背景:新冠病毒突变株快速在全球蔓延
疫情蔓延 2020年12月14日,英国首次向WHO通报新冠病毒的新突变株,并命名为B.1.1.7。《科学》杂志刊文称,S蛋白与人ACE2受体结合亲和力提高了1000倍,传播速度比之前的毒株高达70%,新突变株导至了英国近期超过60%的感染发生,且全球其他国家陆续发现新突变株。世卫组织强调,虽然初步评估显示英国发现的变异新冠病毒不会增加疾病严重性,但其会导至更高的发病率,产生更多住院及死亡病例,需要采取更严格的公共卫生措施来控制这些变异病毒的传播。
病毒突变解读 据美国疾控中心(CDC)报道,B.1.1.7病毒株具有23个突变,包括14个非同义突变(氨基酸发生变化)、6个同义突变(氨基酸不发生改变)和3个缺失突变;分别位于ORF1ab基因(4个),N基因(2个),ORF8基因(3个)和S(Spike)基因(8个)。其中,3个位于S基因上的关键突变,具有潜在的生物学功能。
图片来源:iScience 23, 101406, August 21, 2020 思考:新冠突变株B.1.1.7对新冠诊断试剂的影响?
-检测抗体为识别N蛋白和S蛋白的抗体。N 蛋白比较保守,且含量相对较多。根据文献报道,一个冠状病毒粒子仅含有1条RNA,而其S1蛋白与N蛋白的平均含量则为含有222分子和3000多分子。 -关注灵敏度的影响。虽然S蛋白上突变暂时并未发现其导至抗原一级序列重大变化,这就意味着理论上抗原表位(线性表位)不会发生变化,抗体可以正常识别。但是一级序列会导至二级结构,最终影响三维结构,最后导至同抗体结合的变化,这也是病毒逃逸体液免疫最常用手法,没有之一。 -免疫诊断试剂的有效性在于抗原和抗体的结合的特异性,亲和力。
-目前各个厂家都选择S蛋白和N蛋白用于抗体检测,同样的也是因为S蛋白为表面主要抗原蛋白,N蛋白更为保守,采用间接法检测。机体感染病毒后,会产生各种各样的抗体,包括不同类型抗体和识别不同表位的抗体。 -同样,关注灵敏度的影响。 -同样是抗体和抗原识别结合的问题。
-不受影响的情况,引物、探针设计序列完美的避开S基因突变位置; -反之亦反。相信不会出现完全脱靶的情况,要不然真的中大奖喽。 -按照国际、国家标准,试剂盒中的引物至少要识别两种不同基因,尽可能减少假阴性。 -但敬请额外关注新冠突变情况,至少目前我国对于新冠的筛检还是以核酸检测为主。也许现在核酸检测试剂盒的引物没有脱靶,但是这将一直需要格外的关注。 -能够准确检测包含但不限于新冠突变株B.1.1.7的试剂盒才是好的、大家需要的。 分子诊断推荐引物识别靶序列的位置 图片来源:iScience 23, 101406, August 21, 2020
突变毒株鉴定试剂盒推出,这个市场热点的出现是比较超乎我想象的快,至少两家企业官宣突变病毒株鉴定试剂盒研发完成。新冠教会了大家更快的去捕捉新的市场热点,更好进行市场运作。
相信所有人都会从这场没有硝烟的战争中学到很多,得与失、沉与浮,相信很快就会有了答案。防疫之路依然漫长!日常防护,戴口罩、勤洗手、保持一定社交距离,依然是必不可少的。每个人都能认真做到,亲们,都可以洗洗睡觉觉,好梦! 时间,只是时间!以上个人牢骚,欢迎指正探讨。 |