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必读!使用血液进行基因检测如何减少假阴性

2020-11-21| 编辑: 小桔灯网| 查看: 225| 评论: 0|来源: 圣庭集团

摘要: 基因检测-入门攻略什么是基因检测?肿瘤基因检测是通过特定检测设备对被检测者细胞中的DNA分子信息作检测,分析它所含有的各种基因突变情况,从而能针对性地为每位患者“量身定制”一套最合适的治疗方案。它是肿瘤精 ...

基因检测-入门攻略
什么是基因检测?

肿瘤基因检测是通过特定检测设备对被检测者细胞中的DNA分子信息作检测,分析它所含有的各种基因突变情况,从而能针对性地为每位患者“量身定制”一套最合适的治疗方案。它是肿瘤精准医疗的基础。

选择什么样本最合适?

做基因检测,是检测肿瘤细胞的突变,因此需要获取肿瘤细胞。

临床上通常有三种方式:

1.手术中得到肿瘤样品。

2.穿刺活检样品,通常是在局部麻醉下,使用很细的针刺入疑似肿瘤,来获取少量细胞用于分析。这样创伤很小,可以避免不必要的手术,对患者影响小。

3.“液体活检”。目前主要是指通过分析血液里的癌细胞或者癌细胞释放的DNA进行分析,判断癌症突变类型。这之所以能成功,是因为晚期癌细胞,或者癌细胞的DNA,会释放到血液里,现代技术有可能把它们捕获,进行分析。

“液体活检”是一种新兴的无创检测技术, MIT Technology Review 杂志将“液体活检”技术评为2015年度十大突破技术之一。其无创、快速、实时监控等特性有助于临床医生及时的依据检测结果快速制订或者修改治疗方案

能被誉为“突破技术”的液体活检,核心原因是检测选择的是ctDNA

ctDNA
液体活检


ctDNA,也称为circulating tumor DNA(循环肿瘤DNA),ctDNA游离循环于肿瘤病人的血液中。携带一定变异(包括缺失,插入,重排,拷贝数异常,甲基化等)且来自肿瘤基因组的DNA片段,其遗传学特性与肿瘤基因组DNA相似。

下面以ctDNA特性的角度切入,谈谈检测者自身情况对检测结果的影响。


ctDNA的肿瘤学特性

1.ctDNA在血液中的含量非常少,在游离DNA总量中的比例同样非常少,一般小于500 DNA/200uL血浆。



2.肿瘤患者血液中的ctDNA主要来源于肿瘤细胞坏死或者凋亡后释放到血液中游离存在的DNA,携带有与原发肿瘤组织相一致的分子遗传学特征。研究表明:肿瘤分期越高,ctDNA检出率也越高,即III-IV期肿瘤患者血液中的ctDNA含量比I-II期的患者的含量更高,更易被检出。



3.血液的ctDNA含量会因手术治疗、放化疗、靶向治疗等治疗措施降低。DNA在血液中的半衰期很短,约2个小时之后,血液中的ctDNA含量就有可能低至检测不出。



4.手术治疗会影响患者血液中ctDNA的含量,手术后2小时,血液中基本检测不到ctDNA。局部手术后ctDNA含量降低有限,完全切除后,ctDNA含量明显大幅度降低。



ctDNA那么容易受到影响,如何操作才能保证完美检测呢?圣庭医检建议您如下操作。





临床采集血液ctDNA注意事项




一.采血时间

由于血液中的ctDNA半衰期短,会受放化疗等治疗手段影响,需要尽可能避开患者手术、放化疗后采集血液样本,建议与末次治疗间隔1月。


二.专用ctDNA保存管

选择专用的游离DNA保存管,常温下可稳定保存游离DNAcfDNA)和循环肿瘤DNActDNA),稳定储存和运输的采血管


三.实验结合临床信息

提供详细的临床治疗史,以便检测实验室对低频基因突变综合分析和复检



下面列举一份结合临床信息检测实验的实例。


案列分享

患者A,男性,56岁,临床诊断为非小细胞肺癌,服用吉非替尼12个月,出现进展后送血液样本到我检验所进行NGS检测:检出EGFR L858R 2.1%和 超低频(0.14%)的 EGFR T790M突变。

12743深度仅有18条C>T突变的EGFR T790M,接近NGS基因检测临界下限。

基于此,圣庭医疗结合检测申请单中的临床信息“服用吉非替尼12个月,出现进展”,对该样本继续进行准确性更高ddPCR检测验证,验证结果为0.23%,数字PCR检测结果与NGS检测结果一致。

出具报告结果:EGFR L858R 2.1%及EGFR T790M 0.23% 。三个月后回访:患者接受报告后使用奥希替尼治疗,已达到 PR(部分缓解)水平。

划重点!为了验证NGS标本中低频阳性突变,圣庭对所有临界突变进行二次数字PCR复检,不遗漏一个真阳性,也不放过一个假阳性!

几条往往被忽略的边缘数据却成了引导患者接受最受益治疗的明灯。看似逆转的背后,只是圣庭人对行业标准和顶尖质量的不懈坚持。


请对“无临床信息样本”say no

《测序技术的个体化医学检测应用技术指南》“ 信息采集”
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