导读2019-nCoV
针对新型冠状病毒感染的肺炎病例，2月1日，浙江省疾病预防控制中心启用自动化的全基因组检测分析平台。通过AI诊断技术，可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时。
浙江省疾病预防控制中心微生物检验所博士孙逸介绍，快速、精确诊断对于当前的疫情控制尤为重要。新型冠状病毒是基因组序列最长的病毒之一，快速检测其基因组“全貌”非常困难，而临床精准诊断又比较依赖这种基因信息。
专家指出，目前全国大部分医疗机构和疾控部门，普遍采用核酸检测方法来筛查病例，只能检测到病毒基因的局部。一旦病毒发生变异，可能出现漏检的情况。
据悉，浙江此次启用的全基因组检测分析平台（基于杰毅生物Cubics™自动化提取建库的病原体高通量测序和分析平台），由浙江省疾病预防控制中心、阿里达摩院医疗AI团队和杰毅生物技术公司共同研发。该平台可对病毒样本进行全基因组序列分析比对，能够有效防止病毒变异产生的漏检，并将原需数小时的全基因分析流程减少到半小时，大幅提高病例的确诊速度和准确率。
"该平台利用阿里云的强大算力与达摩院新算法可以为病毒的解析提供支撑，基于该平台，未来还可以在短时间内将检测范围覆盖尽可能多的确诊病例，也为后续疫苗与药物研发打下坚实基础。”孙逸说。
目前有6个确诊病例样本，正在通过上述平台进行基因组序列的测定与分析。截至记者发稿，这些样本中检测到的新型冠状病毒与最早在武汉确诊病人身上发现的病毒基因组序列高度同源。
杰毅生物
一家集“研-产-服”一体的新型分子诊断创新性企业，是杭州市雏鹰计划企业，被业内评选为“2019未来医疗100强.中国榜宏基因组TOP5”首位。公司专注病例标本的现场快速检测和病毒变异可能性的检测解决方案，围绕基因编辑（CRISPR/Cas）和高通量测序（NGS）两大前沿技术路线，自主研发了一系列自动化检测仪器和检测试剂。针对此次疫情，杰毅生物在春节假期加紧研发，推出两项产品：
1
POCT新型冠状病毒快速检测试剂盒（CRISPR等温检测法）
POCT新型冠状病毒快速检测试剂盒
用于现场快速检测。该产品采用免核酸提取的RNA等温扩增技术和基于基因编辑蛋白（CRISPR-Cas13）的检测体系，针对呼吸道标本（痰液、咽拭子、肺泡灌洗液等）中新型冠状病毒的最低检测限为100病毒拷贝/毫升，与RT-PCR方法对比，检测敏感性、特异性均大于99%。最重要的是，从采集样本到结果耗时1小时左右，人工操作时间小于10分钟，不需要PCR设备和专业实验室，在单独的离心管内全封闭检测，1人1天（工作8小时）至少可完成288例样本检测，便于大量样本的现场即时筛查，当前产能能保证每天20000人份试剂的生产。
2
样本前处理全自动化的病原宏基因组（mNGS）检测（可逆末端终止测序法）
对新型冠状病毒全基因序列进行分析，监测病毒变异和进化分析，并且可用于检测包含新型冠状病毒在内的16000多种病原微生物。
2020年2月3日，推荐阅读
《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版）》
基于下一代测序（next generation sequence，NGS）或称高通量测序技术的鸟枪法宏基因组测序（mNGS）是新近发展起来的一种快速、高通量的获得核酸序列信息的技术，可以检测包括细菌、真菌、病毒以及寄生虫在内的所以已知基因序列的病原微生物，以及部分耐药基因和毒力基因分析。对疑似新型冠状病毒感染患者的呼吸道标本或血液标本进行mNGS检测，并与已知的新型冠状病毒序列进行比对，可迅速明确该患者是否存在新型冠状病毒的感染，且可对潜在的病毒变异第一时间进行排查。
高通量测序的实验流程耗时长，操作繁琐，尤其是建库环节步骤很多，需要多次转管和移液操作，为及时获取新型冠状病毒的全基因组序列造成了诸多困难。经过3年多的研发，杰毅生物已成功研制出了中国第一台高通量全自动样本处理设备Cubics™，并建有涵盖超过16000病原微生物样本大数据库及生物信息分析系统，不仅可以快速检出新型冠状病毒，同时也可以检测出其他病原微生物，对冠状病毒的或有变异进行监控，有助于临床精准诊断。
一般情况下，mNGS样本处理需要十几个小时的人工前处理，耗时较长且存在具有传染风险。Cubics™能够大大缩短检测时间，比常规方法节省8个多小时。此外，该设备是全封闭的，能够供医院、疾控中心安全使用。目前，Cubics™已成功发往湖北和浙江省疾控中心，协助当地卫生部门进行疫情防控工作。
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