结合这些权威共识和指南，本共识建议：
1.HER2阴性晚期乳腺癌患者和所有新确诊以及复发的卵巢癌患者进行BRCA基因检测
2.对于铂敏感复发的卵巢癌患者，无论是否携带BRCA致病突变都可获益于PARP抑制剂治疗，若需评估遗传风险，可行胚系BRCA基因检测
基于下一代测序技术的BRCA基因检测流程中国专家共识 乳腺癌易感基因(BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2 BRCA检测具有重要的临床意义： BRCA1/2基因是评估乳腺癌、卵巢癌和其他相关癌症发病风险的重要生物标志物 BRCA1/2基因是影响患者个体化治疗方案选择的生物标志物 BRCA基因检测难度较大，没有热点变异，变异遍布于2个基因的全长 国内对于BRCA基因检测一般采用下一代测序(next generation sequencing， NGS)的方法，但目前尚无统一的检测流程与标准 建立基于NGS技术的BRCA基因检测的方法学标准以及规范临床检测操作
BRCA基因检测适用人群
结合这些权威共识和指南，本共识建议： 1.HER2阴性晚期乳腺癌患者和所有新确诊以及复发的卵巢癌患者进行BRCA基因检测 2.对于铂敏感复发的卵巢癌患者，无论是否携带BRCA致病突变都可获益于PARP抑制剂治疗，若需评估遗传风险，可行胚系BRCA基因检测 基于NGS检测BRCA基因突变的流程
样本获取及处理 可获取肿瘤组织的癌症患者 肿瘤组织样本BRCA检测 一般使用手术或穿刺 获得的肿瘤样本 肿瘤组织不可获取的癌症患者和癌症高风险人群 胚系BRCA基因检测 一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本， 目前以血液为主
核酸抽提及质控
文库制备及质控 1 基于扩增方法的文库扩建流程 通过严格的引物设计和优化的PCR 反应条件，使得PCR反应可以在多重环境下得以进行而不互相干扰 目标区域经过扩增后，富集产物通过连接法加上接头变成可以测序的文库
基于杂交捕获方法的文库构建流程 全基因组的建库基础上再通过探针捕获富集目标文库 基本上包括了2大类方法，接头连接酶法和转座酶接头导入法 通过这2类方法获得的全基因组文库再与生物素标记的基因组目标区域探针进行杂交，杂交产物通过亲和素磁珠富集含有目标区域片段的文库用于上机测序 文库质控 为使测序质量和产量达到最优，需要从DNA浓度及片段大小等方面对文库制备过程进行质控，文库定量一般采用Qubit，也可采用qPCR方法，对片段大小进行分析可采用Bioanalyzer 2100。确定文库可用后即可进行后续的上机测序。 NGS测序及质控 测序参数：胚系BRCA 基因检测和肿瘤BRCA基因检测对NGS检测的测序深度和质量要求不同
测序数据质控：测序完成后，需对原始测序数据进行质控，一般参考Q30值 大片段重排的检测： – 完整的BRCA基因检测，除了包括对点突变和小片段插入缺失的检测，还应包括对大片段重排的检测 – 大片段重排占致病突变的比例在不同人群中会有所不同，约为0-40% – 多重连接探针扩增技术(MLPA)是目前应用最广泛的大片段重排检测方法，在未检测到致病点突变或小片段插入缺失时，一般需要检测是否存在大片段基因重排 – 部分经过特殊设计并严格验证的NGS方法在检测突变的同时也可以检测大片段基因重排 数据分析 流程及相关软件：在获得原始测序数据并进行质控后，常规的分析流程主要包括数据比对、变异识别、变异注释等，数据分析流程中常用软件可参考下表
生信分析质控：在测序原始数据完成比对之后，需再次进行质控，质控内容包括检查测序深度是否达到最低或平均测序深度要求，此外，还需参考测序片段比对率和覆盖率等参数，目前对这2项没有统一的最低值，但建议利用IGV等软件对变异位点进行可视化查看和确认 变异解读 变异解读是BRCA基因检测结果分析中的关键步骤，为临床报告提供重要参考依据
验证 为了保证检测结果的准确性，需要对检测平台、检测方法以及生信分析三个流程进行验证 主要包括制定性能规范和质控程序、评估NGS与其他检测方法检测结果的一致性以及使用数量和类型合适的样本进行验证等
基于BRCA基因检测流程
a.使用MLPA方法对大片段重排的检测以血液为主要样本，若用特殊设计的NGS检测出存在大片段重排，一般需要再用PCR方法进行验证； b.肿瘤检测阳性时，应进一步验证是否为胚系BRCA基因突变，以进行遗传管理，为家族成员提供指导 |
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