一起读文献│环境样本新型冠状病毒核酸检测阳性结果评估及处理建议

常见的SARS-CoV-2核酸检测方法主要分为两种：

（1）实时荧光RT-PCR方法：基于病毒特异基因片段检测，快速、灵敏度和特异度高，是目前最常用的核酸检测方法。主要通过检测病毒基因组上两个或者三个靶基因，对SARS-CoV-2进行检测。

（2）NGS方法：通过测定病毒基因序列实现对SARS-CoV-2的检测。

目前，环境样本病毒核酸检测主要使用病毒特异基因片段检测，特别是实时荧光RT-PCR法应用最广泛。

1. SARS-CoV-2污染

环境被SARS-CoV-2污染一般有以下几种情形：

（1）环境被SARS-CoV-2感染者的呼吸道排出物或排泄物直接污染。

（2）由接触病毒污染环境的人或物品携带至另一环境中而发生的间接污染。

（3）发生在从事SARS-CoV-2采样、检测和病毒培养等场所的污染。

（4）多种病毒来源的污染。

2. 疫苗引起的污染

（1）目前，我国已附条件获批上市的灭活疫苗，通常保留了全长SARS-CoV-2核酸片段。

（2）在SARS-CoV-2疫苗接种过程中，疫苗瓶的开启、抽取、排气、注射疫苗、疫苗液残留和疫苗瓶破损等，可能会导至疫苗液体飞溅、溢洒或产生大量气溶胶，污染疫苗生产、运输或接种点环境物品，以及接种人员、受种者的衣服或者皮肤表面，并且可能扩送至较远距离，造成临近接种地点的其他科室的环境污染。

3.  基因扩增或操作产物的污染

（1）实验中，通常会产生大量包含部分或全长SARS-CoV-2基因组片段的核酸分子产物。

（2）样本管的开盖、移液器吸取、离心和手套沾染等，均可使高浓度核酸分子以气溶胶、飞溅、溢洒或交叉污染等方式污染周边实验人员和环境。

（3）这些污染的DNA分子，在常温条件下通常不易降解，若未能有效预防或及时消除污染，极微量的污染便可导至环境或人员核酸检测阳性。

由于RT-PCR方法通常无法区别所检测核酸片段的类型和完整性。因此，在进行核酸污染来源鉴别时，应首先考虑流行病学资料，并选择使用多种实验室检测方法进行鉴别。

1. 核酸类型检测

SARS-CoV-2遗传物质为单股正链RNA，通常RNA不能被DNA酶消化，而DNA可被DNA酶消化。因此，可采用实时荧光RT-PCR方法，检测DNA酶处理前后核酸模板浓度的变化，初步判定样本中的核酸类型。

（1）若DNA酶处理后检测结果为阴性或Ct值变化较大，提示样本中核酸可能为DNA；

（2）若处理后检测结果仍为阳性或Ct值变化不大，提示核酸可能为RNA或者RNA/DNA同时存在。

但应该注意，实时荧光RT-PCR检测Ct值过高的核酸样本，DNA酶处理后可能会使核酸浓度有所降低，导至检测结果呈阴性，应根据具体情况判定结果。

2. 核酸序列分析

利用不同来源核酸序列的差异，对环境样本核酸来源进行鉴别，主要包括三种方法：

（1）检测SARS-CoV-2流行株与疫苗株序列差异位点

（2）样本核酸全序列测定

（3）检测样本中是否存在已知的非病毒序列

通过上述方法，根据检测结果判读：

（1）若样本中检测到SARS-CoV-2流行株特异位点或序列信息，则提示可能为SARS-CoV-2核酸污染；

（2）若未检测到SARS-CoV-2流行株特异位点或序列，或可同时检测到SARS-CoV-2流行株特异位点或序列，和基因扩增或操作产物序列，则提示可能为基因扩增或操作产物的污染；

（3）若仍不能确认污染来源的，则应考虑继续采样检测或持续观察密切接触人员的健康状况，进一步鉴别和评估风险。

3. 病毒培养

该方法存在较大的局限性。

1. 风险评估

环境样本SARS-CoV-2核酸检测阳性后，专业人员应：

（1）尽快收集相关流行病学资料，明确具体采样对象和点位、采样环境和场景，以及采样地点是否从事SARS-CoV-2采样、检测、医疗卫生、进口冷链运输、疫苗生产或相关科研活动等；

（2）同时扩大环境采样和检测范围，尝试使用多种实验方法鉴别环境核酸污染来源，并根据流行病学资料和实验室检测结果，进行污染范围及疫情风险评估。

2. 现场和人员防控

3. 环境消毒