gb x 2%= 0.06 Gb = 60 Mb；

测序≥1000x，则1000 x 60 Mb = 60 Gb。

8  如果WES的测序数据量为60 Gb，则上述分析的所有优点都荡然无存，而缺点被放大6倍，基因检测变得昂贵、缓慢、结论不明确、必须依赖超大型测序平台，一切又回到了NGS行业发展的初期阶段。

9  所以，Panel更适合临床基因检测，暂时无法被WES替代。