上一篇文章中,小编对SNP检测技术进行了盘点。发文之后,很多读者希望更为细致地了解不同技术的的分类标准、应用场景和检测成本等信息。因此小编应读者要求,编写了这篇文章,也请各位业内朋友多多指教。 1. SNP检测方法分类 1.1. 根据检测原理分类 根据检测原理进行分类,目前来说,基于杂交原理的检测方法应用更为广泛。 1.2. 根据检测通量分类 根据检测通量进行分类,可以分为高通量、中通量和低通量方法。目前中通量方法和高通量总的基因芯片法(包括beadschip)应用更为广泛。除此之外,基于Taqman方法,进行了具体技术的升级和设备耗材的替换,发明了ArrayTape法(基于Taqman原理,用塑料卷代替微孔板,用水浴锅代替PCR仪)和OpenArray(基于Taqman原理用预置了PCR引物的微孔来代替微孔板)法。 2. SNP检测方法对比 不同的检测方法适用于不同的检测场景,主要包括:消费级、临床级和研发级。目前应用广泛的是Thermo Fisher的原位芯片和Illumina的磁珠芯片。两种芯片非别为23魔方和WeGene所用的主要检测方法。目前检测价格已经下降至500元左右,并且23魔方已经把价格下降至299元。 3. 部分SNP的检测流程 3.1. Taqman法 检测周期:3-6周 检测平台:Roche LightCycher 480
检测周期:4-8周 检测平台:ABI 3730XL 测序仪 3.3. 质谱法 检测周期:4-6周 检测平台:MassARRAY 质谱仪 4. SNP检测技术 SNP检测共20多种检测方法,针对不同细分应用,不同应用场景可以选择不同的检测方法。但是总体来说,检测成本必将随着技术水平的提高,检测量的提升会不断下降,同时也会向着更为便利和准确的方向发展。 |