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[分享] 薅羊毛之RRBS和ATAC-seq篇,你想要的技术和福利全都有

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发表于 2022-11-11 10:10 | 显示全部楼层 |阅读模式

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双十一的脚步悄悄地走近,作为组学服务界杠把子的我们怎会无动于衷?经过小编的潜心调研发现一个小秘密,那就是在一堆服务福利中表观遗传方向备受欢迎,每天的“接待量”名列前茅。为方便大家更及时高效、更全面的了解技术细节以及福利,这里我们选择表观方向的佼佼者“RRBS”和“ATAC-seq”来做详细介绍。
一、RRBS篇
1、什么是RRBS?
RRBS是Reduced representation bisulfite sequencing的简写,意为“简化基因组甲基化测序”。是利用限制性内切酶对基因组进行酶切, 富集CpG岛以及启动子等区域,并经Bisulfite处理后,进行单碱基分辨率的甲基化测序。

2、RRBS的用途是什么?
RRBS是用于研究基因组上5mC甲基化修饰的一种方法。我们提供最常用的三种基因组甲基化研究方法,它们的区别如下表。

表1 三种常用的基因组甲基化研究方法比较
3、RRBS的优势有哪些?
(1)与全基因组甲基化相比,RRBS只富集CCGG位点区域,测序数据少,性价比更高;
(2)提高启动子、增强子等高CpG调控区的测序深度;
(3)与抗体相关的甲基化检测方法相比,RRBS使用金标准Bisulfite测序,实现单碱基分辨率;
(4)样本量要求低,10ng-200ng即可开展项目;
(5)不同样本间的重复性高。

4、RRBS的实验流程是什么?
                      图2 RRBS实验流程

5、我们在RRBS方面做过的物种或者样本类型举例?

表3 做过的RRBS物种或样本类型举例

6、本次活动中RRBS福利是什么?

本次RRBS方面的福利是针对人、大鼠和小鼠这三个物种专门推出的,价格统一是2800。重要的消息说三遍,没有最低、没有最低、没有最低,因为这就是目前的最低价!

7、样本要求及分析报告哪里找?

文末扫码入群找我们的工作人员、或者公众号留言给我们、再或者直接联系我们的销售同事都可以。总之,拿到资料的方法千千万,就看哪个对您最方便。除此之外,我们以前还发过一篇“常用的DNA甲基化研究方法比较”的公众号推文,如果大家想对RRBS有更多了解,可以公众号内直接检索这篇文章或者在文末点击我们附上的超链接也可以直达。动手戳一戳,我们在等您!

二、ATAC-seq篇

1、什么是ATAC-seq?

ATAC-Seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,中文译为染色体可及性测序。是利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域并标记DNA序列,结合二代测序来获得相应基因的信息。

2、ATAC-seq的用途是什么?

如果DNA想复制或者转录就需要先把超螺旋打开,这样相关的酶才能结合到DNA上面发挥各自的功能。而螺旋打开的这一部分就被称为开放染色质,这一部分区域可以让各种调控因子等结合上去,所以称为染色质的可及性。研究这一部分我们就可以知道发生转录的DNA区域,所以具有重要的意义。ATAC-seq主要检测开放染色质区域,而这个区域内一般主要是基因的启动子、增强子及沉默子等调控区域,所以通过ATAC-Seq我们可以研究启动子、增强子以及一些转录因子的结合位点等信息。在具体的研究中,ATAC-seq经常与RNA-seq以及ChIP-seq等技术联合应用,来确定具有转录活性的区域。

3、ATAC-seq的流程是什么?

4、ATAC-Seq的优势有哪些?

相对于其它染色质可及技术,ATAC-Seq起始的细胞量低,耗时短,而且获得的开放区范围比较大。

5、ChIP-seq与ATAC-seq的区别是什么?

ChIP-seq在开展实验以前我们已经有已知确定的转录因子,我们通过ChIP-seq来筛选这个转录因子相互作用的基因组DNA。而ATAC-seq不涉及已知的转录因子,我们是捕获全部基因组上的开放区域,这些开放区域里含有很多转录因子的结合位点,我们需要通过peak峰处的motif来确定可能有哪些转录因子与这些部位相互作用。

6、本次活动中ATAC-seq福利是什么?

本次ATAC-seq方面的福利也是针对人、大鼠和小鼠这三个物种专门推出的,最低3500。走过路过千万不要错过!

7、样本要求及分析报告哪里找?

与RRBS一样的寻找途径就可得到您想要的资料。除此之外,我们以前还发过多篇关于ATAC-seq方面的推文,这里我们附上两篇供大家参考:“ATAC-Seq(染色体可及性测序)”、“不知道ATAC-seq实验如何做?我们手把手教你!快上车!”。可以通过直接在公众号内检索这两篇文章或者在文末点击我们附上的超链接来查看具体内容。

好啦,今天的福利分享就到此啦!其实除了这两个佼佼者外,我们还有更多项目福利,如果感兴趣,大家可以查看文末的超链接。小编保证今明两天都不去清自己的购物车,专心等你们来吆!

今年绝不是简单的“双十一”,APExBIO组学狂热升级!

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不知道ATAC-seq实验如何做?我们手把手教你!快上车!




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