全基因组测序来了，外显子测序还能活多久？

随着药明康德公司和诺禾致源两家公司采购Illumina HiSeq X Ten测序仪，在2014年第3季度，国内的“人全基因组测序+分析”（WGS,whole genome sequencing）的价格就会降到2万元人民币左右。

       目前的“人外显子组测序+分析”(WES, whole exome sequencing)的市场价格约在1.5万元到1.8万元之间。也就是说全基因组与外显子在价格上已相差很少。

就有许多朋友问我：那么外显子组测序还有存在的意义吗？

我们先来比较一下两种测序方法：

数据量：
全基因组，90G；覆盖深度，30X
深度不够深，但对于先天性突变（germline mutation,也就是胎里带来的基因突变），可以足够好地分析
外显子组，5~10G；覆盖深度，50~100X
深度更深，在对肿瘤等somatic mutation的检测中，对低频突变(low allele frequency)的有更好的灵敏度

测序所用时间：

全基因组，7个工作日，其中：1~2天建库，3天测序（基于HiSeq X Ten），1~2天数据分析
外显子组，20个工作日，其中：1~2天建库，3天捕获，12天测序（基于HiSeq 2000 PE100模式），1~2天数据分析

有效数据的覆盖均一性：

全基因组，99.8%以上的区域会有15倍上以的上覆盖深度，而且覆盖高度均一
外显子组，因为杂交捕获过程造成覆盖不均一，平均100X的测序深度，可能会有10%的区域的覆盖深度不足15X

可以检测到的突变内容：

全基因组
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
大片段的拷贝数变异（增加或减少），CNV（copy number variation）
外显子
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
不容易准确地测到CNV，因为外显子的覆盖深度变化太大，导致对原拷贝数的变异不敏感

实验操作的复杂度：

全基因组，实验操作方便，只有抽DNA、建库、测序，一共三步
外显子组，比全基因组多了一个杂交捕获的过程，导致操作的复杂度高许多

结论：

全基因组测序：更快、更均一、操作更方便，但同样成本条件下深度不够。
2014年下半年，全基因组测序会大范围地替代外显子组测序

外显子组测序：只有测序深度一项上还略有优势。
在未来1~2年时间内，会在肿瘤的科研、诊断中占有一小片地盘
随着全基因组测序成本的不断下降，可能在3年后，完全退出测序市场

来源：陈巍学基因