如果我们要了解一个基因的基本信息要去看什么呢?如果要看基因的序列,我们可以去NCBI,UCSC和ENsembl,如果要看这个基因的蛋白功能,那可以去uniprot,那么有没有一个网站把这些其他好的网站的信息汇总到一起的呢?这个答案吧,还真的有,那就是我们要介绍的网站: GeneCards(http://www.genecards.org/) 我们先看一下这个网站的介绍吧: 看到没有,这个网站自动的总结了125其他网站的信息,怎么样是不是感觉很厉害,那么接下来我们来看一下这个神奇的网站吧。在搜索基因进入主界面以后,我们可以在页面的顶端看到这样子的信息,这个是网站基本信息的小标题,仔细看一下是不是很详细?那下面我们就看一下这些自己的内容吧 我们以p21基因为例看一下这个网站的一些常用的基本信息吧(由于信息太多,没提到的可以自己的挖掘一下): 1. 对于一个基因会有很多,我们查的可能使基因的曾用名,所以GENECADR中就要一项是aliases.如下图P21是CDKN1A的曾用名。 2.我们查一个基因时常常会看NCBI或UNIPROT上对这个基因的描述这样会让我们快速的了解这个基因,在genecard中,则把其他网站中的描述都放到了一起,不用我们去其他网站看这些信息了,如图 3.看完对此基因的描述后,我们可以在”function’中观察基因的功能,genecard中不仅总结了此基因基本的功能,还包括对于基因GO分析的功能和其基因的临床疾病表型,如图:p21的功能介绍和Go分析 4.看完对于基因GO分析的描述,我们可以在”Pathway“中观察其可能涉及的通路及PPI。如下图:P21涉及的信号通路及PPI;其中标记:R的为reactome的通路信息(很生动的一个通路网站,有时间再介绍吧),G为kegg的信息 5.在”location”中,我们可以观察基因的定位。如下图:p21的基因定位 6.在”expression“中可以观察基因在不同组织的表达情况 GeneCard的基因功能就介绍到这里,至于其他的,比如看基因的剪接变异体呀,相关的文章呀,药物作用呀大家有需要的可以自己去看,都是很明了的信息。 |