当人体的免疫耐受机制被打破后，人体的免疫系统视自身的组织、器官为“异物”，进行产生针对自身组织、器官的异常免疫反应，导至机体损伤，这类疾病被称为自身免疫疾病（autoimmunedisease，AID）。
由于自身免疫疾病的种类较多，通常包括40—50种不同的疾病，所以将自身免疫疾病分为两类，一类是系统性自身免疫疾病，以全身多器官或多组织受累为主要特点，例如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等；另一类是器官特异性自身免疫疾病，只有一个组织或器官受累，例如自身免疫性肝病、1型糖尿病等。自身免疫疾病并不是罕见疾病，很多公众熟知的名人都是自身免疫疾病的患者，例如周杰伦就是强直性脊柱炎患者，赛琳娜戈麦斯是系统性红斑狼疮患者。而在普通人群中，自身免疫疾病的发病率也不低。1997年，Johns Hopkins大学分析了全美最常见的24种自身免疫疾病的患病率，研究显示约30个美国人就有1人罹患自身免疫疾病。
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