二代测序基础知识

wolf

在介绍生物信息分析时，我觉得大家有必要先了解一下关于二代测序的相关知识（主要是目前二代测序比较流行）。
现在所进行的测序主要是illumina公司的测序仪进行的测序。其主要的原理其实很简单：以一条DNA为模板链进行另外一般DNA的合成，同时每添加一个碱基就会发一个碱基独有的光，然后对其进行拍照得到光信号；随后使用相关软件把光信号转变为碱基，如下图。


当然只谈论测序原理不了解文库结构就是耍流氓，接下来就介绍一下illumina测序仪的文库结构，如下图。可以看到P5端（橙色），P7端（绿色）的序列，这个序列是为了把这个DNA分子固定在测序芯片上（芯片上有与其反向互补的序列）。随后就是index1和index2，这两个序列的作用主要就是用来区分样本；一般情况下一张芯片可以测序4T，不太可能只有你的一个样本；因此在这张芯片上会有其他人的样本一起进行测序，因此这个index就可以用来区分不用的样本。随后在index1和index2后面还有一小段序列（称之为接头），这里就是结合测序引物的序列。引物集合在这里就可以对后面的插入片段（就是你想知道的片段的序列）进行测序了。



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